| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 597,770 | A→T | 100% | V168V (GTA→GTT) | tuf → | Elongation factor Tu |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 597,770 | 0 | A | T | 98.5% | 222.2 / ‑5.3 | 74 | V168V (GTA→GTT) | tuf | Elongation factor Tu |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (41/31); minor base G (1/1); total (42/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TCACGTAACGTTGGTGTACCAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTACCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATTCCAACTCCAGAACGTGATTCTGACAAACCATTCATGATGC > USA300TCH1516_ALE/597633‑597906 | tCACGTAACGTTGGTGTACCAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCt > 2:209460/1‑141 (MQ=255)tCAAGTAACGTTGGTGTACCAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGAGGTGGTTGGCGGTGAAGAGTGATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTGCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCTAGGTGGCGGTGTTCCt > 2:39453/1‑141 (MQ=255) cGTAACGTTGGTGTACCAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATGATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGGTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTGCCTTTa > 1:43869/1‑141 (MQ=255) aCGTTGGTGTACCAGCATTATTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCg < 2:556044/141‑1 (MQ=255) cGTTGGTGTACCAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGc < 2:29083/141‑1 (MQ=255) cGTTGGTGTACCAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGc > 1:236060/1‑141 (MQ=255) cGTTGGTGTACCAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGc > 2:596981/1‑141 (MQ=255) cGTTGGTGTACCAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGc > 2:575566/1‑141 (MQ=255) agTTGGTGTACCAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGc < 2:417597/140‑1 (MQ=255) ggTGTACCAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCACAGGCGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGt > 2:344331/1‑141 (MQ=255) tgtACCAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTc > 1:323551/1‑141 (MQ=255) aCCAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCGGc > 2:53511/1‑141 (MQ=255) aCCAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGc < 2:373257/141‑1 (MQ=255) ccAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCa < 2:689454/141‑1 (MQ=255) ccAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAAGATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCa < 1:305844/141‑1 (MQ=255) cAGCCTTTGTAGTATTATGACAAAAAGGTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTATTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCAt < 2:653007/141‑1 (MQ=255) cAGCATTAGTAGTATTCTGAAACAAAGTTGACATGGTTGCCGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCAt < 2:167040/141‑1 (MQ=255) agtagtATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGc > 1:314362/1‑141 (MQ=255) tagtaTTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGGCGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCtt < 1:97039/141‑1 (MQ=255) tagtaTTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCtt > 1:145384/1‑141 (MQ=255) tagtaTTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCtt < 1:463947/141‑1 (MQ=255) agtaTTCGTAAACAAAGTTGACATGGTTGATGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCttt < 2:69987/141‑1 (MQ=255) gtaTTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTa < 2:467540/141‑1 (MQ=255) aTTCTTAAACAAAGTTTCCATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGCATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCACAGTGCCAGCAGTAAAAGCTTTAGa < 2:668963/141‑1 (MQ=255) ttAAACAAAGTGTACATTGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATTGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGc < 1:432347/141‑1 (MQ=255) aCAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATg > 1:407677/1‑141 (MQ=255) aaaGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGcg > 1:520084/1‑140 (MQ=255) aagtgtaCATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTCATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTc < 2:497801/135‑1 (MQ=255) gTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTATAAGCTTTAGAAGGCGATGCTcta > 2:99613/1‑139 (MQ=255) gTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGGTCGTGACTTATTGAGCGTATATGACTTCGGAGGTGACGAGGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGcgcca > 2:592881/1‑137 (MQ=255) ttGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAAt > 2:101948/1‑141 (MQ=255) gACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATAc > 1:595892/1‑141 (MQ=255) cATGGGTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACga < 1:612202/141‑1 (MQ=255) aTGGTTTACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACgaa < 1:270615/141‑1 (MQ=255) aTGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACgaa < 1:587327/141‑1 (MQ=255) aTGGTTGAAGATGAATAATGATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACgaa < 1:261403/141‑1 (MQ=255) aTGGCTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAATTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACgaa < 1:261366/141‑1 (MQ=255) gTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACgaagaa < 1:669257/141‑1 (MQ=255) gTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACgaagaa > 1:617555/1‑141 (MQ=255) aCGATGAAGCATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGGTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGaaaaaa < 2:72055/141‑1 (MQ=255) gaaTTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGaa > 2:676192/1‑141 (MQ=255) gaaTTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAAGCTTAGaa > 1:600793/1‑141 (MQ=255) ttggAAGTAGTGGAAATGGAAGTTGCTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTGCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATg < 2:20271/138‑1 (MQ=255) aGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGa > 1:522720/1‑141 (MQ=255) aGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGa > 1:431046/1‑141 (MQ=255) aGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCACAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGa > 1:336247/1‑141 (MQ=255) aGAAGTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGa < 1:215797/141‑1 (MQ=255) aTTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGc < 2:497575/141‑1 (MQ=255) aTTAGTAGAAATGGAAGTGCGTGTCTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGc < 2:155832/141‑1 (MQ=255) ttAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCCGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAgat > 2:80374/1‑139 (MQ=255) tagtagAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTg > 2:10809/1‑141 (MQ=255) gtagAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTa > 1:653426/1‑141 (MQ=255) gtagAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTa > 1:78837/1‑141 (MQ=255) gtagAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTa > 1:151853/1‑141 (MQ=255) agAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGa > 1:256106/1‑141 (MQ=255) gAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGCTCAGCATTAAAAGCTTTGGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTCTAGAt > 2:77757/1‑141 (MQ=255) aaGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAACGACACTCTCATTACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGGTACTTACa > 1:193282/1‑141 (MQ=255) gTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGACGCAAAAATCTTAGAATTAAGAGCAGCTGTAGCGACTTGCAtt > 2:677804/1‑141 (MQ=255) ttCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGGTGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACAtta > 2:138707/1‑140 (MQ=255) cGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGTTGCTCAAGACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATTCCa > 1:159832/1‑141 (MQ=255) cGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATTCCa > 1:406775/1‑141 (MQ=255) gACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATTCCAACt > 2:597538/1‑141 (MQ=255) ttaAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATTCCAACTCCAGaa < 1:545072/141‑1 (MQ=255) ttaAGCGAATATGACTGCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATTCCAACTCCAGaa < 1:285200/141‑1 (MQ=255) gCGAATATGACTTCCCAGGCGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATTCCAACTCCAGAACGTg < 2:133657/141‑1 (MQ=255) gAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATTCCAACTCCAGAACGTGAt > 1:56292/1‑141 (MQ=255) atGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATTCCAACTCCAGAACGTGATTCTg < 2:520084/141‑1 (MQ=255) tGACTTCCCAGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGAGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATCCAAACTCCAGCAAGTGATTCTGa > 2:502020/1‑141 (MQ=255) aGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCCTTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAAACGTAGAATTAATGGAAGCTGCAGATACTTACATTCCAACTCCACAACGTGCTTTTGGCAAAGCAtt > 2:79515/1‑141 (MQ=255) aGGTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGGATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATTCCAACTACAGAACGTGATTCTGACaaattatt > 2:171581/1‑136 (MQ=255) gTGACGATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATTCCAACTCCAGAACGTGATTCTGACAAACCATTCa > 1:375000/1‑141 (MQ=255) accaTGTTCCGGTAATCGCTGGTTCAGAATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATTCCAACTCCAGAACGTGTTTCTGACAAACCATTCatga < 1:621567/138‑1 (MQ=255) gATGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATTCCAACTCCAGAACGTGATTCTGACAAACCATTCatgatg > 2:13686/1‑141 (MQ=255) aTGTTCCTGTAATCGCTGGTTCAGCATCAAACGCTTGAGGGGGCGATTGTCAATACGAAGAAATAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATTCCAACTCCAGAACGTGATTCTGACAAACCATTCATGATGc < 1:470215/141‑1 (MQ=255) | TCACGTAACGTTGGTGTACCAGCATTAGTAGTATTCTTAAACAAAGTTGACATGGTTGACGATGAAGAATTATTAGAATTAGTAGAAATGGAAGTTCGTGACTTATTAAGCGAATATGACTTCCCAGGTGACGATGTACCTGTAATCGCTGGTTCAGCATTAAAAGCTTTAGAAGGCGATGCTCAATACGAAGAAAAAATCTTAGAATTAATGGAAGCTGTAGATACTTACATTCCAACTCCAGAACGTGATTCTGACAAACCATTCATGATGC > USA300TCH1516_ALE/597633‑597906 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |