| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 39,672 | C→A | 100% | V488F (GTT→TTT) | pbp ← | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 39,672 | 0 | C | A | 100.0% | 249.6 / NA | 79 | V488F (GTT→TTT) | pbp | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (34/45); total (34/45) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGT > USA300TCH1516_ALE/39534‑39804 | ttGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACAAaaac > 2:303294/1‑141 (MQ=255) ttGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGtttttt < 1:238479/140‑1 (MQ=255) cTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGtttttt > 2:162156/1‑141 (MQ=255) tGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCGTTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATAGCTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTc > 2:387398/1‑141 (MQ=255) gTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCGGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTCGTTTTTTCa > 1:124113/1‑141 (MQ=255) gTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGCTTTTTCa > 2:592980/1‑141 (MQ=255) tACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCAt < 1:681514/141‑1 (MQ=255) tACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTAATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCACAACCGAGCTTTTTCAt > 1:162850/1‑141 (MQ=255) cTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGc < 1:160163/141‑1 (MQ=255) ttAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCtttt < 2:643206/141‑1 (MQ=255) aaTCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTc < 1:63126/141‑1 (MQ=255) aaTCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTc > 1:372511/1‑141 (MQ=255) aTCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCa < 2:605796/141‑1 (MQ=255) aTCAGGATTTCACCTGTTTCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCa < 1:211680/141‑1 (MQ=255) ttATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAtt < 2:97928/140‑1 (MQ=255) gTATGTCACCTTGACCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACTTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAtt < 1:674405/141‑1 (MQ=255) tATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAttt < 2:122689/141‑1 (MQ=255) cACCTTGTCCGTAACCTAAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTAc < 1:597174/141‑1 (MQ=255) aCCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACt > 2:448569/1‑141 (MQ=255) aCCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCAAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACt > 1:444721/1‑141 (MQ=255) cTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGc > 2:6165/1‑141 (MQ=255) cGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTCCCTAAtt > 2:660820/1‑141 (MQ=255) aaCCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGa < 2:51301/141‑1 (MQ=255) aaCCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGa < 1:167426/141‑1 (MQ=255) cTGAATCAGTTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTACAAAATGTAGAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAAGCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTg < 1:313632/141‑1 (MQ=255) cTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTACATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATCTCTTCACCAAAACCTCGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCCAATTCGAGTg > 2:524668/1‑141 (MQ=255) cTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAGTGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATCTCTTACTGCCTAATTCGAGTg < 1:359882/141‑1 (MQ=255) cTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAATTTTCTTACTGCCTAATTCGAGTg > 1:632794/1‑141 (MQ=255) cTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTGATTCGAGTg > 2:482117/1‑141 (MQ=255) cTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTg < 2:641531/141‑1 (MQ=255) tGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGc < 1:135313/141‑1 (MQ=255) aTCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTAc < 2:450240/141‑1 (MQ=255) aTCAGCTAATAATATTGCATTATCTAAATTTTTGGTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTAc < 1:15728/141‑1 (MQ=255) ctactaATATTTCATTACAAATATTTGATTGTGATATCTGAGCATTATAAAATGGATTATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAg < 2:345139/141‑1 (MQ=255) cTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAg < 1:234467/141‑1 (MQ=255) taataaTATTTCATTATTTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCCCCAAAACCTAGCTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTGTTGCTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGc < 2:117871/141‑1 (MQ=255) taataaTATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGc < 1:151823/141‑1 (MQ=255) taataTTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCaaa < 2:87285/141‑1 (MQ=255) atTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGATTGCTACTCTCGCAAAGaaa > 2:53272/1‑141 (MQ=255) atTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGaaa > 2:246402/1‑141 (MQ=255) tttCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGaaaa < 2:231542/141‑1 (MQ=255) tCATTATCTACATTTTTTTTTGAAATTGGAGCAATATAAAATGCATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATg < 2:143870/141‑1 (MQ=255) cATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGt > 2:105173/1‑141 (MQ=255) ttATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCCCTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTa < 1:596536/141‑1 (MQ=255) aTCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATc > 1:557799/1‑141 (MQ=255) aTTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTGGCAAAGAGAATGTTATGtgatgg > 1:23425/1‑140 (MQ=255) ttttGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGAtt < 2:690205/141‑1 (MQ=255) tttgtttgAGATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTc > 1:156602/1‑141 (MQ=255) tttgttcgAAAACTGAGCATTATAACATGGATAATCACTTTTTATTTCTTCACCAGAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCGAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTc < 2:306419/141‑1 (MQ=255) tgtttgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTa < 1:633284/141‑1 (MQ=255) ttgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTg > 1:88697/1‑141 (MQ=255) tgAAATTTGAGCATTAGAGAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAAGCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATGTCTTAGTGCCTAATTCGAGTGCTACGCGAGGAAAGAGAAGGTTAGCGGGTGATTCTAGTGc < 2:136873/141‑1 (MQ=255) aaaTTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTCGCCTAGCAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCtt < 1:686164/141‑1 (MQ=255) ttGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGttt < 1:689233/141‑1 (MQ=255) tGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGtttt > 1:121822/1‑141 (MQ=255) gCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAg > 1:71965/1‑141 (MQ=255) cATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTTCTTGTTTTAAGt > 2:35727/1‑141 (MQ=255) aTTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTc < 2:372511/141‑1 (MQ=255) aTTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTc < 1:521732/141‑1 (MQ=255) ttATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGCAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCg > 2:41580/1‑141 (MQ=255) aaaTGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATAtt > 1:168316/1‑141 (MQ=255) aTGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCTAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTAc > 2:521150/1‑141 (MQ=255) gATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAt < 1:128500/141‑1 (MQ=255) aTAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAtt < 1:244935/141‑1 (MQ=255) aTAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAtt < 2:71965/141‑1 (MQ=255) aTAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAtt < 1:589490/141‑1 (MQ=255) tAATCACTTGGTACATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATACTACCAttt < 2:378713/141‑1 (MQ=255) aCTTGGTATATCTTCACCAAACCCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTTCTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCAc < 2:403370/141‑1 (MQ=255) aCTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCAc < 2:37660/141‑1 (MQ=255) cTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCTAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACt < 1:521150/141‑1 (MQ=255) cTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTAcacat > 2:272236/1‑137 (MQ=255) attGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTCTGCCTAATTCGAGTGATACTATATCAAAGAAATTGTTATGTGATGATTCTTTTGCTTGTTTTTATTTGATATTACGAttttatact > 2:579869/2‑135 (MQ=255) gTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTAGCACTTCat > 1:352779/1‑141 (MQ=255) tataTCTTCACCAAAACCTATTTTTTGCAATCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCGAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCata < 1:313800/141‑1 (MQ=255) tataTCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAACTGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTCCCATTTACAACTTCata > 2:621566/1‑141 (MQ=255) atatCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCatat > 2:75936/1‑141 (MQ=255) tatGTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCAGATGATTCTATTGCTTGATTTAAGTCGATATTACCATTTACAACTTCATATc > 1:499517/1‑141 (MQ=255) tatCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTAGTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATc > 1:196835/1‑141 (MQ=255) tatCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATc < 1:665292/141‑1 (MQ=255) ttCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGt > 1:219444/1‑141 (MQ=255) | TTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGT > USA300TCH1516_ALE/39534‑39804 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |