| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 45 (0.770) | 35 (0.870) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
23/180 | NT | 53.0% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
ACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTAT > USA300TCH1516_ALE/1998138‑1998416 | aCTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTa < 1:387869/141‑1 (MQ=35)aCTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGAGGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTa < 1:575499/141‑1 (MQ=25) cTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTACGATTTaa > 1:466722/1‑141 (MQ=37) aCAAGTCAGTCGTTCTACCAGTTGAGCTAGGCCGGCAATATGGAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGc < 2:625137/141‑1 (MQ=255) aaGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCt < 2:618607/141‑1 (MQ=255) aaGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCt < 2:152287/141‑1 (MQ=255) gTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTgg > 1:79359/1‑141 (MQ=255) gTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACAGAAAAACGTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTgg > 1:332511/1‑141 (MQ=14) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGc > 1:87402/1‑141 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGATAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTggg > 1:94911/1‑140 (MQ=255) gTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCTGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 2:126604/141‑1 (MQ=255) gTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 1:601617/141‑1 (MQ=255) gTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 1:491597/141‑1 (MQ=255) ttGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCGGGCAACg > 2:541976/1‑141 (MQ=255) ctctACCAATTGGGCTAGGCCGGGAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAGCTGCCTGGCAACGTTc < 2:387469/141‑1 (MQ=255) aTTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATCCTCCGATTTACAACTGCCTGGCAACGTCCTGCTCTAg > 2:693037/1‑141 (MQ=255) ttGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGc > 1:538672/1‑141 (MQ=255) tGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCg > 1:21542/1‑141 (MQ=255) gCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGAGTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTGGCGGac > 1:54459/1‑140 (MQ=255) cTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAAc > 2:672936/1‑141 (MQ=255) tAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGCCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 1:324490/141‑1 (MQ=255) tAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 1:252936/141‑1 (MQ=255) tAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 1:383582/141‑1 (MQ=255) caGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 1:35128/140‑1 (MQ=255) aGGCCGGCAATATGCAAGAATAAATCGTGGAGAATGACGGGTTCTAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGt > 1:382334/1‑141 (MQ=255) ggCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTa > 2:643173/1‑141 (MQ=255) ccGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAATGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAg > 1:658691/1‑141 (MQ=255) cGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGt < 1:4615/141‑1 (MQ=255) cGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGt > 2:531265/1‑141 (MQ=255) cGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAAAGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTACAACTGCCTGGCAACGTCCTACTCTAGCGGAACGTAAGt > 2:117210/1‑141 (MQ=255) ggCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATCACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGtt > 1:617020/1‑141 (MQ=255) tGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 2:184011/141‑1 (MQ=255) tGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 1:68651/141‑1 (MQ=255) tGTAAGAATAAAAGGGGGAGAATGACGGGTTCGACCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 2:463592/141‑1 (MQ=255) gTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAcc < 1:643173/141‑1 (MQ=255) tAAGAATAAAAGGTGAAGAATGACGGGTTCGAACAGCAGCACCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTATCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTACATGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGCCTACCa > 2:185374/1‑141 (MQ=14) aTAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACACTCGAc > 2:95016/1‑141 (MQ=255) tAAATGGTGGCGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCCGATGCTATCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTCCGACTACCATCGACg < 2:524313/141‑1 (MQ=255) tAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGGGGAACGGAAGTTCGACTACCATCGACg > 1:13889/1‑141 (MQ=255) aaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAGCGTTCTACTCTAGCGGAACGGAAGTTCGACCACCATCGAccc > 2:552278/1‑139 (MQ=255) aaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGc > 2:655202/1‑141 (MQ=255) aaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTCCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCt > 1:603578/1‑141 (MQ=255) aaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCAGACCCTCTGATCGTCCGGCAGA‑GCCTTCCCCGCGCGCGCTGCTGCTGGGGTTGAAAACGGCCCGGCTACGTTCTGCTCTATCGGAACGGAAGTTCGACTACCATCGACGCt > 2:683852/1‑141 (MQ=9) ggtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAg < 1:104090/141‑1 (MQ=255) gtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAgg > 1:251405/1‑141 (MQ=255) tggAGAATGGAGGGTTCGAACCGCGGACCCTCTCACCGGAAGGCTGATGATCCAGCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTGAGTTCGACTACCATCGACGCTAAgta > 1:508365/1‑139 (MQ=17) tggAGAATGACGGGTTCGGCCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCCCTCCCAGC‑TTAGCTACTTCTCCGATTTGAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGa < 2:76025/141‑1 (MQ=14) ggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAg < 2:277850/141‑1 (MQ=255) tGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGACTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTGCGCCAACGCTCGCCGGTAAGGAGCTTTAc > 2:584248/1‑141 (MQ=14) tGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAAATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTGAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAAc > 2:248765/1‑141 (MQ=255) gACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACt < 1:573010/141‑1 (MQ=255) gACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCCGGCGAAACTGAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGGGCTTAACt > 1:535140/1‑141 (MQ=14) aagggTTCGAACCGCCGACCCCCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACtt < 2:109106/139‑1 (MQ=255) gggTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCt > 1:115100/1‑141 (MQ=255) ccgTCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGTTCTCCCTGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTCCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTGCTGTGTTCGGCATg < 2:685718/141‑1 (MQ=14) ccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATg < 1:655202/141‑1 (MQ=255) cTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgtgt < 1:185374/141‑1 (MQ=255) ttGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGtgtg < 2:55351/141‑1 (MQ=255) gTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAc < 1:2356/141‑1 (MQ=255) gTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAc < 2:631077/141‑1 (MQ=255) tAAGTCAGATGCTTTCCCAGC‑TGAGCTAATTTTACGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGGAAGTGCAACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcc < 1:193930/141‑1 (MQ=14) tAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCCTGGGAACAGGTGTGAcc > 1:277939/1‑141 (MQ=255) aaGGGACATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTCAGTTCGACTACCAGAGACGCTAAGGAGCTTAACCTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcct < 1:133882/141‑1 (MQ=14) aaGGCAGATGCTGTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGtgtgtttt < 2:255236/141‑5 (MQ=255) cAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCtt > 2:277408/1‑141 (MQ=255) gATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc < 1:277408/141‑1 (MQ=255) ctctCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtatt > 1:241554/1‑140 (MQ=255) ctctCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCAAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCGGTGTGCGGCATGGGAACAGTGGTGACCTCCTTGCtata > 1:305204/1‑141 (MQ=17) tctcCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 1:652069/141‑1 (MQ=255) tctcCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGAGTTCGGCATGGGGACAGGTGGGACCTCCTTGCTGTAg > 2:234446/1‑141 (MQ=255) tcCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAGCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTc < 2:251405/141‑1 (MQ=255) c‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:339977/141‑1 (MQ=255) gggAGCTAATTCTCCGATTTAAAGCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCGCgaga < 2:81904/139‑1 (MQ=255) aaTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGa > 2:429209/1‑141 (MQ=255) ctcCGATTTATAAGTGCCTGTCAACGTTCTCCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGTGCTTAACTCCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGt < 2:94911/141‑1 (MQ=11) cgccGATTTAAAGCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGt < 2:87402/139‑1 (MQ=37) ttAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACGCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGTAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtat < 1:197525/141‑1 (MQ=25) | ACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGC‑TGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTAT > USA300TCH1516_ALE/1998138‑1998416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |