| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 538,142 | T→C | 9.6% | F151F (TTT→TTC) | mfd → | Transcription‑repair‑coupling factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 538,142 | 0 | T | C | 9.6% | 184.4 / 10.6 | 73 | F151F (TTT→TTC) | mfd | Transcription‑repair‑coupling factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/28); new base C (4/3); total (42/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.32e-01 | |||||||||||
ACTGCGTTAGCTCAAGGTAAGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAATCAGAATTGAGCTATTTGATACCGA > USA300TCH1516_ALE/538005‑538279 | aCTGCGGTAGCTCAAGGTAAGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCtt < 2:402992/141‑1 (MQ=255) cTGCGTTAGCTCAAGGTAAGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTa > 2:109620/1‑141 (MQ=255) gCGTTAGCTCAAGGTAAGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAAc < 2:99670/141‑1 (MQ=255) gTTAGCTCAAGGTAAGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACaa > 1:528964/1‑141 (MQ=255) ttAGCTCAAGGTAAGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACaaa < 2:486363/141‑1 (MQ=255) gtAGCTCAAGGTAAGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAAGGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAAGCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACaaa < 2:666923/140‑1 (MQ=255) gtAGCTCAAAGTAATAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACaaa < 1:704162/140‑1 (MQ=255) cTCAAGGTAAGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAACGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCGATTTCTTAACAAATTAg > 2:519527/1‑141 (MQ=255) cAAGGTAAGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGtt < 1:578402/141‑1 (MQ=255) aGGTAAGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTaa > 1:657395/1‑141 (MQ=255) aaGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATAAGTTAatagg > 2:127713/1‑139 (MQ=255) aaGAAAGGGATAGTTATCTTTCCGTTAAATGTGTTGAAAAAGGGGTGAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATg > 2:648390/1‑141 (MQ=255) aGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATgg > 1:762829/1‑141 (MQ=255) aaGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGt > 1:262442/1‑141 (MQ=255) ggTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTCCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACa > 2:291647/1‑141 (MQ=255) ggTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTCCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACa > 2:414871/1‑141 (MQ=255) ggTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTCCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACa > 2:95552/1‑141 (MQ=255) atttatCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACg < 2:412579/141‑1 (MQ=255) aattatCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATGGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACg < 2:247207/139‑1 (MQ=255) tttatCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACgg > 2:142463/1‑141 (MQ=255) tCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACACATTGGTTAATATGGGGATCAAACGGGagc > 2:365510/1‑139 (MQ=255) ttCCTTTAAATCCTAGTAAAAAGTGGGTAACTGCTGTTGTACGGTCGCAACACCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTTAGTATATCGATGTAGACCAATGTCTTAACAAAGTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCg < 2:500385/141‑1 (MQ=255) tCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGt < 1:466405/141‑1 (MQ=255) tttAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGAGCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGt > 2:598865/1‑141 (MQ=255) tttAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACAGGAATCCGTGGt > 2:243909/1‑141 (MQ=255) gAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAACGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTCGGTGCGGATATCGATGTGGACCAATTCCTTAACAAGTTAGTTAATTTGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTgg > 2:449438/1‑141 (MQ=255) aGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTTAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAAt > 1:282546/1‑141 (MQ=255) gTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTTTCGCATATTGGTGAAtt > 2:329412/1‑141 (MQ=255) gTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATAGGATATTGGTGAAtt > 2:741867/1‑141 (MQ=255) tGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGCATCGCATATTGGTGAATtc > 2:50399/1‑141 (MQ=255) tatcTCCTGTTGAAATGTTGCAAAATCACCAAATGACATTCCGGCCAGGTGACGTTATCCGTGTGGGCCAATTTCTTATCACGCTATTTAATTCGGGGTACAAGCGGGCGTCCGTATTACCTCAGATTGGTGACGTCTCAt < 2:306224/138‑1 (MQ=255) acgcccgTTAAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTAGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGCGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGGGAATTCTCATTg < 2:318951/135‑1 (MQ=255) accccTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGGAGCCGTCATTTCTTATTTTGGTGAATTCTCATTg < 2:355633/138‑1 (MQ=255) ccTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCga > 1:10945/1‑141 (MQ=255) tGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCgagg < 2:367434/141‑1 (MQ=255) ggtggAAAGGTGGCAAAATCACCAATTGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCgagg < 2:460215/137‑1 (MQ=255) gTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCgagga < 2:657395/141‑1 (MQ=255) tGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGCGAATTCTCATTGCGaggagg > 2:576529/1‑141 (MQ=255) tGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACAGTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGaggagg > 2:576472/1‑141 (MQ=255) tGAAATGTGGCAAAATCACAAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGACATCGATGTCGACCAATTTCTTAACAAAATAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTACCGCCTATGGGTGAATTCTCATGGCGaggagg > 2:411330/1‑141 (MQ=255) gAATTGTGGCAAAACCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTGTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGGATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGt < 1:149972/141‑1 (MQ=255) tgGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCGCATTGCGAGGAGGTATTATc > 2:122666/1‑141 (MQ=255) ggCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGGCCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGCGGAGGTATTATCg > 2:183363/1‑141 (MQ=255) cAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTCCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGat < 1:95552/141‑1 (MQ=255) cAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTCCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGat < 1:414871/141‑1 (MQ=255) cAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTCCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGat < 1:291647/141‑1 (MQ=255) cACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCttt > 1:29087/1‑141 (MQ=255) ctaaaTGCCAGTGCGTGTTGGTGAGGATATCGAGGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTcc < 2:432011/139‑1 (MQ=255) ccAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATGAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTcc < 2:383203/141‑1 (MQ=255) cAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCg > 2:739993/1‑141 (MQ=255) tGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTaa < 1:109620/141‑1 (MQ=255) aCATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATGGATATCTTTCCGCTAAtt > 1:660748/1‑141 (MQ=255) cATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTg > 1:617320/1‑141 (MQ=255) cATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTg > 1:252082/1‑141 (MQ=255) ttGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTggg < 1:200506/141‑1 (MQ=255) gtgtTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTCTAGTTTATTGTTCGCTAATTGGGGAAc < 2:549929/141‑1 (MQ=255) tGGTGCGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAAt < 2:561312/141‑1 (MQ=255) tGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAAt > 1:286372/1‑141 (MQ=255) tGGTGAGGATATCGATGTGGACCAAATTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAAt > 1:423522/1‑141 (MQ=255) tGGTGAGGATATCGAAGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGCATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGGATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAAt > 2:667597/1‑141 (MQ=255) ggAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAAGTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAATCAg < 1:142463/140‑1 (MQ=255) ggATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAATCAGAAt > 2:470078/1‑141 (MQ=255) gATATCGTTGTGGACCAATTTCTTTAGAAATTCGTTAATATGGGGTACTAACGGGACTCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAATCAGAAtt < 2:742009/141‑1 (MQ=255) atCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAATCAGAATTGAg > 2:151431/1‑141 (MQ=255) atCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGCGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAATCAGAATTGAg < 2:528964/141‑1 (MQ=255) tCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCCATCAGAATTGAGc > 1:673552/1‑141 (MQ=255) tCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAATCAGAATTgcgc > 2:774238/1‑141 (MQ=255) tCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAATCAGAATTGAGc > 1:333757/1‑141 (MQ=255) cGATGTGGACCAATTTCTTACCAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCCTATTGGTGAATTCTCATTGCGCGGAGGTATTAGCGATATCTTTCCGCTCATGGGGGAACCAATCGGAATTGAGCt > 2:51798/1‑141 (MQ=255) ccAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAATCAGAATTGAGCTATTTGATAc < 2:10945/141‑1 (MQ=255) aaTTTCTTAACTAATGAGTTAATATGGGGTACACACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTTGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAATCAGAATTGAGCTATTTGATACCg < 1:199111/141‑1 (MQ=255) aTTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAATCAGAATTGAGCTATTTGATACCGa > 2:653414/1‑141 (MQ=255) aTTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAATCAGAATTGAGCTATTTGATACCGa > 2:225904/1‑141 (MQ=255) | ACTGCGTTAGCTCAAGGTAAGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGAGGAGGTATTATCGATATCTTTCCGCTAATTGGGGAACCAATCAGAATTGAGCTATTTGATACCGA > USA300TCH1516_ALE/538005‑538279 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |