Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE512,6430AG22.5% 379.5 / 109.5 191intergenic (+711/‑6052)recR/speA_2Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (94/54);  new base G (21/22);  total (115/76)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.11e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 211 total aligned reads displayed.

ATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAC  >  USA300TCH1516_ALE/512553‑512733
                                                                                          |                                                                                          
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 tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                           <  2:1613459/91‑1 (MQ=255)
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                 aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                           <  1:1357180/91‑1 (MQ=255)
                  aacaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat                                                                          >  1:1352481/1‑91 (MQ=255)
                   acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                         >  2:401992/1‑91 (MQ=255)
                    caactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTc                                                                        <  1:2727582/91‑1 (MQ=255)
                    caactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTc                                                                        >  2:1382319/1‑91 (MQ=255)
                     aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                       >  1:2367810/1‑91 (MQ=255)
                     aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                       >  2:1133474/1‑91 (MQ=255)
                     aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                       <  1:1045747/91‑1 (MQ=255)
                       ctcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTg                                                                     <  2:857845/91‑1 (MQ=255)
                        tcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                    >  1:1572809/1‑91 (MQ=255)
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                         caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                   >  2:2555241/1‑91 (MQ=255)
                         caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                   >  2:532962/1‑91 (MQ=255)
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                            ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                <  2:2144323/91‑1 (MQ=255)
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                                                                              gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc              >  2:2996422/1‑91 (MQ=255)
                                                                              gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc              >  2:277952/1‑91 (MQ=255)
                                                                              gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc              >  1:2437657/1‑91 (MQ=255)
                                                                              gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc              <  1:361319/91‑1 (MQ=255)
                                                                               aCTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCa             >  2:1479345/1‑91 (MQ=255)
                                                                                cTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa            <  1:2085589/91‑1 (MQ=255)
                                                                                attAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa            <  1:2590658/90‑1 (MQ=255)
                                                                                 ttAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa           >  1:3085362/1‑91 (MQ=255)
                                                                                     aTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAc       >  2:943538/1‑91 (MQ=255)
                                                                                        ttAATAAATTGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACTATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa    <  2:2697642/91‑1 (MQ=255)
                                                                                        ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa    >  2:137053/1‑91 (MQ=255)
                                                                                         taataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa   >  2:676798/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          aataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc  <  2:517647/91‑1 (MQ=255)
                                                                                          aataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc  <  2:517430/91‑1 (MQ=255)
                                                                                          aataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc  >  1:44603/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          aataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc  >  1:376572/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          |                                                                                          
ATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAC  >  USA300TCH1516_ALE/512553‑512733

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑