Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 707,909 A→T M1M (TTG→ATG) † znuC_1 ← High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC

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  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE707,9090AT100.0% 475.0 / NA 144M1M (TTG→ATG) †znuC_1High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC
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                            aCCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTaa                                                                                                                >  1:522066/1‑148 (MQ=255)
                            aCCATTCGAGCACATTATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTaa                                                                                                                >  2:167410/1‑148 (MQ=255)
                            aCCATGCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTaa                                                                                                                <  2:204932/148‑1 (MQ=255)
                               aTTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCt                                                                                                             >  1:1342568/1‑148 (MQ=255)
                                  cGGGCCGATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaat                                                                                                          <  2:1161958/148‑1 (MQ=255)
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                                        cATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTg                                                                                                    >  1:1003009/1‑148 (MQ=255)
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                                                                                                                                  tGTTTCTAACATACGTTTATACCTCATAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgtagaa          >  2:863210/1‑148 (MQ=255)
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                                                                                                                                   gTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGaaa         >  2:477506/1‑148 (MQ=255)
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                                                                                                                                         aaCATACGTTTATACCTCACAATGAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAgg   <  1:1376744/148‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          aCATACGTTTATTCCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACGTAATTAATTGTATACAAAACTGAGAATGTTTAGCATGTCAAGGAAATTCGTGATATAATATAGTCAATCTCTGTGAGTGGAAAGAATGTTAACTGGCGAAAAAGAGGa  <  2:417046/148‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                             |                                                                                                                                                
AAGACTTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGA  >  USA300TCH1516_ALE/707768‑708053

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑