| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 413,761 | A→T | 6.0% | I166I (ATT→ATA) | metI ← | Cystathionine gamma‑synthase/O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 413,761 | 0 | A | T | 6.0% | 716.1 / 26.6 | 217 | I166I (ATT→ATA) | metI | Cystathionine gamma‑synthase/O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (111/91); new base T (6/7); total (119/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
GCCAATATATTTCGTGGCTGAATGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTGACAATAAGCCTTTAGCTTTACAAAGTTGATAGTATGGCTTTACATCAATAGCAATCATTTGTGGGTTAGATATTGGTTCAATGAAT > USA300TCH1516_ALE/413671‑413851 | ccAATATATTTCGTGGCTGAATGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATaa < 1:3514357/91‑1 (MQ=255) cAATATATTTCGTGGCTGAATGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAAt > 2:1782524/1‑91 (MQ=255) atatatTTCGTGGCTGAATGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTg > 2:2792751/1‑91 (MQ=255) tatatTTCGTGGCTGAATGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTGa > 1:3339788/1‑91 (MQ=255) tatatTTCGTGGCTGAATGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTGa > 1:1868060/1‑91 (MQ=255) tatatTTCGTGGCTGAATGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTGa > 2:1682184/1‑91 (MQ=255) 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aTGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTGACAATAAGCCTTTAGCt < 1:1038784/91‑1 (MQ=255) tGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTGACAATAAGCCTTTAGCtt < 1:3382982/91‑1 (MQ=255) tAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTGACAATAAGCCTTTAGCTTTa < 2:1296441/91‑1 (MQ=255) tAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTGACAATAAGCCTTTAGCTTTa < 2:191849/91‑1 (MQ=255) aaGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTGACAATAAGCCTTTAGCTTTAc > 1:485739/1‑91 (MQ=255) aGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTGACAATAAGCCTTTAGCTTTACa < 2:1147178/91‑1 (MQ=255) gACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTGACAATAAGCCTTTAGCTTTACaa > 1:2416795/1‑91 (MQ=255) cTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTGACAATAAGCCTTTAGCTTTACAAAg < 1:2550863/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |