| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,063,849 | C→T | 100% | D214N (GAC→AAC) | ywtF ← | Putative transcriptional regulator YwtF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,063,849 | 0 | C | T | 100.0% | 197.3 / NA | 60 | D214N (GAC→AAC) | ywtF | Putative transcriptional regulator YwtF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (22/38); total (22/38) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATG > USA300TCH1516_ALE/1063712‑1063985 | agatTTAGGTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGa < 2:131993/141‑1 (MQ=255) agttagttAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAAt < 1:15623/141‑1 (MQ=255) ttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCatgat < 1:653129/141‑1 (MQ=255) taAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCatgatg > 1:575152/1‑141 (MQ=255) aaTTATGGTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGCTTGAGGTTTGAATCATGATGTc > 1:433686/1‑141 (MQ=255) aTGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGt < 1:72294/141‑1 (MQ=255) tGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGtt > 2:366347/1‑141 (MQ=255) tGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGtt > 2:12959/1‑141 (MQ=255) gCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACGTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTc > 1:419752/1‑141 (MQ=255) cTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCt < 1:7465/141‑1 (MQ=255) tttGCATTTTTACCCACAATTTGAATCACGTTATCAAGTCTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGACTAAACTCTTAATAACTTCCATTTGTTGTTGTCCTCGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTTTa < 2:147339/141‑1 (MQ=255) tttGCATTTTTAACTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTa < 2:234782/141‑1 (MQ=255) ttGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTATGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAg > 1:484202/1‑141 (MQ=255) aTTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCGTTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAAc < 1:270821/141‑1 (MQ=255) aTTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGGTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTATAGTTCTAGCaaa > 2:633827/1‑140 (MQ=255) ttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGGATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTg > 1:72482/1‑141 (MQ=255) ttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTg > 1:588420/1‑141 (MQ=255) tttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGc < 2:208833/141‑1 (MQ=255) ccTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTaaa > 2:9179/1‑141 (MQ=255) cTACAATTTGAATTACGTTATCAAGTTTATTGCAAGCGTAAACTTCCTGTACGTTTGTGAAAAAAATCTTGATGAAGCCCAAGTGACGTTGTCCACGGTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAg < 2:60100/141‑1 (MQ=255) tACAATTTGACTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTGTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTGGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGc < 2:62423/141‑1 (MQ=255) tACAATTTGAATCACGTTATCATGTTTATCAATAGCATCAACTTCCTGTTCTTGTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGc < 2:589313/141‑1 (MQ=255) aTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTTAGTTGGTATCATGATGTCTAGTTCTCGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCa > 1:329327/1‑141 (MQ=255) gTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGt > 1:232465/1‑141 (MQ=255) aCTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTttttaatttta > 1:450717/1‑141 (MQ=255) aCTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTttttaatttta < 1:9179/141‑1 (MQ=255) tCCTGTTCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGGTATCCACGAGTTAACATTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCGAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATc < 2:271905/141‑1 (MQ=255) ttgCTTTTTGGAATAATATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTAc < 2:450148/140‑1 (MQ=255) gttcTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGCCGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTAc < 2:113728/138‑1 (MQ=255) gtgCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTAGTC‑CTCGGTGGTAATTTTAATCTTAc < 2:669428/141‑1 (MQ=255) ttttGGAATATATTCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTa < 2:44067/141‑1 (MQ=255) ttttGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGATGTAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTa < 1:649780/141‑1 (MQ=255) ttttGAATAAAAGCTTAATTAATTCCCTTTGACGTTGTTCACTTTTTAAGGTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTTCTAAAGCCTTTTCACCATTTTATTTTTGGTACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTa < 2:270292/141‑1 (MQ=255) tttGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTat < 2:71021/141‑1 (MQ=255) tttGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTat < 1:278397/141‑1 (MQ=255) ttGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTatc < 2:419752/141‑1 (MQ=255) gAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTatcttc > 1:520734/1‑141 (MQ=255) aTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCtg > 1:29674/1‑141 (MQ=255) tAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCtgt < 1:230408/141‑1 (MQ=255) aaaacTCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCtgt < 2:616240/140‑1 (MQ=255) aaaaTCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCtgtg < 2:479754/141‑1 (MQ=255) cTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAgg < 2:575152/141‑1 (MQ=255) cTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAgg > 2:611967/1‑141 (MQ=255) ttaattCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCAt > 2:293059/1‑141 (MQ=255) ttaattCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCAt < 2:20309/141‑1 (MQ=255) ccATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGt > 1:49370/1‑141 (MQ=255) ccATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGt < 1:579232/141‑1 (MQ=255) ttGACTTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTGGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTCCCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTa < 1:12959/141‑1 (MQ=255) ttGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTa < 1:105152/141‑1 (MQ=255) ttGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTa < 2:361826/141‑1 (MQ=255) ttGACGTTGTCCACGTATAAAGATTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTa < 1:366347/141‑1 (MQ=255) ttGACCTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTa < 2:556237/141‑1 (MQ=255) gTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTACTCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGca < 1:653463/141‑1 (MQ=255) gTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGca < 1:402004/141‑1 (MQ=255) tGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGTTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCGATATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCTTATGAcaca > 2:326526/1‑141 (MQ=255) tGTCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGcaca < 2:232465/141‑1 (MQ=255) tCCACGTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCAcatc > 2:364666/1‑141 (MQ=255) gTTTTAAGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGt < 2:49370/141‑1 (MQ=255) aaGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATg > 2:504224/1‑141 (MQ=255) aaGTTTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATg > 1:586904/1‑141 (MQ=255) | AGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATG > USA300TCH1516_ALE/1063712‑1063985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |