Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 1,539,250 C→G intergenic (‑349/+37) aroC ← / ← USA300HOU_RS07505 Chorismate synthase/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE1,539,2500CG98.9% 652.8 / NA 183intergenic (‑349/+37)aroC/USA300HOU_RS07505Chorismate synthase/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (1/1);  major base G (87/92);  minor base A (1/1);  total (89/94)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 183 total aligned reads displayed.

ATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTA  >  USA300TCH1516_ALE/1539162‑1539336
                                                                                        |                                                                                      
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     aTCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGTACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaa                                                                                 <  1:2688758/91‑1 (MQ=255)
     aTCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaa                                                                                 <  1:1136427/91‑1 (MQ=255)
      tCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaa                                                                                >  2:2620491/1‑91 (MQ=255)
       cGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaa                                                                               >  1:1880792/1‑91 (MQ=255)
        gCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaa                                                                              >  2:3035765/1‑91 (MQ=255)
        gCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaa                                                                              >  1:1212930/1‑91 (MQ=255)
         cAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaaa                                                                             <  2:1525327/91‑1 (MQ=255)
          aaCTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaaaa                                                                            >  2:2930407/1‑91 (MQ=255)
          aaCTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTAAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaaaa                                                                            <  2:285488/91‑1 (MQ=255)
           aCTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAAt                                                                           <  1:2430022/91‑1 (MQ=255)
            cTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAAtt                                                                          <  2:1310097/91‑1 (MQ=255)
             tttAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTa                                                                         <  1:939702/91‑1 (MQ=255)
             tttAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTa                                                                         <  1:939862/91‑1 (MQ=255)
               tAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATg                                                                       <  1:2020541/91‑1 (MQ=255)
                aGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGa                                                                      <  1:1415502/91‑1 (MQ=255)
                aGCAAATAATATACTGACTACATTTCTAAATACAAAAGAACGAACAGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGa                                                                      <  2:408715/91‑1 (MQ=255)
                 gCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGat                                                                     >  1:220701/1‑91 (MQ=255)
                  cAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGata                                                                    >  2:1837516/1‑91 (MQ=255)
                  cAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGata                                                                    <  2:1668154/91‑1 (MQ=255)
                    aataatATACTGACTACATTTCTTAATACGAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATAtt                                                                  <  1:2485046/91‑1 (MQ=255)
                    aataatATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATAtt                                                                  >  2:701152/1‑91 (MQ=255)
                        atatACTGAGTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaaaa                                                              <  1:2972192/91‑1 (MQ=255)
                        atatACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaaaa                                                              <  1:79172/91‑1 (MQ=255)
                        atatACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaaaa                                                              <  1:2054921/91‑1 (MQ=255)
                          ataCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAata                                                            >  2:1991738/1‑91 (MQ=255)
                            aCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAAtata                                                          >  1:1720988/1‑91 (MQ=255)
                            aCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAAtata                                                          >  1:2107720/1‑91 (MQ=255)
                            aCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAAtata                                                          >  1:1720945/1‑91 (MQ=255)
                            aCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGCTAATCAGTGCGTTCAAAAAAATTATGATATTAACAtata                                                          >  1:2883904/1‑91 (MQ=255)
                             cTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATAc                                                         >  1:1275933/1‑91 (MQ=255)
                               gACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACat                                                       >  2:2798913/1‑91 (MQ=255)
                               gACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACat                                                       >  2:2800863/1‑91 (MQ=255)
                                 cTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACatat                                                     >  1:2750317/1‑91 (MQ=255)
                                 cTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACatat                                                     <  1:557045/91‑1 (MQ=255)
                                   aCATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACGTATGt                                                   >  2:2862538/1‑91 (MQ=255)
                                   aCATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGt                                                   <  2:1046181/91‑1 (MQ=255)
                                   aCATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGt                                                   <  2:1473878/91‑1 (MQ=255)
                                     aTTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTa                                                 >  2:1951769/1‑91 (MQ=255)
                                     aTTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTa                                                 <  2:2020496/91‑1 (MQ=255)
                                      tttCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTaa                                                >  2:2895543/1‑91 (MQ=255)
                                      tttCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTaa                                                <  2:481395/91‑1 (MQ=255)
                                      tttCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTaa                                                >  1:39130/1‑91 (MQ=255)
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                                        tCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAgc                                              <  1:2287146/91‑1 (MQ=255)
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                                                  aaaGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTta                                    >  1:2766518/1‑91 (MQ=255)
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                                                     gaacgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATAc                                 >  1:3015059/1‑91 (MQ=255)
                                                      aacgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACt                                >  2:1477084/1‑91 (MQ=255)
                                                      aacgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACt                                <  2:2751565/91‑1 (MQ=255)
                                                       acgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACtt                               >  2:1609784/1‑91 (MQ=255)
                                                       acgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACtt                               >  1:2959585/1‑91 (MQ=255)
                                                       acgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACtt                               >  2:298479/1‑91 (MQ=255)
                                                       acgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACtt                               <  1:1459769/91‑1 (MQ=255)
                                                        cgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACttt                              >  1:1637261/1‑91 (MQ=255)
                                                        cgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACttt                              >  2:345913/1‑91 (MQ=255)
                                                          aacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGa                            >  1:201043/1‑91 (MQ=255)
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                                                           acTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGAc                           <  2:1713055/91‑1 (MQ=255)
                                                           acTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGAc                           >  1:2529479/1‑91 (MQ=255)
                                                           acTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGAc                           >  1:3002924/1‑91 (MQ=255)
                                                            cTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACt                          >  1:1054928/1‑91 (MQ=255)
                                                            cTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACt                          >  1:352431/1‑91 (MQ=255)
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                                                                   ttattaATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCaaaaa                   >  1:1207042/1‑91 (MQ=255)
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                                                                     attaATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAata                 <  2:533875/91‑1 (MQ=255)
                                                                      ttaATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAatat                <  2:3040800/91‑1 (MQ=255)
                                                                        aataaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATaa              >  1:851988/1‑91 (MQ=255)
                                                                        aataaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATaa              >  1:768261/1‑91 (MQ=255)
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                                                                         ataaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAAt             <  1:1888933/91‑1 (MQ=255)
                                                                         ataaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAAt             <  1:667990/91‑1 (MQ=255)
                                                                           aaaGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCa           >  2:2413290/1‑91 (MQ=255)
                                                                           aaaGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCa           <  2:101468/91‑1 (MQ=255)
                                                                            aaGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCaa          <  1:1010214/91‑1 (MQ=255)
                                                                            aaGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCaa          >  2:1393442/1‑91 (MQ=255)
                                                                             aGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAt         >  1:1232210/1‑91 (MQ=255)
                                                                              gTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAtt        >  2:1811629/1‑91 (MQ=255)
                                                                              gTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAAAATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAtt        >  1:2608195/1‑91 (MQ=255)
                                                                               ttAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTc       <  1:1019309/91‑1 (MQ=255)
                                                                                 aaTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCtt     <  1:1154142/91‑1 (MQ=255)
                                                                                  aTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCttt    >  1:140952/1‑91 (MQ=255)
                                                                                  aTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCttt    <  2:2525461/91‑1 (MQ=255)
                                                                                    cAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTa  >  2:345869/1‑91 (MQ=255)
                                                                                    cAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTa  <  2:720719/91‑1 (MQ=255)
                                                                                        |                                                                                      
ATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTA  >  USA300TCH1516_ALE/1539162‑1539336

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: