New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1205323 | 102 (0.780) | 25 (0.260) +AGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAG |
8/218 | 6.1 | 21.8% | intergenic (‑204/‑365) | USA300HOU_RS15290/lspA | hypothetical protein/Lipoprotein signal peptidase |
? | USA300TCH1516_ALE | 2478252 = | 141 (1.080) | intergenic (+139/‑436) | USA300HOU_RS12760/USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
AATAGTTAATCCACAAACAAACTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATC‑CTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGAC‑ATTAAT‑CCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTCCCTT > USA300TCH1516_ALE/2478105‑2478396 | aataGTTAATCCACAAACAAACTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATC‑CTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTACAGAGTCTGGGAC‑ATTAAT‑CCCTaaaaaaa > 2:489475/1‑148 (MQ=255) aataGTTAATCCACAAACAAACTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATC‑CTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGAC‑ATTAAT‑CCCTaaaaaaa > 2:254106/1‑148 (MQ=255) aataGTTAATCCACAAACAAACTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATC‑CTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGAC‑ATTAAT‑CCCTaaaaaaa > 2:626797/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |