| Predicted mutation | ||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,337,959 | C→T | intergenic (‑125/‑283) | adhR ← / → USA300HOU_RS11940 | HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | USA300TCH1516_ALE | 2,337,959 | 0 | C | T | 99.5% | 685.8 / NA | 207 | intergenic (‑125/‑283) | adhR/USA300HOU_RS11940 | HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (145/61); minor base G (0/1); total (145/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
ACGACTTCTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGATCGATTG > USA300TCH1516_ALE/2337815‑2338103 | ccGACTTCTTTCGTTGGCATTGCTACTATCCTTTCAGTTATGTGTGTTCGTCTAAATTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAtt < 2:737250/147‑1 (MQ=255) tttAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGtt < 1:722808/148‑1 (MQ=255) tAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTGTTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGtttt > 2:33801/1‑148 (MQ=255) gTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTCTGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGACTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTATCGTTTTATATTTCATCGtttttt 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |