Predicted mutation | ||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 478,502 | C→A | D342E (GAC→GAA) | nuoL → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit L |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 478,502 | 0 | C | A | 99.3% | 446.4 / NA | 139 | D342E (GAC→GAA) | nuoL | NADH‑quinone oxidoreductase subunit L |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (65/73); minor base G (1/0); total (66/73) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TTATGTTAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCAAATGGTA > USA300TCH1516_ALE/478357‑478646 | gTTAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATGGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTGAGATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTAt > 1:326339/1‑148 (MQ=255) ttAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATCTTCAGCAGCGATTATTTATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCGGGTTCTATCGTGTAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTGAAGAAGcctgtg > 2:363311/1‑143 (MQ=255) ttAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATg > 1:460189/1‑148 (MQ=255) tAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATgg 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aaaaCAAGCATCTGCTAAAGCAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAACCGAGGTCAATTGACGATGGTCATTACTTGTa > 2:983968/1‑148 (MQ=255) aaCAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATc > 2:1217453/1‑148 (MQ=255) aaCAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATc < 1:321290/148‑1 (MQ=255) aaCAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGAGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTAGTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATc > 2:137672/1‑148 (MQ=255) aaCAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGAGCGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATc < 1:300794/148‑1 (MQ=255) aCAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCt > 2:93024/1‑148 (MQ=255) cAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCtt < 2:758503/148‑1 (MQ=255) cAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCtt < 1:1135561/148‑1 (MQ=255) gCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGa > 1:1137080/1‑148 (MQ=255) cATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCCCTCATTCTAGGATGGTCATTAATTGTATCTTGGaa > 2:368082/1‑148 (MQ=255) gCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCaaa > 2:207263/1‑148 (MQ=255) | TTATGTTAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCAAATGGTA > USA300TCH1516_ALE/478357‑478646 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |