| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,744,205 | 0 | A | G | 21.0% | 444.8 / 105.4 | 200 | intergenic (+142/+51) | fda/mqo2 | Fructose‑bisphosphate aldolase class 1/putative malate:quinone oxidoreductase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (93/65); new base G (16/26); total (109/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
GTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCCGATTTTAAATATAGCTATTAGAATTTAGTTTTCGTAGTAACCTAATTCTAAGTCTTTTGAAGTT > USA300TCH1516_ALE/2744116‑2744295 | gtgCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGaaa < 2:711916/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAAt > 1:2912504/1‑91 (MQ=255) cTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAAt > 1:342029/1‑91 (MQ=255) cTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAAt > 1:404704/1‑91 (MQ=255) cTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAAt > 1:421671/1‑91 (MQ=255) ttAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTTCGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCt < 2:2702972/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |