Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 1,539,250 C→G 100% intergenic (‑349/+37) aroC ← / ← USA300HOU_RS07505 Chorismate synthase/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE1,539,2500CG100.0% 181.0 / ‑6.5 54intergenic (‑349/+37)aroC/USA300HOU_RS07505Chorismate synthase/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base G (29/24);  minor base A (0/1);  total (29/25)
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

CATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTTA  >  USA300TCH1516_ALE/1539118‑1539387
                                                                                                                                    |                                                                                                                                         
catcatATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaa                                                                                                                                   <  1:413970/141‑1 (MQ=255)
    atatAATCATTAATTAAAAATTATTAGCCGTTTTAATATAATCCTATCCTAATTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAGTACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaaaa                                                                                                                               <  2:505112/141‑1 (MQ=255)
    atatAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaaaa                                                                                                                               <  1:74315/141‑1 (MQ=255)
           cATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGat                                                                                                                        >  2:99656/1‑141 (MQ=255)
            attaattaAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGata                                                                                                                       <  1:673133/141‑1 (MQ=255)
            attaattaAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCATATCCCAACTGTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGata                                                                                                                       <  1:141949/141‑1 (MQ=255)
            ataaattaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCACAACTCTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGata                                                                                                                       <  1:142087/138‑1 (MQ=255)
                  taaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaaaa                                                                                                                 <  1:130825/141‑1 (MQ=255)
                        tGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAACAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACa                                                                                                           <  1:141823/141‑1 (MQ=255)
                        tGATTAGCCGTTTTAATACAAACGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACa                                                                                                           <  1:742535/141‑1 (MQ=255)
                                  ttttAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAgc                                                                                                 >  2:573497/1‑141 (MQ=255)
                                         ataATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAGAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGGTACTGATTGTGTTTAAAAAACTTGTAATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCttttt                                                                                          >  1:21718/1‑140 (MQ=255)
                                                   cGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTg                                                                                <  1:688277/141‑1 (MQ=255)
                                                   cGCAACTAAAGAAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAAGCAAAAAAAAAAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTg                                                                                <  2:153713/141‑1 (MQ=255)
                                                    gCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACCTTGa                                                                               >  1:754387/1‑141 (MQ=255)
                                                         tttAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCa                                                                          <  1:199335/141‑1 (MQ=255)
                                                                  aaataTACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATaa                                                                 <  2:404761/140‑1 (MQ=255)
                                                                     tataCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCa                                                              <  1:84361/141‑1 (MQ=255)
                                                                     aataCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCa                                                              <  1:50514/140‑1 (MQ=255)
                                                                                  tttCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTaa                                                 <  2:218938/141‑1 (MQ=255)
                                                                                     cTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATAc                                              <  2:117903/141‑1 (MQ=255)
                                                                                     cTTAATACAAAAAAACGAAAGGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATAc                                              <  1:357123/141‑1 (MQ=255)
                                                                                        aaTACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATa                                           >  2:224836/1‑141 (MQ=255)
                                                                                        aaTACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATa                                           >  1:72772/1‑141 (MQ=255)
                                                                                        aaTACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATa                                           >  1:72738/1‑141 (MQ=255)
                                                                                         aTACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaa                                          >  2:642403/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                aGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAACGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAatat                                   >  2:21128/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                  aacgaatTGTTAATAATTAAGAAAGATAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAACTATaa                                 <  2:130897/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                   acgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATaaa                                <  1:173199/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                   acgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATaaa                                <  1:173234/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                    cgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTATACTAATACATAAAAAATATaaaa                               >  2:484932/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                       agtGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATgag                            >  2:390484/3‑141 (MQ=255)
                                                                                                       acTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCCAAAATATAATCAATGCTTTTACTTATACATTAAAAAGATAAAtaaa                            >  2:103697/1‑138 (MQ=255)
                                                                                                          gTTAATTATTAATAAAGTTCAACGGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGt                         >  1:374884/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                          gTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAACAATATAAATgagaat                         >  1:125082/1‑139 (MQ=255)
                                                                                                           ttAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGta                        >  2:399106/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                             aaTTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAg                      >  2:343561/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                              attattAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGt                     >  1:683614/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                tattaATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGtat                   >  2:426883/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                  ttaATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaa                 >  2:620447/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                  ttaATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaa                 >  2:377619/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    aataaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAAGACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaaaa               >  1:524476/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      taaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTGTAAAaat             >  2:294724/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      taaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAaat             >  2:499187/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      taaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATAAATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAACTATAATACATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAAATTAGATATaaaaaa             >  2:294726/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                      taaAGTTAATCAGTGCGTGTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTACGCGCTTTTGTTATACTTTGACCTCCACAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAGAATATAAATGAGAATCAGTATaaaaaa             >  2:43697/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                       aaaGTTAATCAGTGCGTTT‑AAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTACAAAaataa           >  1:280044/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                        aaGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTATTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAaataa           >  1:60691/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                          attAATGAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAAtt         <  2:252839/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           ttAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGACAGTCAGTATAAAAATAAttt        >  2:660712/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                              aTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTGTAAAAATAATTTTTg     <  1:573497/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                              aTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTg     <  1:584050/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               tCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGt    <  2:173777/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 aGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTta  >  2:255103/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                    |                                                                                                                                         
CATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTTA  >  USA300TCH1516_ALE/1539118‑1539387

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑