Predicted mutation
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RA	USA300TCH1516_ALE	1,539,250	C→G	intergenic (‑349/+37)	aroC ← / ← USA300HOU_RS07505	Chorismate synthase/hypothetical protein

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*	USA300TCH1516_ALE	1,539,250	0	C	G	100.0%	100.5 / NA	35	intergenic (‑349/+37)	aroC/USA300HOU_RS07505	Chorismate synthase/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base G (15/20);  total (15/20)

ATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAA  >  USA300TCH1516_ALE/1539124‑1539374                                                                                                                               |                                                                                                                             ataATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaa                                                                                                                      >  1:322111/1‑135 (MQ=255)   aaTCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCCACCTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaa                                                                                                                    <  2:248038/135‑1 (MQ=255)             taaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGata                                                                                                          >  2:527739/1‑135 (MQ=255)             taaAAATGATTAGCCGTTTAAATATAATCGTAACGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGata                                                                                                          >  1:590888/1‑135 (MQ=255)              aaaaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGatat                                                                                                         <  1:359493/135‑1 (MQ=255)               aaaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAATTGGTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATAtt                                                                                                        <  1:524713/135‑1 (MQ=255)                 attGATTAGCCGTTTTAATATAATCTTATCGCAACTTTAGCAAAACATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaa                                                                                                      <  2:612290/133‑1 (MQ=255)                 aaTTATTATCTGTTTTAATATAATCGTATCGTAACTTTAGCAAATAATAGACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaa                                                                                                      <  2:305068/135‑1 (MQ=255)                     aTTTGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAATTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATCCAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAata                                                                                                  <  2:37702/135‑1 (MQ=255)                          ccGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAAtataata                                                                                             >  2:677406/1‑132 (MQ=255)                           cGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACata                                                                                            <  2:53698/135‑1 (MQ=255)                                          gTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTg                                                                             <  2:521272/135‑1 (MQ=255)                                              cGCAACTTTAGCAAATAATATACTAACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTtat                                                                         >  1:180421/1‑135 (MQ=255)                                               gCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTACTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTtata                                                                        <  1:267460/135‑1 (MQ=255)                                               gCAACTTTAGCAAATAATATACTGACGACATTTCTTAATACAAAAGAACAAACAGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGGTTAAAAAAATTATGATATTGAAAAATACCTATGTTAAACGCGTTTATtata                                                                        >  2:124389/1‑135 (MQ=255)                                               gCAACTTTACCAAATAATCTACAGACTACATTTCGTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAACATACATATGTTAAGCGCTTTTGTtata                                                                        <  2:185530/135‑1 (MQ=255)                                                  aCTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACtt                                                                     >  1:592936/1‑135 (MQ=255)                                                    tttAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTg                                                                   >  2:259081/1‑135 (MQ=255)                                                    tttAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATAATTTg                                                                   >  1:329716/1‑135 (MQ=255)                                                                 ataCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAatat                                                      <  2:590888/135‑1 (MQ=255)                                                                   ctcgACTACATTTTTTAATACAAGAGAACGCTCAGTTAATTATTAAGAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCTCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATaa                                                    <  2:37047/132‑1 (MQ=255)                                                                     tGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGTGTTGAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATATTTTGACTTCAAAAATATAATc                                                  <  1:454053/135‑1 (MQ=255)                                                                     tGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATc                                                  <  2:310181/135‑1 (MQ=255)                                                                     tGACTACATTGCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGTTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATAGAATc                                                  <  1:139605/135‑1 (MQ=255)                                                                       aCTACATTTCTGAATACAAAAGAATAAACTTTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCaa                                                >  2:80631/1‑135 (MQ=255)                                                                                  tAATACAAAAGAACGAACTGATAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTa                                     >  1:172411/1‑135 (MQ=255)                                                                                                 aacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAatat                      >  1:191994/1‑135 (MQ=255)                                                                                                 aacTGGTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGATTAAAAAAAATATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATCCATAAAAAttaa                      >  2:538782/1‑134 (MQ=255)                                                                                                        aaTTATTAATAAAGTTAATGAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATATATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATgag               >  2:554386/1‑135 (MQ=255)                                                                                                        aaTTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATgag               <  2:67098/135‑1 (MQ=255)                                                                                                             ttaATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCa          >  1:555961/1‑135 (MQ=255)                                                                                                                  aaaGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTACGCGTATCATTAAGACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAATAATATAAATGAGAGGCAGtaga     <  1:126861/135‑3 (MQ=255)                                                                                                                  aaaGTTAATCAGTGCGTTT‑AAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAACATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaa    <  1:269372/135‑1 (MQ=255)                                                                                                                     gTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaaaa  <  2:322111/135‑1 (MQ=255)                                                                                                                     gTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaaaa  <  1:540272/135‑1 (MQ=255)                                                                                                                               |                                                                                                                             ATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAA  >  USA300TCH1516_ALE/1539124‑1539374

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑