| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,105,994 | T→C | T12T (ACT→ACC) | pdhD → | Dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,105,994 | 0 | T | C | 97.9% | 317.8 / NA | 97 | T12T (ACT→ACC) | pdhD | Dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (49/46); minor base A (2/0); total (51/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATTAAGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACTACA > USA300TCH1516_ALE/1105849‑1106137 | cATTAAGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACcat < 1:257206/148‑1 (MQ=255) aGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTaa > 2:1373313/1‑148 (MQ=255) gcctttaCCACAAACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAAGCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAAt < 2:965409/142‑1 (MQ=255) gCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAAt < 1:935069/148‑1 (MQ=255) gCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAAt < 1:981801/148‑1 (MQ=255) cTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGGGGGGTAAAACATGGTAATGGGTGATTTCCCAATTGAAACAGATGCAATAGTAAtg > 2:291682/1‑147 (MQ=255) tttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGCGGATTTTCCAATTGAAACAGATACCTTAGTAATCg > 1:258889/1‑148 (MQ=255) tttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATAAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAACACATGGTAGTTGGAGATTTCCTAATTGAAACAGATACCATAGTAATCg > 2:128022/1‑148 (MQ=255) tttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCC‑AAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCgg < 1:1013316/148‑1 (MQ=255) tttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGACAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTGGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCg > 1:476718/1‑148 (MQ=255) ttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCgg < 1:1076118/148‑1 (MQ=255) aCCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTCTTAAATAATACAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAGACATGGAAGTTGGCGATTTACCACTTGAAACAGATAACAGAGTAATCGGAGc > 2:39717/1‑148 (MQ=255) aCCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGc > 1:764779/1‑148 (MQ=255) aCCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGc > 1:74505/1‑148 (MQ=255) ccACAGACAAATTGATGGTGGAGTGTGCGATAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGGGATTTCCCAATTGGAACAGATACCATAGTAATCGGAGCa < 2:1345496/148‑1 (MQ=255) cacaGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGGGCAg > 1:224595/1‑148 (MQ=255) cacaGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAg > 1:412092/1‑148 (MQ=255) cacaGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTAAAAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAg > 1:1326902/1‑148 (MQ=255) caGACAAATTGATGTTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAACCGTCTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGt < 1:1241193/148‑1 (MQ=255) cgACAAAGTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTc < 1:71822/147‑1 (MQ=255) aGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTc < 2:366823/148‑1 (MQ=255) aGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTc < 1:1190639/148‑1 (MQ=255) aCAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCt > 2:1318980/1‑148 (MQ=255) aaaTTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCtgg < 2:567080/148‑1 (MQ=255) aaaTTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCtgg < 2:600401/148‑1 (MQ=255) ttGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCtggtgg > 1:139297/1‑148 (MQ=255) ttGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGGTTATTGAATAATCCAGAATTATGATTGATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCCGGTCCtggtgg > 1:1322661/1‑148 (MQ=255) gATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGAt < 2:482544/148‑1 (MQ=255) aTGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATa > 1:1091308/1‑148 (MQ=255) aTGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATa > 1:759309/1‑148 (MQ=255) gTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGt < 2:417298/148‑1 (MQ=255) gTGCAAATGGCCAAAATGGAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGt < 2:416581/148‑1 (MQ=255) tgaaCTGTCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTg < 2:612015/146‑1 (MQ=255) gCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATAGGTTg > 1:979194/1‑148 (MQ=255) gCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTg > 2:1075245/1‑148 (MQ=255) gCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTg > 1:1021548/1‑148 (MQ=255) gCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTg > 2:260795/1‑148 (MQ=255) gCAACCGGCCAAAAGGCAATGAATCACATTAAACGTTTAATAAATAATCCAGAATTATTATGAATGGAGGGGTAAACCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTGACCGGTTCAGGTCCTGGTGGATACGTTg < 2:159653/148‑1 (MQ=255) cTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTgcagc < 1:89325/148‑1 (MQ=255) ggCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCaa > 1:1153997/1‑148 (MQ=255) aaaaTGCAATGAATCACTTTAAACGTTTATTAAATACTCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTGCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCg < 2:866835/148‑1 (MQ=255) aaTTCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAAGCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTg < 2:228846/148‑1 (MQ=255) aTGCAACGAATCACCTTAAACGTTTGTTCAATAATTCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGTGATTTCCCCATGGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGCTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGc < 2:671012/148‑1 (MQ=255) tGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCa > 2:52067/1‑148 (MQ=255) aaTGAATCACATTAAACGTTTATTAAATCATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCt < 2:1153665/148‑1 (MQ=255) aaTGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCt < 1:1072144/148‑1 (MQ=255) gAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCac > 2:249158/1‑147 (MQ=255) tcaaCGTTTATTAAATAATACAGAATGAATCTTTACCGCGGGTTAAAACATAGCAGATGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCGTAGAAATGGGAGCAGCGCCCGGTGGCTACATGCCAGCAGTTCGTCCATCTCAATTAGGCCaa > 2:263732/3‑148 (MQ=255) tAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTTCTAGGGGATACGTTGCATCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACaa > 1:1160060/1‑148 (MQ=255) gcGTGTATTGAATAGTCCAGAATTAGTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACaaaaa < 2:1255487/147‑1 (MQ=255) acggtgattaAATAGTCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACaaaaa < 2:1409186/142‑1 (MQ=255) taAATAATCCAGAATTATGATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTCATTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGTAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTAAATAAGAACAAAAAGTAACAAt < 2:724149/148‑1 (MQ=255) aataatCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCTGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCg < 1:854275/148‑1 (MQ=255) aataatCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCACTTAGGACAAAAAGTAACAATCg > 2:1012825/1‑148 (MQ=255) tatCCAGCATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGGAACAATCGTTg < 2:166587/147‑1 (MQ=255) tCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTgag > 1:1235211/1‑148 (MQ=255) cAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGCCAAAAAGTAACAATCGTTGCGaa > 2:255651/1‑148 (MQ=255) cAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGaa > 1:1292758/1‑148 (MQ=255) aGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGaaa > 1:169021/1‑148 (MQ=255) aGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAAACGTTGAGaaa > 1:451212/1‑148 (MQ=255) aGAATGAGTATAAATGGAGGGGGAAAACATTGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCAGAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATATGTTGCAGCAATTCGTGAAGCTCAATTAAGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGaaa < 2:274742/148‑1 (MQ=255) aaaatagtattaATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAg < 1:860569/141‑1 (MQ=255) attattaATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCGCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAAt > 1:111632/1‑148 (MQ=255) attagtaATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAAt < 1:92138/148‑1 (MQ=255) attaATGGAGGGGTCAAACATGGTAGTTGGAGATTTACCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGAAGCAGGTCCTTGTGGATACGTTTCAGCAGTTCGTGCAGCTCCATTAGGACGAAAAGTATCAATCGTTGAGAAAGGTaactta > 2:376962/1‑144 (MQ=255) aaTGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAATAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGGCAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTACGCTtggt > 2:198549/1‑148 (MQ=255) tGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGTTGTTGCCGAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggtgg < 1:28766/148‑1 (MQ=255) tGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggtgg > 2:837152/1‑148 (MQ=255) tGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggtgg > 1:1143660/1‑148 (MQ=255) tGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTgggtgg > 2:289177/1‑148 (MQ=255) ggAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTggtggt > 1:1270824/1‑148 (MQ=255) ggAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTggtggt > 1:1289939/1‑148 (MQ=255) ggACGGGTATAACATTGAAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCACAGTAATCGGAGCACGACCAGGGGAATTCGTTGCAGCCATTCGGGCAGCTCAATTGGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTggtggt < 2:153373/148‑1 (MQ=255) aGGGGTAAAACCTGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCATGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGgtgt < 1:966121/148‑1 (MQ=255) aGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCGCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAACAAGTAACAATCGTTGAGTACTGTAATCTGTGtgttgt > 2:968324/1‑148 (MQ=255) aGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGgtgt > 2:16994/1‑148 (MQ=255) ggggTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTGGGTGGTGtt > 2:1390787/1‑148 (MQ=255) ggTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTg > 1:342462/1‑148 (MQ=255) ggTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTg > 1:465107/1‑148 (MQ=255) gTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGc < 2:465107/148‑1 (MQ=255) atAAAACATGGTAGTTGGAGATTGCCCAATTAAAACAGATACCAAAATAATCGGAGCAAGTCCTAATGAATACAAAGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAAACGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGc < 2:1312130/147‑1 (MQ=255) aataCAGGGTAGTTGGAAATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTGACATTCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCtt < 2:363579/145‑1 (MQ=255) aaCATGGTAGTTGGATATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGCTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTaa < 2:1377770/148‑1 (MQ=255) aaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTAGTGTTTGCTTaa > 1:549319/1‑148 (MQ=255) cATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAAc > 2:533462/1‑148 (MQ=255) gTAGTTGGAGATTTACTAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGGAGCTGAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAg < 2:771986/148‑1 (MQ=255) ttGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATg > 1:1253878/1‑148 (MQ=255) ggAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTa < 1:1373313/148‑1 (MQ=255) aTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTcc > 1:1102062/1‑148 (MQ=255) aattaaaCAGAAACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAg < 2:211311/144‑1 (MQ=255) aTTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAg < 1:449783/148‑1 (MQ=255) aTTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAg < 1:708261/148‑1 (MQ=255) aTTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGAGACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACATTCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAg < 1:128022/148‑1 (MQ=255) ttGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGc < 1:481071/148‑1 (MQ=255) tGAAACAGATATCATAGTAATCGGAGCAGGTCCGGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCa < 2:475713/148‑1 (MQ=255) aaCAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTTCTTCAAAAGCATta > 1:89836/1‑148 (MQ=255) cAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATtact > 2:517470/1‑148 (MQ=255) aTACAATAGTAATCGAAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACTACa > 2:1125805/1‑148 (MQ=255) | CATTAAGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACTACA > USA300TCH1516_ALE/1105849‑1106137 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |