Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 707,909 A→T M1M (TTG→ATG) † znuC_1 ← High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE707,9090AT98.6% 226.1 / NA 71M1M (TTG→ATG) †znuC_1High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (1/0);  new base T (37/33);  total (38/33)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACT  >  USA300TCH1516_ALE/707781‑708039
                                                                                                                                |                                                                                                                                  
ggAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGttt                                                                                                                              >  2:568401/1‑135 (MQ=255)
  aaGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTtat                                                                                                                            >  2:557691/1‑135 (MQ=255)
  aaGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAAGGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGAGTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTtat                                                                                                                            >  2:666972/1‑135 (MQ=255)
  aaGAATTACCAGAACCATACGGGCCCATGATAGCAATTATTTCGCCGAGTACTGGTTTCGATAAGGTAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGATTCTAACAAACGTTtaa                                                                                                                            >  2:614078/1‑134 (MQ=255)
   aGATTTATCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAACTGTGTTTAAGTAAATTGCAACTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGGTtata                                                                                                                           <  1:269690/135‑1 (MQ=255)
   aGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTtata                                                                                                                           <  2:78469/135‑1 (MQ=255)
           cAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTGTCGCTAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCATTTGTTTCTAACATACGTTTATAcctactca                                                                                                                   >  2:655518/1‑133 (MQ=255)
           cAGCACCATTCGGGCCAATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTaa                                                                                                                   >  1:538734/1‑135 (MQ=255)
                acATTCGGGCCCATGATAAAAATTATTTCGCCGCGTAAAGGTATCGATAGAGAAATGATTTTAAGTACATACTTATAACCTAAAAACACACTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGATTCTACCTCCTAATCaaa                                                                                                              >  2:167288/2‑135 (MQ=255)
                   ttCGGGCCCATGATACCAATAATTTCGCCGAGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGt                                                                                                           >  1:340849/1‑135 (MQ=255)
                    tCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGtt                                                                                                          <  1:328086/135‑1 (MQ=255)
                    tCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTACTAATTAAAAGtt                                                                                                          <  1:248670/135‑1 (MQ=255)
                        gCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTGAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAgg                                                                                                      <  1:95620/135‑1 (MQ=255)
                         cccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGc                                                                                                     <  1:64428/135‑1 (MQ=255)
                          ctattaTACCAATTATTTCTCCTGTTTCTGTTATCGATAAGGAAATGTTTTTAATTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATATCTCCTAATTAAAAGTGTAGGCt                                                                                                    <  1:630476/130‑1 (MQ=255)
                                    aaTTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaatta                                                                                          <  1:241092/135‑1 (MQ=255)
                                    aaTTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaatta                                                                                          <  2:201947/135‑1 (MQ=255)
                                     attattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGACTAACCtaattaa                                                                                         >  2:264053/1‑135 (MQ=255)
                                        attTCGCCGCGTCCTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTGAAGTACATGCTTATTACATAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACTCCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTCATTAATTg                                                                                      >  2:30636/1‑135 (MQ=255)
                                        attTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTTCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATGAATTg                                                                                      <  1:178391/135‑1 (MQ=255)
                                        attTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAACTGATCACTTg                                                                                      >  2:59930/1‑135 (MQ=255)
                                          ttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGta                                                                                    <  1:673205/135‑1 (MQ=255)
                                              ccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTataat                                                                                <  1:442488/135‑1 (MQ=255)
                                                       ggTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTACTTAATTGTATAATAAACTggga                                                                       >  2:322057/1‑135 (MQ=255)
                                                         tATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAat                                                                     >  2:230563/1‑135 (MQ=255)
                                                         tATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAat                                                                     <  2:515449/135‑1 (MQ=255)
                                                          aTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAata                                                                    <  1:45397/135‑1 (MQ=255)
                                                          aTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAata                                                                    <  2:18093/135‑1 (MQ=255)
                                                          aTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAata                                                                    >  2:167377/1‑135 (MQ=255)
                                                          aTCGATAAGGAAATGTGTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAata                                                                    <  2:347387/135‑1 (MQ=255)
                                                            cGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAtt                                                                  >  1:602857/1‑135 (MQ=255)
                                                                   gAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATg                                                           <  2:152492/135‑1 (MQ=255)
                                                                    aaaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGt                                                          <  2:402915/135‑1 (MQ=255)
                                                                     aaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTc                                                         <  1:217609/135‑1 (MQ=255)
                                                                       tcgtgttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCaa                                                       <  2:96163/130‑1 (MQ=255)
                                                                        gTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATATAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAg                                                      >  1:211212/1‑135 (MQ=255)
                                                                        gTTTATAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGAATTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAg                                                      >  1:460330/1‑135 (MQ=255)
                                                                            ttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTaaa                                                  >  1:578843/1‑135 (MQ=255)
                                                                                 tACATGCTTATTACCTAAAAACAAATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGGCAGACGAATGAATTGTATAATAAACTAAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGt                                             >  1:95648/1‑135 (MQ=255)
                                                                                     tGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGata                                         >  2:547883/1‑135 (MQ=255)
                                                                                      gCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTTAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatat                                        <  1:383674/135‑1 (MQ=255)
                                                                                      gCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatat                                        <  1:214036/135‑1 (MQ=255)
                                                                                          attaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataata                                    >  2:445845/1‑135 (MQ=255)
                                                                                          attaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataata                                    >  2:420396/1‑135 (MQ=255)
                                                                                          attaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTAAAGTAAATTCGTGatataata                                    >  2:154627/1‑135 (MQ=255)
                                                                                          attaCCTAAAAACAAATTAAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataata                                    >  1:289996/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                  aaaaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAat                            >  1:576604/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                   aaaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGTGAATATTTATTATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatg                           <  1:238270/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                     ctagagTTTAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgta                         <  2:278913/133‑1 (MQ=255)
                                                                                                     acggATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgta                         <  2:278936/132‑1 (MQ=255)
                                                                                                      cAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgtat                        <  1:217933/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                       aGATTTAAATCTTTTGTTTCCAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgtatg                       <  1:593317/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                        gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgtatgt                      >  2:432655/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                         aTTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTAtgtg                     >  1:57370/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                           ttAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTGGGGATATAATATAGACAatgtatgtagg                   >  2:399822/1‑132 (MQ=255)
                                                                                                           ttAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAg                   >  2:380960/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                             agaTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATGTTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGt                 >  2:362729/3‑135 (MQ=255)
                                                                                                             aaaTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGt                 >  2:58016/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                             aaaTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGt                 >  1:580362/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                              aagtttttGGTTCTAACATACGTTTATACCTCATAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTg                <  2:578843/131‑1 (MQ=255)
                                                                                                                tCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAAAATGTATGTGAGGTGaa              >  2:519866/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                         tCTTACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACATAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGAGAAAGTATGTTa     >  1:294899/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                         tCTAACATACGTTTATACCTCCTAATAAAAAATTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGCGGTGAAAGTATGTTa     >  1:381868/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                          cTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTaa    >  2:233437/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                          cTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAATTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTaa    >  1:572736/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                           tAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAAc   <  2:602857/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           tAACATACGTTTATACCTCCTAATAAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAAc   >  1:590968/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                            aaCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGGTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATACAGACAATGTATGTGAGTTGAATGTATGTTAACt  <  1:311233/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            aaCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACt  <  2:460330/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            aaCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACt  <  2:79843/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            aaCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACt  <  2:211212/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                |                                                                                                                                  
GGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACT  >  USA300TCH1516_ALE/707781‑708039

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑