| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,358,585 | G→C | 10.2% | D111E (GAC→GAG) | rpoA_1 ← | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,358,585 | 0 | G | C | 10.2% | 171.9 / 6.8 | 64 | D111E (GAC→GAG) | rpoA_1 | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/33); new base C (4/3); total (28/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTAGTATTATTTTGTTCTGCTAATGCGTAACCTCTACCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAG > USA300TCH1516_ALE/2358448‑2358723 | cTAGTATTATTTTGTTCTGCTAATGCGTAACCTCTACCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCg > 1:587037/1‑141 (MQ=255) gTATTATTTTGTTCTGCTAATGCGTAACCTCTACCCTTGTTAGCAACTAGAGGAATTTTTAAGTGACCACCTTTACATACTGTTGCAATTTTAAGCCCTGGGTTTAAAATTTCAACATAACTATCATGTGTCATCTCGCta > 2:33775/1‑140 (MQ=255) gTTCTGCTAATGCGTAACCTCTACCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACtt > 2:201140/1‑141 (MQ=255) ttCTGCTAATGCGTAACCTCTACCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTc < 2:659164/141‑1 (MQ=255) tGCTAATGCGTAACCTCTACCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGcc > 2:467027/1‑141 (MQ=255) tGCTAATGCGTAACCTCTACCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGcc > 2:468813/1‑141 (MQ=255) tGCTAATGCGTAACCTCTACCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGcc < 2:583176/141‑1 (MQ=255) gCTAATGCGTAACCTCTACCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTAACCATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGACt > 2:342574/1‑141 (MQ=255) aTGCGTAACCTCTACCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTtcat > 2:683226/1‑141 (MQ=255) gCGTAACCTCTACCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATCTCGCCTGCTGTTACTTCGCCTtcatcc > 1:24301/1‑140 (MQ=255) ttAACCTCTACCCTTGTTAGCAACTATACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACg < 2:67152/140‑1 (MQ=255) aaCCTCTACCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCGCTATCATGTGTAATGTAGCTTTCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTa > 2:74721/1‑141 (MQ=255) ctACCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGGACATCa > 1:205676/1‑141 (MQ=255) ctACCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATCTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTTATCACGTACATCa > 2:86748/1‑141 (MQ=255) tACCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATCTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCaa < 1:461268/141‑1 (MQ=255) aCCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGGTACTTCGCCTTCATCACGTACATCagt > 1:354323/1‑139 (MQ=255) ccTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCACTTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTATTGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCTTCACGTCCGTCAAttt > 1:206935/1‑141 (MQ=255) cTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATGACGTACATCAATTTc > 1:287120/1‑141 (MQ=255) tGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTa < 2:148324/141‑1 (MQ=255) gTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATATAGCTTGCTGGTACTTCACCTTCATCAGGTGCATCAATTTCtca > 2:414476/1‑139 (MQ=255) gCAACTAGACGAATTTTTAAGGGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGtt < 2:267096/141‑1 (MQ=255) cTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTAt < 2:428848/141‑1 (MQ=255) aGACGAATTTTTAAGTGGCCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTAtct < 2:67371/141‑1 (MQ=255) aGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTAtct > 2:115956/1‑141 (MQ=255) aGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTAtct < 2:559477/141‑1 (MQ=255) ttAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGt > 1:48652/1‑141 (MQ=255) tAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTa > 1:249749/1‑141 (MQ=255) aGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTaaa > 1:602324/1‑141 (MQ=255) aGTGACCACCTTTAAATACAGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTaaa > 1:383770/1‑141 (MQ=255) gtgtCCACCTTTAGATNCTGTTGCAATTTTAAGCTCTTGGTTTAAAATTCCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTGATCTTCTTCAGAGTAAAt < 1:573172/141‑1 (MQ=255) gTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAAt < 1:162229/141‑1 (MQ=255) ccaccTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCACTTTCTCACGTTTTCTCTTCTTCAGAGTAAAGTTTc > 2:134160/1‑141 (MQ=255) caccTTTAGATACTGTTGCAATGTCCAGCGCTTGTTGTAACTTTTAGCGCTGACCATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCa < 1:328772/141‑1 (MQ=255) ccTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAAt < 1:33939/141‑1 (MQ=255) gATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAAt > 2:595710/1‑141 (MQ=255) aCTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGt < 1:186090/141‑1 (MQ=255) cTGTTGCATTTTTAACCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATTTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTATAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGtt < 2:626657/141‑1 (MQ=255) tGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGttt < 1:227358/141‑1 (MQ=255) gtgtaaTTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCCACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATTAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTaa < 1:563067/137‑1 (MQ=255) aTTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTc < 2:602324/141‑1 (MQ=255) tttAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCGCGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCat < 1:201140/141‑1 (MQ=255) tctctGTGTTTTAAATTTCATCATCTCTATCATGTGTAATCTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCTCGTACATTAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTTATTGTTTAATGTTCataatta < 2:419608/140‑3 (MQ=255) gTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGa > 2:366488/1‑141 (MQ=255) gTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGa > 1:555391/1‑141 (MQ=255) gTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGa < 2:571996/141‑1 (MQ=255) aaaaTTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACa > 1:86383/1‑141 (MQ=255) aaTTTCAACATCACTATCCTGTGTTATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATc < 2:468386/141‑1 (MQ=255) aaTTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATc < 1:528170/141‑1 (MQ=255) ttCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTGCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTc < 2:593943/141‑1 (MQ=255) tCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAACAATCTTCa > 1:44855/1‑141 (MQ=255) tCAACATCACTATCATGTGTAATCTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGACACATCTTCa > 1:662060/1‑141 (MQ=255) aaCATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACGTCTTCAAc < 2:356192/141‑1 (MQ=255) aaCATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAAc < 1:219232/141‑1 (MQ=255) attaCTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTAc < 1:122221/138‑1 (MQ=255) aTCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTTTAGAAACATCTTCAACTAc < 1:370034/141‑1 (MQ=255) cACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACAt < 1:115956/141‑1 (MQ=255) aTCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCTCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTc < 2:461988/141‑1 (MQ=255) ttatttgtAATGGCGCTTGCTGTTACTTCGCCGTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCt < 2:145346/136‑1 (MQ=255) cATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTa < 1:667379/141‑1 (MQ=255) aTGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTAc > 1:644256/1‑141 (MQ=255) gtAATCTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTActgct < 2:669703/141‑1 (MQ=255) tAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTActgctg < 1:414476/141‑1 (MQ=255) aaaTGTCGCTTGCTGGTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTActgctg < 2:206935/140‑1 (MQ=255) ttGTCGCTTGCTGTTACTTCCCCTTCATCACGTACATCCATTTATCACGTTTTGTCTGGGGCGTAGTAGATTTTCCATGCTAATTGTTTATTGTTCGTAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTgag < 2:489370/140‑1 (MQ=255) | CTAGTATTATTTTGTTCTGCTAATGCGTAACCTCTACCCTTGTTAGCAACTAGACGAATTTTTAAGTGACCACCTTTAGATACTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAG > USA300TCH1516_ALE/2358448‑2358723 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |