| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,746,458 | T→C | 6.3% | E170G (GAA→GGA) | recJ ← | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,746,458 | 0 | T | C | 6.3% | 227.8 / 4.4 | 79 | E170G (GAA→GGA) | recJ | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/41); new base C (2/3); total (34/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
TAATCAGGTACATTTTCAATCAATGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATGCCTTCATCATGAGCATTTCTAAATGCTAGTTCGTTTGG > USA300TCH1516_ALE/1746320‑1746597 | taatCAGGTACATTTTCAATCAATGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCa > 2:438527/1‑141 (MQ=255) atCAGGTACATTTTCAATCAATGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCatg > 2:417484/1‑141 (MQ=255) atCAGGTACATTTTCAATCAATGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCatg > 2:439429/1‑141 (MQ=255) atCAGGTACATTTTCAATCAATGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCatg < 1:391136/141‑1 (MQ=255) aacAGGTACATTTTCAATCAATGCTTGTGCTAATCTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCatg < 1:227546/139‑1 (MQ=255) ggTACATTTTCAATCAATGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCAtgatga < 2:413159/141‑1 (MQ=255) cATTTTCAATCAATGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAg < 1:104609/141‑1 (MQ=255) aTTTTCAATCAATGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGt < 1:73168/141‑1 (MQ=255) ttttCAATCAATGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGtt > 1:371411/1‑141 (MQ=255) ttCAATCAATGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTAc < 1:530973/141‑1 (MQ=255) tcaagcaaTGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCAGCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACa < 2:322850/141‑1 (MQ=255) caatcaatGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCGGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACaa > 1:190615/1‑141 (MQ=255) aatcaatTCGTGTGCTGATTTGGATGACACCCCTGCGCCACTCAATTGTTGGAACGGATAATTCAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAAt < 2:431413/141‑1 (MQ=255) ccatGCTTGTTCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGAc < 1:644299/139‑1 (MQ=255) caatGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGAc < 2:183226/141‑1 (MQ=255) caatGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGAc < 2:85973/141‑1 (MQ=255) caatGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGAc < 1:545037/141‑1 (MQ=255) caatGCTTGGGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGAc < 2:672525/141‑1 (MQ=255) caatGCGTGTGCTAATTTGGATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGAc < 2:661710/141‑1 (MQ=255) aatGCGTGTGCTAATTTGGATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATCTCCGGTTTCAGACGCTGCAGGTACTGTGCTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACa < 2:146931/141‑1 (MQ=255) gtgCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTc < 1:417484/141‑1 (MQ=255) cTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTa < 2:222838/141‑1 (MQ=255) tAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTaa < 1:202175/141‑1 (MQ=255) ttGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAATGGATAATGAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCt < 1:360794/141‑1 (MQ=255) gTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTg > 2:658502/1‑141 (MQ=255) gTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTg > 2:98786/1‑141 (MQ=255) aaCACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAACTCTTGAACCAt > 1:13339/1‑141 (MQ=255) aaCACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAAAGACCTCAAATCCTACATCTTAGACCAt > 2:281177/1‑141 (MQ=255) cacCAGCACCACACCATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATCTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCAttt < 1:577003/141‑1 (MQ=255) acCTGCACCACACAATTGGTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCAtttt < 2:535388/141‑1 (MQ=255) gCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTGACTCTTGAACCATGTTAAtt > 1:246482/1‑141 (MQ=255) gCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAAtt < 1:619311/141‑1 (MQ=255) gCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAAtt > 1:52127/1‑141 (MQ=255) gCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAAtt > 2:257306/1‑141 (MQ=255) caccacACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTCCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAAttt > 1:60495/1‑141 (MQ=255) caccacACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGAATGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTCCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAAttt > 2:455669/1‑141 (MQ=255) caacacacaATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAAttt < 1:291867/138‑1 (MQ=255) cccacACAATTGTGGAAACGTATAATTAAACGCTGGATGCATAGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTCCTCCCCATTTCATGATGATCAGTTACATTGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTCATTTc < 2:609047/140‑1 (MQ=255) accaccCAATTATTGGAACGGATAATTAAACGATGGATTCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTc < 2:151885/141‑1 (MQ=255) accacACAATTGGTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTc < 2:322366/141‑1 (MQ=255) cagaaTTTTTGGAACGGATAATTAAACGGTGGATGCATTGGATGCACGATTGCATATGTTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGCTGATCATTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTa < 2:291238/138‑1 (MQ=255) cgaTTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTTCGATTGCATATGCTTTTGGTAATGTACTACCAATTTCATGTGGATCAGTTACAACGACATCACCTCCTACATCCTGAACCATTTTTATTTCATTacc < 2:580094/139‑3 (MQ=255) caATTGTTAGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAAGTTCATGATGATCACTTACATTGTCATCAACTCCTAAATCCTGAACCATTTTAATTTccgcatg > 2:71255/1‑135 (MQ=255) ttgGAACGGATAATTAAACGATGGATGCGTTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCttt > 1:441684/1‑140 (MQ=255) tgGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGCCCgtgt > 1:53025/1‑141 (MQ=255) cggtttaTTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGcc < 2:225215/135‑1 (MQ=255) cGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGcc < 1:87418/141‑1 (MQ=255) aTTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATtctc > 2:37861/1‑141 (MQ=255) tggatgCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTAt > 2:48949/1‑141 (MQ=255) ggatgCATTGGATGTTCGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGACCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATg < 2:204103/141‑1 (MQ=255) ggatgCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATg > 1:32550/1‑141 (MQ=255) ggatgCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTAATTATGACCTTGTCTGCCATTATGACCATTTAta > 1:121011/1‑140 (MQ=255) gatgCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATATTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTTTCAACAGTTATGa > 2:381886/1‑141 (MQ=255) tgCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGGACTTGTATGCCATTATCAACAGTTTTGAtt > 2:118372/1‑141 (MQ=255) tgCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTTTATGCCATTATCAACAGTTattatt > 1:576719/1‑141 (MQ=255) tgCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGAtt > 1:154728/1‑141 (MQ=255) ttGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATg < 2:145562/141‑1 (MQ=255) tGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGt < 2:32550/141‑1 (MQ=255) ggATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGtt > 1:560685/1‑141 (MQ=255) tGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATg > 1:257020/1‑141 (MQ=255) cGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATGCCtt > 1:10550/1‑141 (MQ=255) gATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATAAACACTTATGATTAATGTTATGCCTtc < 2:509896/141‑1 (MQ=255) agtGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGGTATGATTAATGTTATGCCTtca > 2:98917/3‑141 (MQ=255) aTTGCTTATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATGCCTtca < 1:302058/141‑1 (MQ=255) ttGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTCCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATGCCTtcat < 2:60495/141‑1 (MQ=255) ttGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTCCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATGCCTtcat < 1:455669/141‑1 (MQ=255) ttGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTCCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATGCCTtcat < 1:496344/141‑1 (MQ=255) gCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGGTATGCCTtcatca < 1:482040/141‑1 (MQ=255) tatGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATGCCTTCATCATGa > 2:288989/1‑141 (MQ=255) tatGCTTCTGGTAAGTTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTCTGCCCCTGTATGGCGTGATGAAGCGTTATGATTAATGTTATGCCTTCATCATGa > 2:662681/1‑141 (MQ=255) ttGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGGTTAATGTTATGCCTTCATCATGAg < 1:670857/140‑1 (MQ=255) tgtttCCGGTAATGTGCTCCCAATTTCAGCATGATCANGTACAATGACATCACCTCCTTTATCGTGAACCATTTTATTTTTAGTATGACCTTGCATGCCATTATTAGCAGTTATTCTTAATGTTATGCCTTCATCATGAGc < 2:126512/138‑1 (MQ=255) tGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATGCCTTCATCATGAGc > 2:258310/1‑141 (MQ=255) tGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATAAACAGTTATGATTAATGTTATGCCTTCATCATGaac > 2:281996/1‑139 (MQ=255) gCTTCTGGTAATGGTCTACCAATTTCATGATGATCAGGTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATGCCTTCATCATGAGCa < 2:441684/141‑1 (MQ=255) ttCTGTTAGTGTACTACCAATTGTATGATGATCAGTTACAAGGACATCAACTCCTAAATCTTTAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATGCCTTCATCATGAGCAtt < 2:524136/141‑1 (MQ=255) cttccAATTTCATGATGATCAGTTACAAGGACAGCAATTACTACCGAAAGTTCCGTTTTAATTTCATTATTACCTCGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATGCCTTCATCATGAGCATTTCTAAATGCTAGt < 1:328847/138‑1 (MQ=255) ctacCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATGCCTTCATCATGAGCATTTCTAAATGCTAGt < 2:190615/141‑1 (MQ=255) ctacCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATGCCTTCATCATGAGCATTTCTAAATGCTAGt > 1:674818/1‑141 (MQ=255) ttCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACATTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATGCCTTCATCATGAGCATTTCTAAATGCTACGTCGTTTgg > 2:378114/1‑141 (MQ=255) | TAATCAGGTACATTTTCAATCAATGCTTGTGCTAATTTGTATGCAACACCTGCACCACACAATTGTTGGAACGGATAATTAAACGATGGATGCATTGGATGTACGATTGCATATGCTTCTGGTAATGTACTACCAATTTCATGATGATCAGTTACAATGACATCAACTCCTAAATCTTGAACCATTTTAATTTCATTATGACCTTGTATGCCATTATCAACAGTTATGATTAATGTTATGCCTTCATCATGAGCATTTCTAAATGCTAGTTCGTTTGG > USA300TCH1516_ALE/1746320‑1746597 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |