Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,337,959 | C→T | intergenic (‑125/‑283) | adhR ← / → USA300HOU_RS11940 | HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,337,959 | 0 | C | T | 98.7% | 498.0 / NA | 157 | intergenic (‑125/‑283) | adhR/USA300HOU_RS11940 | HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (102/51); total (105/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
TTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAT > USA300TCH1516_ALE/2337828‑2338088 | ttttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATAtt > 1:506319/1‑135 (MQ=255) ttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTc > 2:600043/1‑135 (MQ=255) cGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGttt > 1:34395/1‑135 (MQ=255) cTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTTATCGTTTTTa > 2:446959/1‑135 (MQ=255) cTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTAAAATTTAGATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTa > 1:93152/1‑135 (MQ=255) tATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTaa > 1:570886/1‑135 (MQ=255) aTCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAAt > 2:625401/1‑135 (MQ=255) aTCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAAt > 1:625087/1‑135 (MQ=255) aTCCTTTCAGTTATGTTTCAACCACAAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAAt > 1:670242/1‑135 (MQ=255) cTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTACATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTGATTAc > 2:82653/1‑135 (MQ=255) cTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTAc > 2:566519/1‑135 (MQ=255) cTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTATATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTATTAATATATAACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTAc > 1:660899/1‑135 (MQ=255) aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTCATTACTTTaa > 2:155945/1‑135 (MQ=255) aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaa > 2:639082/1‑135 (MQ=255) aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaa > 1:635158/1‑135 (MQ=255) aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaa > 2:471948/1‑135 (MQ=255) aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaa > 1:450751/1‑135 (MQ=255) aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATCACCTTTGATATATTGTCTGCTTCAATATAATTGTTCTGAGGTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaa > 2:637919/1‑135 (MQ=255) tttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGt > 1:505661/1‑135 (MQ=255) tttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATAAATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGt > 1:177012/1‑135 (MQ=255) tttGGTCGTCTAAAGTAATATTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGt > 1:102889/1‑135 (MQ=255) ttGGTCGTCTAAAGTAATGCTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTGATTACTTTAAAAATTGta > 1:369212/1‑135 (MQ=255) tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtat > 1:533352/1‑135 (MQ=255) tGGTCGTCTAAAGTAATGTTACTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtat > 1:557879/1‑135 (MQ=255) ggTCGTTTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtata < 2:210460/135‑1 (MQ=255) tcgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAAc > 1:29534/1‑135 (MQ=255) tcgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTAAACAAGAACAAATC‑ACATTTACTCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAAc > 1:263644/1‑135 (MQ=255) cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTATTTACTTTTAATATTGTATAACt > 1:480724/1‑135 (MQ=255) cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTATCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATaaat > 1:482156/1‑133 (MQ=255) cgtcTAAAGTAATGTTGATAAATATAATGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACt > 1:167063/1‑135 (MQ=255) gtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAGATTTGTTTAACtt > 1:383383/1‑135 (MQ=255) gtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACtt > 2:581733/1‑135 (MQ=255) atatAAAGTAATGCTGCTATATATATTGTTATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTTCTCAAATTTTAATTTGTCTATTTATTACCACTTT‑ATATTTGATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATTACtt > 2:167622/4‑135 (MQ=255) tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCCTCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa > 2:394725/1‑135 (MQ=255) tAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTATTCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTaaa > 1:404088/1‑135 (MQ=255) acaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATGTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAat > 1:87155/3‑135 (MQ=255) aaaGTAATGTTGCTTTATAAAATATCAACTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAat > 1:473552/1‑135 (MQ=255) aGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATCATTATTATTTTATTAATCAGATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAAAATGTT‑ATATTTCTTCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAatct > 2:234600/1‑133 (MQ=255) aTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaa > 2:295075/1‑135 (MQ=255) aTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaa > 2:294075/1‑135 (MQ=255) aTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaa > 1:423204/1‑135 (MQ=255) aTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaa > 2:487147/1‑135 (MQ=255) aTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATAATTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaa > 1:334374/1‑135 (MQ=255) ttGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATATCTTAAATATTTAAAAt < 1:514363/135‑1 (MQ=255) tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATg > 1:545965/1‑135 (MQ=255) tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATg > 1:145509/1‑135 (MQ=255) tttATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAAAATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAGATTGTATAAATTAAATATTTAAAATGata > 2:236992/1‑135 (MQ=255) atatTGTTAACTTCGTTTGTATACTTCTTATTTTATTACTGAAATTTAAATTTGTCTCTTTGTAACCAGTGT‑ACATGTCATCTTTGTTAATTACTTTAAAAATTGTCTAACTTAAATATTTAAAATGATCTAATc < 2:49899/135‑1 (MQ=255) tatTGTTATCTTTGTTTGAATACTTCTTTTTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATCTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAATTTATATATTTAAAAAGAAATAAGCa < 1:46018/135‑1 (MQ=255) atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCAc > 2:575427/1‑135 (MQ=255) atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCAc > 2:323403/1‑135 (MQ=255) tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTa > 1:364026/1‑135 (MQ=255) tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAATTATTATAATAACTa > 2:316028/1‑135 (MQ=255) tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTa < 2:612963/135‑1 (MQ=255) gAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt > 2:468911/1‑135 (MQ=255) aaTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATAACTAAAGTGGATAATAttt > 2:358375/1‑135 (MQ=255) aaTACTTCTTATTTTATAACTCAAATTTAAATTTATCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGCTTGATAATAttt > 1:13722/1‑135 (MQ=255) aaTACTTCTTAGTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAttt > 1:337614/1‑135 (MQ=255) atccttcttATTTTATTACACAAATTTAAATTAGTCTCTATTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa > 1:62946/4‑135 (MQ=255) aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTGAAATGATATAATCACTAAGATTTATAATATTTa > 1:130803/1‑135 (MQ=255) aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa > 2:675205/1‑135 (MQ=255) aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa > 1:207066/1‑135 (MQ=255) tACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTaa < 1:600043/135‑1 (MQ=255) tACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATATGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTaa > 1:27032/1‑135 (MQ=255) aCTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAt > 1:589/1‑135 (MQ=255) tcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAtttt > 1:533710/1‑135 (MQ=255) tattaCTTAAATTTAATTTTGTATCTCGGTTAACATTTTGTTATTTTGTAGATAAG‑ATTACTTTAAAAATTGTAGAACTTATATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAat < 1:448227/135‑1 (MQ=255) tattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAat > 1:292700/1‑135 (MQ=255) aCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTTTTTTT‑TTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGTTATAATCACTAACATTTTTATTATTTAATTTTTTGATAattttt > 2:464399/1‑135 (MQ=255) cTCACATTTAAATTTATCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttt > 1:296875/1‑135 (MQ=255) aaatttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAg > 1:626730/1‑135 (MQ=255) aatttGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAt < 2:526168/135‑1 (MQ=255) atctGTCTCTTTTTTAACTTTTT‑ATATTTCATCGTTTTTACTTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTTATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtt < 2:409323/132‑1 (MQ=255) tGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAttttt > 2:514432/1‑135 (MQ=255) gTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAAATAATTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTg < 2:404088/135‑1 (MQ=255) gTCTCTTTTTTAACACTTT‑ATATTTCATCGATTTTAATTATTTTGATAATTGTTTATCTTCAATTTTGAAAATTTTATAATCATTAAGATTTATAATATTTAATGTTTTTGAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTg < 2:200146/135‑1 (MQ=255) tctcTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg < 2:482156/135‑1 (MQ=255) ctctTTTTTAACATTTT‑ATATTTAATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTggg > 1:292422/1‑135 (MQ=255) ttttttAACATTTT‑ATATTTCATTGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGa < 2:522601/135‑1 (MQ=255) ttttttAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGGGa < 1:66684/135‑1 (MQ=255) tttttACCATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTGTTGTGTAAt > 1:21565/1‑135 (MQ=255) tttttAACATTTT‑ATATTTCATCGATTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGAGTGAt > 1:437141/1‑135 (MQ=255) ttttAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATg < 1:575427/135‑1 (MQ=255) ttttAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATg < 1:323403/135‑1 (MQ=255) tttCACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAAACACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGc > 1:401626/1‑135 (MQ=255) ttAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCg > 2:12011/1‑135 (MQ=255) tAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAATATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg < 1:156503/135‑1 (MQ=255) tAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg < 1:471948/135‑1 (MQ=255) aaCATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGa < 2:660899/135‑1 (MQ=255) acttttt‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaa < 2:676826/132‑1 (MQ=255) aCATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaa < 2:562615/135‑1 (MQ=255) aCATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaa < 2:505661/135‑1 (MQ=255) aCATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaa < 2:369212/135‑1 (MQ=255) aCATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGCTGCACTTTCTGAGTGATACGTaa < 2:669677/135‑1 (MQ=255) cATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaaa < 1:388418/135‑1 (MQ=255) aTTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTTATTTTTTTTTTATTTGCAATATTTCGGTGTAGCGGagaa > 2:260592/1‑135 (MQ=255) aTTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaaaa < 2:177012/135‑1 (MQ=255) aTTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaaaa < 1:82653/135‑1 (MQ=255) tttt‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGTAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAt < 1:637919/135‑1 (MQ=255) tttt‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAt < 2:450751/135‑1 (MQ=255) | TTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAT > USA300TCH1516_ALE/2337828‑2338088 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |