| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 455,079 | A→T | 6.3% | intergenic (+79/‑301) | tst_3 → / → speC_5 | Toxic shock syndrome toxin‑1/Exotoxin type C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 455,079 | 0 | A | T | 6.3% | 703.0 / 28.1 | 207 | intergenic (+79/‑301) | tst_3/speC_5 | Toxic shock syndrome toxin‑1/Exotoxin type C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (95/99); new base T (6/7); total (101/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
AATTTGAAATAATCAATGATATATATAGAATGAAAGCTTAAGAAGCGGTTTAATAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTGACTACGTTATTAAGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAA > USA300TCH1516_ALE/454989‑455169 | aTTTGAAATAATCAATGATATATATAGAATGAAAGCTTAAGAAGCGGTTTAATAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTataa < 2:918259/91‑1 (MQ=255) aTTTGAAATAATCAATGATATATATAGAATGAAAGCTTAAGAAGCGGTTTAATAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTataa < 1:3851901/91‑1 (MQ=255) ttGAAATAATCAATGATATATATAGAATGAAAGATTAAGAAGCGGTTTAATAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTGTTataata > 2:3364431/1‑91 (MQ=255) tGAAATAATCAATGATATATATAGAATGAAAGCTTAAGAAGCGGTTTAATAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTAtaataa > 1:830188/1‑91 (MQ=255) gAAATAATCAATGATATATATAGAATGAAAGCTTAAGAAGCGGTTTAATAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATTATaaa < 1:2840573/91‑1 (MQ=255) gAAATAATCAATGATATATATAGAATGAAAGCTTAAGAAGCGGTTTAATAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATaaa > 2:3757777/1‑91 (MQ=255) 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atatataGAATGAAAGCTTAAGAAGCGGTTTAATAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACAtt < 2:3047431/91‑1 (MQ=255) atatataGAATGAAAGCTTAAGAAGCGGTTTAATAATCCAATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACAtt < 2:633496/91‑1 (MQ=255) tatataGAATGAAAGCTTAAGAAGCGGTTTAATAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTg < 1:3806196/91‑1 (MQ=255) atataGAATGAAAGCTTAAGAAGCGGTTTAATAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTGa < 1:1274553/91‑1 (MQ=255) tataGAATGAAAGCTTAAGAAGCGGTTTAATAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTGAc > 2:1323990/1‑91 (MQ=255) tataGAATGAAAGCTTAAGAAGCGGTTTAATAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTGAc < 2:390705/91‑1 (MQ=255) ataGAATGAAAGCTTAAGAAGCGGTTTAATAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAAGATATCGAACATTGACt > 2:2974406/1‑91 (MQ=255) aGAATGAAAGCTTAAGAAGCGGTTTAATAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTGACTAc < 1:1117980/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |