| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 478,502 | C→A | D342E (GAC→GAA) | nuoL → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit L |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 478,502 | 0 | C | A | 98.6% | 224.0 / NA | 74 | D342E (GAC→GAA) | nuoL | NADH‑quinone oxidoreductase subunit L |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (30/42); minor base G (0/1); total (30/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTA‑TTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGT > USA300TCH1516_ALE/478373‑478627 | tgCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTA‑TTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTTAAGAAGCTTa < 1:472093/135‑1 (MQ=255)tgCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTA‑TTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTa > 2:664170/1‑135 (MQ=255)tgCATTGGGTGTATATTCAACAGCGATTATTCATTTAATATGGCACGGTA‑TTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGACGCGATCCAATATTCCAAAACAAGCATCGGCTAAAGAAGCTTa > 1:429653/1‑135 (MQ=255) gCATTGGGTGTATATTCAGCAGCAATTATTCATTTAATATTGCACGGTA‑TTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAGGAAGCTTAt > 1:558390/1‑135 (MQ=255) cATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTA‑TTTTTAAAGGAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATTTTCCAAACACAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATg > 2:179712/1‑135 (MQ=255) cATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTA‑TTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATg > 2:196998/1‑135 (MQ=255) cATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTA‑TTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATg > 2:431253/1‑135 (MQ=255) cATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTA‑TTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAAGCAGATTCTATCGTGAAGCGCTTCAATATTCCAAAACAAGAATCTGCTAAAGAAGCTTaga > 2:13192/1‑133 (MQ=255) tGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTA‑TTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCt < 1:62458/135‑1 (MQ=255) tGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTA‑TTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATATGCTAAAGAAGCTTATGGCt > 2:583111/1‑135 (MQ=255) 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gATTATTCATTTAATATTACACGGTA‑TTTTTATATCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGTTGGATTGTCATGGGACgtgt > 2:140656/1‑135 (MQ=255) attattCATTTAATATTTCACGTTA‑TTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAGGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTa < 2:553422/135‑1 (MQ=255) attattCATTTAATATTGCACGGTA‑TTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTGTAACTTTAAGCGTTTAAATATTGCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTa < 2:40432/135‑1 (MQ=255) attCATTTAATATTGCACGGTA‑TTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAATACAAGCATCTGCTAAAGTTGTTTATGGCTGGATTGTGATGGGACGTGTAtga < 1:206311/135‑3 (MQ=255) attCATTTAATATTGCACGGTA‑TTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTa > 1:680579/1‑135 (MQ=255) tCATTTAATATTGCACGGTA‑TTTTTAAAGCAACATAATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGc > 1:103961/1‑135 (MQ=255) 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ttttACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACa < 1:58686/135‑1 (MQ=255) gggTTCTATCGTGGAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTTTTATTGTGTTATTTTTTTTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCata < 1:233615/134‑1 (MQ=255) gTTCTATCGTGAAGCGATACAATATTCCAAAACAAGCATCTACTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATg > 1:546376/1‑135 (MQ=255) tCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGaa > 1:529291/1‑135 (MQ=255) tCTATCGGGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGaa < 1:16373/135‑1 (MQ=255) cTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCTTATGAAg < 1:431253/135‑1 (MQ=255) cTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGAATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAg > 1:519783/1‑135 (MQ=255) tATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAgt > 1:13267/1‑135 (MQ=255) aTCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATATGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATAGTGGCAATTCGATTTTGGATGAGTAGGGAACGAAGTGAATATGaaagg > 2:513185/1‑132 (MQ=255) tCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAgtgt < 1:196998/135‑1 (MQ=255) cGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTTTATTTTGGATGAGTAGTGATAGAAGTGCATATGAAGTGtt < 1:221568/135‑1 (MQ=255) gTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGAGAGAAGTGCATATGAAGTGTTa > 2:454040/1‑135 (MQ=255) 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aTTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACt < 2:680579/135‑1 (MQ=255) ttCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGTATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCAcgc < 1:178475/135‑3 (MQ=255) atatTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTc > 1:609098/1‑135 (MQ=255) atatTCCAAAACAAGCATCTACAAAAAAAACTAATGACTAGATTGTCAAAGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTc > 1:112282/1‑135 (MQ=255) ttCCAAACCAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAg < 2:502327/135‑1 (MQ=255) tCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGATTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAgg < 1:391466/135‑1 (MQ=255) 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aaccATCTGCCAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCAt < 2:174163/132‑1 (MQ=255) aGCCTCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCAtt > 1:666431/1‑135 (MQ=255) tcggCTAAAGAATCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATGAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACtt < 2:498870/132‑1 (MQ=255) tGCTACAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTAACGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCCTTCTAGGATGGTCATTACTTGt > 1:60856/1‑135 (MQ=255) | TGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTA‑TTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGT > USA300TCH1516_ALE/478373‑478627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |