Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE512,6430AG49.5% ‑4.0 / 129.2 99intergenic (+711/‑6052)recR/speA_2Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (25/25);  new base G (25/24);  total (50/49)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 101 total aligned reads displayed.

TTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAA  >  USA300TCH1516_ALE/512513‑512774
                                                                                                                                  |                                                                                                                                   
aagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgtggccagacagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaaaataaAAAAAGTTATTAACTTAAATGttgatat                                                                                                                                 <  2:343248‑M1/28‑2 (MQ=255)
  gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa                                                                                                                               <  1:568112‑M1/30‑1 (MQ=255)
      cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaatttttgttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                                           >  2:486983‑M1/102‑135 (MQ=255)
      cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                                           >  2:93433‑M1/102‑135 (MQ=255)
       ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagaatagaacgtagccaggcagttatttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggccaagatacAAAAAGTTATTGACTTAAATGttgctaaaaggcat                                                                                                                          <  1:334565‑M1/35‑6 (MQ=255)
        tagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                                         >  1:648812‑M1/100‑135 (MQ=255)
         gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                                        >  1:646909/1‑135 (MQ=255)
         gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                                        >  2:130574/1‑135 (MQ=255)
         gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                                        >  1:229163/1‑135 (MQ=255)
         cttAAGCAGTCTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGTGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                                        >  2:126590/2‑135 (MQ=255)
         agcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagcacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAATTGTAtaa                                                                                                                        >  1:432496‑M1/99‑135 (MQ=255)
              cgatggtagtcgaacttacgtcccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaat                                                                                                                   >  1:164537‑M1/94‑135 (MQ=255)
                atggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc                                                                                                                 <  2:614579‑M1/44‑1 (MQ=255)
                     gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAACTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTATc                                                                                                            >  2:236889/1‑135 (MQ=255)
                     gAAAGCCTGGATAGGATTTATCTGCTGGGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                                            >  2:596353/1‑135 (MQ=255)
                     agtcgaacttacgttccgattaagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCttgcc                                                                                                            <  2:254784‑M1/49‑3 (MQ=255)
                      gtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                                           <  2:11998‑M1/50‑1 (MQ=255)
                      gtcgaacttacgttccgctagagtagaacggtgccaggcagttttttaatcaaaatttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGGATTAAATGTTGATAAAATGTCAAATGAATTATTGTCg                                                                                                           <  2:397684‑M1/50‑1 (MQ=255)
                      aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTAGAGGAAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAAAAATTATAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                                           <  2:449658/135‑1 (MQ=255)
                        aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCGTGTCGGt                                                                                                         >  1:506669/1‑135 (MQ=255)
                          aacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAACTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                                                                       >  2:70633‑M1/82‑135 (MQ=255)
                          aacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                                                                       <  2:4904‑M1/54‑1 (MQ=255)
                          aacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCATGTCGGTaa                                                                                                       <  2:140085‑M1/54‑1 (MQ=255)
                          aacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagatttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                                                                       <  1:673629‑M1/54‑1 (MQ=255)
                           cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                                      <  1:508071/135‑1 (MQ=255)
                           acttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                                      <  1:321453‑M1/55‑1 (MQ=255)
                             ttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa                                                                                                    >  1:96475‑M1/79‑135 (MQ=255)
                               acgttccgcttgagtataacgttgccagacagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTGATAAAATGTATAATTACTTCTTGTCGGTAAGaaaa                                                                                                  <  1:75383‑M1/59‑1 (MQ=255)
                                cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTTACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                                                                 >  1:36420‑M1/76‑135 (MQ=255)
                                 gttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                                >  1:501316‑M1/75‑135 (MQ=255)
                                  ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                                               >  1:181651‑M1/74‑135 (MQ=255)
                                        atttGTTGGGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAACTGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                                         <  2:618475/135‑1 (MQ=255)
                                         tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                                        <  2:291241/135‑1 (MQ=255)
                                         tctgttgCGGCAAACAAACCAACTCAACTTAATAAATAACGTGAATTACTAACGAAAATTAATTGTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGGATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                                        <  2:263366/133‑1 (MQ=255)
                                              tgAGGCAAAAAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAGATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                                   >  2:405079/1‑135 (MQ=255)
                                               gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGTTAAGAAAAATGAAAATTGaaaagg                                                                                  >  2:94719/1‑133 (MQ=255)
                                               gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATAAACATTGAAAACt                                                                                  >  2:512536/1‑135 (MQ=255)
                                                atgCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                                 <  1:8403/133‑1 (MQ=255)
                                                aGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAATATTCATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                                 <  1:453855/135‑1 (MQ=255)
                                                aGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                                 <  1:155151/135‑1 (MQ=255)
                                                 ggCACACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAACGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                                >  1:630667/1‑135 (MQ=255)
                                                 ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                                <  1:213228/135‑1 (MQ=255)
                                                 acgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                                <  1:61484‑M1/77‑1 (MQ=255)
                                                   gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAt                                                                              <  2:164693‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                      acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGCAAACTGAATGAc                                                                           <  2:141641/135‑1 (MQ=255)
                                                      acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc                                                                           >  1:187157/1‑135 (MQ=255)
                                                       ccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                                          >  2:295096‑M1/53‑135 (MQ=255)
                                                        caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                                         <  2:58768‑M1/84‑1 (MQ=255)
                                                         aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGTATATTGAAAACTGAATGACAat                                                                        >  1:574273‑M1/51‑135 (MQ=255)
                                                          aacaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                                       >  2:51745/1‑135 (MQ=255)
                                                             agttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                                    <  2:391351‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                                               ttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                                  >  2:334565‑M1/45‑135 (MQ=255)
                                                                tttttaagcaaagtttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                                 >  2:165716‑M1/44‑135 (MQ=255)
                                                                  aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACg                                                               >  2:254164/1‑135 (MQ=255)
                                                                  aactTAAGAAATAACTTCAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACg                                                               <  2:589469/135‑1 (MQ=255)
                                                                     ttAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAACACTGAATGACAATATGTTAACGTTa                                                            <  2:229163/135‑1 (MQ=255)
                                                                      tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTGAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACACTATATCAAGGTTaa                                                           >  2:338915/1‑135 (MQ=255)
                                                                       aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATTTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                                          <  2:332450/135‑1 (MQ=255)
                                                                          aattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                       <  1:134921‑M1/102‑1 (MQ=255)
                                                                          aaaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTAAATGAGAATATATCAACGTTAATTcc                                                       >  2:85946/1‑135 (MQ=255)
                                                                           aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATCAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAATAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCa                                                      >  2:349074/1‑135 (MQ=255)
                                                                              aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCACCGTTAATTCCaaaa                                                   >  1:436324/1‑135 (MQ=255)
                                                                              aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATACCaaaa                                                   >  2:442705/1‑135 (MQ=255)
                                                                              aaCTTGAATTACTAACGAAAAATAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                                   >  1:163221/1‑135 (MQ=255)
                                                                                 gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAc                                                >  2:134921‑M1/27‑135 (MQ=255)
                                                                                     aaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTAACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                                            <  1:247225‑M1/113‑1 (MQ=255)
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                                                                                       aaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGGAACt                                          >  1:583577‑M1/21‑135 (MQ=255)
                                                                                         cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat                                        <  1:251094/135‑1 (MQ=255)
                                                                                          tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                                       >  1:437608/1‑135 (MQ=255)
                                                                                              gAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTTAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                                   <  1:81368/135‑1 (MQ=255)
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                                                                                                aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAATGAATGACAATATATCAACGTTAATTACAAAAAACGTAACTATAAGTTAc                                 <  1:645244/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                aaaGTAATTGTAAATAGTTATTGACTTAAATTTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTCTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAATCGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc                                 <  2:386812/135‑1 (MQ=25)
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                                                                                                         aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCTAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACaatat                        >  1:297621‑M1/3‑135 (MQ=255)
                                                                                                          tAAAAAGTTATTGACTTAAAAGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt                       >  1:429670/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                          aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt                       <  2:153612‑M1/134‑1 (MQ=255)
                                                                                                          aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt                       <  1:672488‑M1/134‑1 (MQ=255)
                                                                                                           aaaaaTTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt                      <  2:658109/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                 ttATTGCCTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAACTGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAtt                >  2:178101/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                 ttATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAGTTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGAAtt                >  2:131647/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                  tATTGACTTAAATGTTACTAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACTATATGTCAAAATTAATAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAttt               <  2:69973/135‑1 (MQ=21)
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                                                                                                                  tATTGACTTAAATGTTAATAAAATGGATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAttt               <  2:503959/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTAt             <  2:338422/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAATTACAAACATTATTTAGATTTTAt             >  1:644110/1‑135 (MQ=255)
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                                                                                                                      gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAACGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCACAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa           <  2:382782/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       aCTTCAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTTTGAg          >  1:608153/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                           aaaTGTTGATAAAATGTATAATCAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCaaa      >  2:136030/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                           aaaTGTTGATAAAATGTATAATCAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTACAAAAAACGTAACTATAAGTTAAAAACAGTGTTTAGCACTTATGAGCaaa      >  2:631061/1‑135 (MQ=18)
                                                                                                                            aaTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAAt     <  2:568112/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               gTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTATAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaa  <  1:578613/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  |                                                                                                                                   
TTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAA  >  USA300TCH1516_ALE/512513‑512774

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑