BRESEQ :: Evidence

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	217,036	0	T	A	26.3%	411.2 / 165.8	209	intergenic (‑230/+23)	rocD2_1/brnQ_1	Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/82); new base A (30/25); total (102/107)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 214 total aligned reads displayed.

TACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAC  >  USA300TCH1516_ALE/216946‑217126

 aCTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTa                                                                                           <  1:3009391/91‑1 (MQ=255)

    aaTATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGGAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACa                                                                                        <  1:3096272/91‑1 (MQ=255)

     atatTTTTTTTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCCCAAGCATATGTCTCACat                                                                                       >  2:157012/1‑91 (MQ=255)

     atatTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACat                                                                                       <  2:1734520/91‑1 (MQ=39)

     atatTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACat                                                                                       <  1:2367351/91‑1 (MQ=255)

      tatTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACata                                                                                      <  2:2518454/91‑1 (MQ=39)

      tatTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACata                                                                                      <  1:839381/91‑1 (MQ=39)

        ttttttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATg                                                                                    >  2:460571/1‑91 (MQ=255)

         tttttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATgc                                                                                   <  1:2936433/91‑2 (MQ=38)

         tttttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATgc                                                                                   <  1:2935864/91‑2 (MQ=38)

            ttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtg                                                                                >  2:2789940/1‑91 (MQ=255)

            ttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtg                                                                                >  1:418055/1‑91 (MQ=255)

            ttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGAATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATgcttg                                                                                <  2:2670273/91‑5 (MQ=25)

              gtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgtg                                                                              >  1:6936/1‑91 (MQ=255)

              gtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgtg                                                                              >  2:1220935/1‑91 (MQ=255)

              gtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgtg                                                                              >  1:1390189/1‑91 (MQ=255)

               tgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTCTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTgg                                                                             >  1:2129839/1‑91 (MQ=255)

                ggATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGc                                                                            >  1:883030/1‑91 (MQ=255)

                ggATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGc                                                                            >  2:1435484/1‑91 (MQ=255)

                 gATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATGCTTGTGGCa                                                                           <  1:264329/91‑1 (MQ=25)

                 gATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATGCTTGTGGCa                                                                           <  1:2943390/91‑1 (MQ=25)

                 gATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCa                                                                           <  2:671814/91‑1 (MQ=255)

                  aTAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCAt                                                                          >  2:1386518/1‑91 (MQ=255)

                  aTAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCAt                                                                          <  2:1083675/91‑1 (MQ=255)

                   tAATCAGTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATa                                                                         >  2:1844777/1‑91 (MQ=255)

                        aTTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtatt                                                                    <  2:594537/91‑1 (MQ=255)

                        aTTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtatt                                                                    >  2:1683883/1‑91 (MQ=255)

                        aTTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtatt                                                                    <  2:1156846/91‑1 (MQ=255)

                        aTTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtatt                                                                    <  1:616746/91‑1 (MQ=255)

                              atgtatgtATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCtt                                                              >  1:1948182/1‑91 (MQ=255)

                              atgtatgtATACGATTGCAGTTTAATGTAATATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCtt                                                              <  1:2485922/91‑1 (MQ=255)

                               tgtatgtaTTCGATGGCAGTTGAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCAGATGTTTAACATATGACTGTGGCATGGTATTACGCTtg                                                             >  2:2054467/1‑91 (MQ=255)

                                gtatgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTtgt                                                            >  1:1675227/1‑91 (MQ=255)

                                 tatgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTtgtg                                                           <  1:1718468/91‑1 (MQ=255)

                                 tatggatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTtgtg                                                           <  2:2985159/91‑1 (MQ=255)

                                  atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                          <  1:1630721/91‑1 (MQ=255)

                                     tataCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAt                                                       <  1:1535883/91‑1 (MQ=255)

                                       taCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAttt                                                     >  2:1543225/1‑91 (MQ=255)

                                          gATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTAc                                                  <  2:883030/91‑1 (MQ=255)

                                            ttGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGa                                                <  2:2248374/91‑1 (MQ=255)

                                             tgtaGTTTAATTTTGTATGAATTAAATATGTCACAATTATATTTTTATTATATTATTTTTGTATAGTATTATGTTTTTGGAATTTTACGAt                                               <  2:10417/88‑1 (MQ=255)

                                             tGCGGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGAt                                               <  1:2786221/91‑1 (MQ=255)

                                              gCAGTTTAATGTAGAATAAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                              <  2:3044951/91‑1 (MQ=255)

                                               cAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGc                                             >  1:1707031/1‑91 (MQ=255)

                                               cAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGc                                             <  1:1339291/91‑1 (MQ=255)

                                                aGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCt                                            <  1:487493/91‑1 (MQ=255)

                                                aGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCt                                            <  2:2432938/91‑1 (MQ=255)

                                                aGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCAGAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCt                                            >  1:1848171/1‑91 (MQ=255)

                                                 gTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCtt                                           <  1:243853/91‑1 (MQ=255)

                                                   ttAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTaa                                         <  2:1450944/91‑1 (MQ=255)

                                                     aaTGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAtt                                       <  1:250904/91‑1 (MQ=255)

                                                     aaTGTAGAATAAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAtt                                       <  2:3053373/91‑1 (MQ=255)

                                                      aTGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACGTATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAttt                                      <  2:178412/91‑1 (MQ=255)

                                                      aTGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAttt                                      <  2:761949/91‑1 (MQ=255)

                                                       tGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAtttt                                     <  2:341695/91‑1 (MQ=255)

                                                        gtagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTta                                    <  1:1401907/91‑1 (MQ=255)

                                                        gtagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTta                                    >  2:2106845/1‑91 (MQ=255)

                                                         tagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTtat                                   >  2:513867/1‑91 (MQ=255)

                                                          agtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTtata                                  <  2:1015249/91‑1 (MQ=255)

                                                           gtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataa                                 >  1:2758697/1‑91 (MQ=255)

                                                           gtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataa                                 >  1:509923/1‑91 (MQ=255)

                                                            taTGAATAAAAAATGCCACAAGCATGTGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaa                                <  1:2881947/91‑1 (MQ=255)

                                                            taTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaa                                <  1:2882729/91‑1 (MQ=255)

                                                            taTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaa                                <  1:449653/91‑1 (MQ=255)

                                                             aTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaat                               >  2:2372550/1‑91 (MQ=255)

                                                              tGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaata                              <  1:1784948/91‑1 (MQ=255)

                                                               gAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGCGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaataa                             >  2:2869797/1‑91 (MQ=255)

                                                                aaTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAaataat                            >  1:2196195/1‑91 (MQ=255)

                                                                aaTAAAAAAGGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAaataat                            <  2:2620433/91‑1 (MQ=255)

                                                                 aTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATg                           >  2:1358194/1‑91 (MQ=255)

                                                                 aTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATg                           >  2:1189975/1‑91 (MQ=255)

                                                                 aTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATg                           >  1:1440124/1‑91 (MQ=255)

                                                                 aTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGCATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATg                           >  1:2457891/1‑91 (MQ=255)

                                                                    aaaaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAg                        >  1:410075/1‑91 (MQ=255)

                                                                    aaaaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAg                        >  1:525768/1‑91 (MQ=255)

                                                                     aaaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGc                       >  1:2570369/1‑91 (MQ=255)

                                                                       aaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCg                     <  2:867515/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGAt                   <  2:217315/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGAt                   <  2:1304644/91‑1 (MQ=255)

                                                                           ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATaa                 >  2:407939/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATaa                 >  2:2667915/1‑91 (MQ=255)

                                                                                gtcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaaa            >  1:1119423/3‑91 (MQ=38)

                                                                                gtcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaaa            >  1:109430/3‑91 (MQ=38)

                                                                                gtcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaaa            >  1:2848026/3‑91 (MQ=38)

                                                                                aGCATATGTTTAACATATGACTGTGACATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaaa            <  1:949038/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 tcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc           >  2:1957298/2‑91 (MQ=38)

                                                                                 tcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc           >  1:381845/2‑91 (MQ=38)

                                                                                 tcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc           >  2:540168/2‑91 (MQ=38)

                                                                                 gCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc           >  1:2066796/1‑91 (MQ=255)

                                                                                  cATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAcc          >  2:1910290/1‑91 (MQ=38)

                                                                                  cATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAcc          >  2:370589/1‑91 (MQ=38)

                                                                                   atatGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCa         <  2:403985/91‑1 (MQ=255)

                                                                                   atatGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCa         <  1:1869851/91‑1 (MQ=255)

                                                                                    tatGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCaa        >  1:937190/1‑91 (MQ=39)

                                                                                     atGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  1:2624021/1‑91 (MQ=39)

                                                                                     atGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  1:2926969/1‑91 (MQ=39)

                                                                                     atGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  1:3040781/1‑91 (MQ=39)

                                                                                     acgTTTAACATATGACTGTGGCATAGGATTATGCTGGCGGCATTTTACGATGCTTGATTTTATAAATAGTGAAGCCGATAAAGAAACCaaa       >  2:418516/3‑90 (MQ=255)

                                                                                      tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc      >  1:129841/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc      >  1:603267/1‑91 (MQ=255)

TACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAC  >  USA300TCH1516_ALE/216946‑217126

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`