Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE512,6430AG52.2% 58.3 / 313.4 247intergenic (+711/‑6052)recR/speA_2Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (55/62);  new base G (73/55);  total (129/118)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.79e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 253 total aligned reads displayed.

ATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTA  >  USA300TCH1516_ALE/512496‑512789
                                                                                                                                                   |                                                                                                                                                  
  tgatatggTGTAATTTTGACTTTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                                                  <  2:134569/142‑1 (MQ=255)
      acacagaagttacgctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaatcttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa                                                                                                                                              >  1:678029‑M1/119‑148 (MQ=255)
         cagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGCCTTAAATGTTGATAAAATGt                                                                                                                                           >  2:336765‑M1/116‑148 (MQ=255)
               tttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTAGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTCATTGACTTAAATGTTAATAAAATATAtaatt                                                                                                                                     >  2:27476/1‑148 (MQ=255)
                    ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc                                                                                                                                <  1:1376019‑M1/44‑1 (MQ=255)
                    aatgttgtTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTc                                                                                                                                >  2:1145254/3‑148 (MQ=255)
                     cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                                               <  1:542838/148‑1 (MQ=255)
                     cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                                               <  1:1183789/148‑1 (MQ=255)
                     cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                                               <  2:109401/148‑1 (MQ=255)
                       gtttctAAGCAGGTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTTAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTg                                                                                                                             <  2:368325/143‑1 (MQ=255)
                          gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                                                          >  1:1212372/1‑148 (MQ=255)
                          agcgtcgatggtaatcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgtcaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                                                          >  2:52516‑M1/99‑148 (MQ=255)
                           gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAACTGTGGATACAACGTATAATTCATTCTTGTcgt                                                                                                                         <  2:956129‑M1/51‑2 (MQ=255)
                           gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                                                         <  2:1242612‑M1/51‑1 (MQ=255)
                           gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATAAATTCTTGTCgg                                                                                                                         <  2:217319‑M1/51‑1 (MQ=255)
                            cgtcgatggtagtcgaacttacgtgccgcaagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAGGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                                                        <  1:721821‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                gattgtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                                                    >  2:1103078‑M1/93‑148 (MQ=255)
                                   tttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATGCTTGTCGCTCAGaaaa                                                                                                                 >  2:766553/1‑148 (MQ=255)
                                     tagtcgaacttacgttgcgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAACTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                                               >  2:912742‑M1/88‑148 (MQ=255)
                                     aaatcgaaattacggacagctagagtagaacgctgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgaaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                                               >  2:137363‑M1/88‑148 (MQ=255)
                                      gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                                                              <  1:1163122/148‑1 (MQ=255)
                                          gCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                                                          <  2:725426/148‑1 (MQ=255)
                                           aacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaCAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt                                                                                                         >  2:1178328‑M1/82‑148 (MQ=255)
                                                  gttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                                                  <  1:1244408‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                   ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATtgaaaatt                                                                                                 <  1:1055936‑M1/75‑3 (MQ=255)
                                                   ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                                                 <  1:1275107‑M1/75‑1 (MQ=255)
                                                   gTATTTATCTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAATAAATAAAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                                                 <  2:489582/148‑1 (MQ=255)
                                                     ccgctagagtagaacgttgccaggcagttctttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                                               >  1:631260‑M1/72‑148 (MQ=255)
                                                     atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAATCTGa                                                                                               <  1:57287/148‑1 (MQ=255)
                                                        tatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                                                            <  1:1091477/148‑1 (MQ=255)
                                                        tatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAAAGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGGTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGGCGGTAAGAAAATTGAACATTGCAAACTGAGTg                                                                                            >  1:275106/1‑148 (MQ=255)
                                                        ctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                                                            >  1:479999‑M1/69‑148 (MQ=255)
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                                                           ttgttgAGGCAAACAAAACCACTCAACTGAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                                                         <  1:1308408/148‑1 (MQ=255)
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                                                                 aacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                                                   >  2:591708‑M1/60‑148 (MQ=255)
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                                                                   cgttgccaggcagttttgtaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                                                 >  2:14480‑M1/58‑148 (MQ=255)
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                                                                     aaacaaaacaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                                               >  1:293064/1‑148 (MQ=255)
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                                                                              aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGTCTTATGTGTTAATAACATGGATACTTAATTCTTATCGGTAAGAAAAATGAACCTTGAAAACGGTATGACAATATATCAACGTTAAGTcc                                                                      <  2:463960/148‑1 (MQ=255)
                                                                              aaatcaactTAAGAAATAAATTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                                      <  2:438747/145‑1 (MQ=255)
                                                                               actcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCa                                                                     <  1:1012110/148‑1 (MQ=255)
                                                                                   aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                                                 <  1:940885/148‑1 (MQ=255)
                                                                                   aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGGTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAAGTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAGTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                                                 <  2:1064224/148‑1 (MQ=255)
                                                                                         caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                                                           >  1:85503‑M1/36‑148 (MQ=255)
                                                                                         caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTGGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAGACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                                                           >  2:80398‑M1/36‑148 (MQ=255)
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                                                                                         aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                                                           <  1:462109/148‑1 (MQ=255)
                                                                                         aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                                                           >  1:1149257/1‑148 (MQ=255)
                                                                                         aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                                                           >  1:1127270/1‑148 (MQ=255)
                                                                                           aattttggttaaaaaataaaatggacaggatgaAACATCATATTTACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTACGAAAAATGAACATTTAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAcgtacct                                                         <  2:13096‑M1/115‑4 (MQ=255)
                                                                                           aattAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTTTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                                                         <  2:304799/145‑1 (MQ=255)
                                                                                            aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAACCGTAACta                                                        >  1:246350/1‑148 (MQ=255)
                                                                                            aaTAACTTGAATTACTAACGAAAAATAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTAAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta                                                        >  1:836216/1‑148 (MQ=255)
                                                                                             aTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat                                                       >  1:983355/1‑148 (MQ=255)
                                                                                              tttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                                                      <  1:55558‑M1/118‑1 (MQ=255)
                                                                                               ttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                                                     <  2:453519‑M1/119‑1 (MQ=255)
                                                                                                 ggttaaagaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAGAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATAGCAATATGTAAACTTTGATTTAAAAACAcgtaactcagagt                                                   <  2:195922‑M1/121‑7 (MQ=255)
                                                                                                  ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                                                  <  1:726084/148‑1 (MQ=255)
                                                                                                  gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtataattt                                                  <  1:784161‑M1/122‑4 (MQ=255)
                                                                                                   ttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                                                 >  1:382168‑M1/26‑148 (MQ=255)
                                                                                                   tGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                                                 <  1:1354986/148‑1 (MQ=255)
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                                                                                                       aaaataaaatggaaaagataaAAAGAGTTACTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                                             >  2:1236403‑M1/22‑148 (MQ=255)
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                                                                                                           taaaagggacaaagtaaAAAAAGTTATTGACTGAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt                                         >  2:662197‑M1/18‑148 (MQ=255)
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                                                                                                               atggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt                                     >  1:1124826‑M1/14‑148 (MQ=255)
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                                                                                                                           aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg                         >  1:1191960‑M1/2‑148 (MQ=255)
                                                                                                                                   tcttGACTTAAATGTTAATAAAATGAATAATTACTTCGTGTCGGTAAGAAAAATGAATATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGCTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaa                 <  2:927756/146‑1 (MQ=18)
                                                                                                                                   tATCGAATTAAATCGTAATAAAATGCATAATTAATTCGTGTCGGTAAGAAAAATTAACATTGAAAACTAAATGACAATTTGGCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaa                 <  1:75147/148‑1 (MQ=18)
                                                                                                                                    aTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAGAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaaa                <  2:1206374/148‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                    aTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaaa                <  1:414581/148‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                                        aCTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatc            >  1:213570/1‑148 (MQ=255)
                                                                                                                                         cTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatac           >  2:54501/1‑146 (MQ=255)
                                                                                                                                         cTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAGTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTACTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatca           <  1:913807/148‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                                             aaTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAGCGTAAATATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTGTGAGCTAATCAAACATaataat       >  1:671730/1‑148 (MQ=255)
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                                                                                                                                             aaTGTTAATAAAATGTATAATAAAATCTTGTCGGTAAGAAAAACGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAGTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAAt       <  1:394096/148‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                                              aTGTTGATAAAATGTAAAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAAtt      >  2:1038988/1‑148 (MQ=255)
                                                                                                                                                gTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCCGTAAGAAAAATGAACATTGCACTCTGAATTACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAAtttt    <  1:322235/148‑1 (MQ=18)
                                                                                                                                                  taataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAAGTAACTATAAGTTACCAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTa  <  1:892766/148‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                                   |                                                                                                                                                  
ATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTA  >  USA300TCH1516_ALE/512496‑512789

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑