Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,466,928 | T→C | 12.9% | F18S (TTC→TCC) | lcdH → | L‑carnitine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,466,928 | 0 | T | C | 12.9% | 88.7 / 2.4 | 37 | F18S (TTC→TCC) | lcdH | L‑carnitine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/15); new base C (3/2); total (20/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTAAATAACGAATTCTCTATTATTTTATCATGAATTAAATAACGTGTATGTCTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAATTACAGCCACGGTCTTTCTTTAAAAGAACGCGAAAATTTAGCATATACGCTATTTACACTAGAAGAA > USA300TCH1516_ALE/2466791‑2467067 | cTAAATAACGAATTCTCTATTATTTTATCATGAATTAAATAACGTGTATGTCTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAGACCGTAACATCTGAATTCAt < 2:181704/141‑1 (MQ=255) tAAATAACGAATTCTCTATTATTTTATCATGAATTAAATAACGTGTATGTCTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACACAAACCGTAACATCTGAATCCAtt > 2:141903/1‑141 (MQ=255) aTAACGAATTCTCTATTATTTTATCATGAATTAAATAACGTGTATGTCTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAGTTCATTGAc < 2:270604/141‑1 (MQ=255) aTAACGAATTCTCTATTATTTTATCATGAATTAAATAACGTGTATGTCTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATCCATTGAc > 2:128670/1‑141 (MQ=255) aTAACGAATTCTCTATTATTTTATCATGAATTAAATAACGTGTATGTCTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATCCATTGAc > 2:304827/1‑141 (MQ=255) gAATTCTCTATTATTTTATCATGAATTAAATAACGTGTATGTCTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATaa < 1:183589/141‑1 (MQ=255) aTTCTCTATTATTTTATGATGAATTAAATAACGTGTATGTCTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACa < 2:40650/141‑1 (MQ=255) tctcTATTATTTTATCATGAATTAAATAACGTGTATGTCTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATCCCCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCTTAACAAt < 2:19213/141‑1 (MQ=255) attTTATCATGAATTAAATAACGTGTATGTCTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCAAATGCa > 2:38787/1‑141 (MQ=255) ttttATCATGAATTAAATAACGTGTATGTCTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCat < 1:29789/141‑1 (MQ=255) ttATCATGAATTAAATAACGTGTATGTCTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCatga > 1:119220/1‑141 (MQ=255) aTCATGAATTAAATAACGTGTATGTCTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCatgatg > 2:237527/1‑141 (MQ=255) tCATTAATTAAATAACGTGTATGTCTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGc < 2:324573/141‑1 (MQ=255) tCAGGAATTAAATAACGTGTATGTTTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGc < 2:117511/141‑1 (MQ=255) gcaTTAAATAACGTGTATGTCTTAATGTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTGTTTACACATACTCAAACCGTAACATGTGAATTCAATGACCATAACAATCATATGCATGATCCAAAt < 1:245048/139‑1 (MQ=255) aaCGTGTATGTCTTAATTTATTCTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATc < 1:190483/141‑1 (MQ=255) tttatttTAGTAGGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGAcgtcg < 2:131764/141‑1 (MQ=255) ttatttTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGAcgtcgt < 1:278500/141‑1 (MQ=255) ttatttTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGAcgtcgt < 1:134609/141‑1 (MQ=255) aTAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAAt > 2:166551/1‑141 (MQ=255) aTAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGGGAATCGTTTTAAt > 1:266502/1‑141 (MQ=255) tAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAAtt > 1:3285/1‑141 (MQ=255) aGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAATTa > 1:163539/1‑141 (MQ=255) aGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAATTa < 1:27316/141‑1 (MQ=255) cACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTATTTACac > 2:209807/1‑140 (MQ=255) cTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAAACGTATTAATTACAGcc > 1:201086/1‑141 (MQ=255) ggAGATGGTTATTAACAAAAAACTTGTTACACATACTCAAACCGGAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAATTACAGCCACgg > 1:182188/1‑141 (MQ=255) agaTGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAATTACAGCCACGGtc > 1:41869/1‑141 (MQ=255) ttattaTCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAATTACAGCCACGGtctttctt > 2:253247/1‑141 (MQ=255) aaaCAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAATTACAGCCACGGTCTTTCTTTACAAGaa > 1:129932/1‑141 (MQ=255) ttttACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAATTACAGCCACGGTCTTTCTTTAAAAGAACGCGaaaa > 2:261579/1‑141 (MQ=255) ttACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGAAGTGAATCGTTTTAATTACAGAAAAGGTATGCTTCGAAAAGAACGCGAAAAtt > 2:149598/1‑141 (MQ=255) acaTACTCAAACCGTAACATCTGAATCCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAATTACAGCCACGGTCTTTCTTTAAAAGAACGCGAAAATTTAGc < 1:304827/141‑1 (MQ=255) acaTACTCAAACCGTAACATCTGAATCCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAATTACAGCCACGGTCTTTCTTTAAAAGAACGCGAAAATTTAGc < 1:128670/141‑1 (MQ=255) aaCCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAATTACAGCCACGGTCTTTCTTTAAAAGAACGCGAAAATTTAGCATATACGCt > 1:32698/1‑141 (MQ=255) cATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAATTACAGCCACGGTCTTTCTTTAAAAGAACACGAAAATTTAGCATATACGCTATTTaccc > 1:178054/1‑139 (MQ=255) cTGAATTCATGTACCATAACAATCATATGCTTTATGCAAATGATAAGATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAATTACAGCCACGGTCTTTCTTTAAAAGAACGCGAAAATTTAGCATATACGCTATTTACACTag < 1:149598/141‑1 (MQ=255) ttCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAATTACAGCCACGGTCTTTCTTTAAAAGAACGCGAAAATTTAGCATATACGCTATTTACACTAgaagaa < 2:293120/141‑1 (MQ=255) | CTAAATAACGAATTCTCTATTATTTTATCATGAATTAAATAACGTGTATGTCTTAATTTATTTTAGTATGATAGTCACTAAGGAGATGGTTATTATCAAACAACTTTTTACACATACTCAAACCGTAACATCTGAATTCATTGACCATAACAATCATATGCATGATGCAAATTATAATATCATTTTTAGTGACGTCGTGAATCGTTTTAATTACAGCCACGGTCTTTCTTTAAAAGAACGCGAAAATTTAGCATATACGCTATTTACACTAGAAGAA > USA300TCH1516_ALE/2466791‑2467067 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |