| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,632,393 | C→T | 7.9% | intergenic (‑184/+498) | fnbA_1 ← / ← fnbA_2 | Fibronectin‑binding protein A/Fibronectin‑binding protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,632,393 | 0 | C | T | 7.9% | 210.7 / 7.2 | 76 | intergenic (‑184/+498) | fnbA_1/fnbA_2 | Fibronectin‑binding protein A/Fibronectin‑binding protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/49); new base T (3/3); total (24/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
CAATAAATGCAATTCTATATTGTTCGGTTTTTAAAAGCAATGAAAAAAAGCGAGTTAATAAAAAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTATGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGTACAATGCATCATTAACAAGTCACTGA > USA300TCH1516_ALE/2632255‑2632531 | cAATAAATGCAATTCTATATTGTTCGGTTTTTAAAAGCAATGAAAAAAAGCGAGTTAATAAAAAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTATGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAATGcgc > 2:322860/1‑139 (MQ=255)cAATAAATGCAATTCTATATTGTTCGGTTTTTAAAAGCAATGAAAAAAAGCGAGTTAATAAAAAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTATGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGctc < 1:52194/141‑1 (MQ=255) aTAAATGCAATTCTATATTGTTCGGTTTTTAAAAGCAATGAAAAAAAGCGAGTTAATAAAAAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTATGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCtt < 2:188830/141‑1 (MQ=255) aTAAATGCAATTCTATATTGTTCGGTTTTTAAAAGCAATGAAAAAAAGCGAGTTAATAAAAAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTATGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCtt < 2:325270/141‑1 (MQ=255) 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2:421868/1‑140 (MQ=255) ttCTATATTGTTCGGTTTTTAAAAGCAATGAAAAAAAGCGAGTTAATAAAAAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTATGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTg > 2:272023/1‑141 (MQ=255) gTTTTTAAAAGCAATGAAAAAAAGCGAGTTAATAAAAAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTATGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTg < 1:220624/141‑1 (MQ=255) gTTTTTAAAAGCAATGAAAAAAAGCAAGTTAATAAAAAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTAGGTATAATGAGTTTTTTATTTTTTGAAACTCAC‑‑ATACATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAAAAgcgctg > 2:238951/1‑136 (MQ=255) ttAAAAGCAATGAAAAAAAGCGAGTTAATAAAAAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTATGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTACATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTAtt > 2:461482/1‑141 (MQ=255) aaaaGCAATGAAAAAAAGCGAGTTAATAAAAAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTATGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTAtttt < 2:347516/141‑1 (MQ=255) 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1:377555/141‑1 (MQ=255) aaaaGCGAGTTAATAAAAAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTATGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACttt < 1:344148/141‑1 (MQ=255) cGAGTTAATAAAAAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTATGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGTTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTttaaa > 2:230763/1‑141 (MQ=255) cGAGTTAATAAAAAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTATGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGTTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTttaaa > 2:465067/1‑141 (MQ=255) cGAGTTAATAAAAAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTATGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGTTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTttaaa > 2:666775/1‑141 (MQ=255) gAGTTAATAAAGAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTATGCATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTTAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTttaaat < 1:654417/141‑1 (MQ=255) 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aTGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGGAACTCAC‑‑ATATAAATTCCATAACAAGATCATGAACGCATTGAAATAACAGGCTTGTGTTTTTTATTATTACTTTTTGAATTAAATTCACATTCATTTAATTTAAAACATtatat > 2:149287/1‑140 (MQ=255) aTGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCCCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTCAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATAc > 1:463738/1‑141 (MQ=255) tGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACt < 1:129795/141‑1 (MQ=255) tGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACt < 1:530293/141‑1 (MQ=255) tGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACt < 1:601860/141‑1 (MQ=255) tataATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTTTACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAATAATATACTaa > 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ttttttATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACcatacat > 1:537229/1‑141 (MQ=255) ttttATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACataa < 1:664417/141‑1 (MQ=255) ttattTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATc < 1:245057/141‑1 (MQ=255) gAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGt < 1:56355/141‑1 (MQ=255) gAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGt < 1:465934/141‑1 (MQ=255) aCTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGTACa < 1:326875/141‑1 (MQ=255) cTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGTACaa < 1:123799/141‑1 (MQ=255) cac‑‑aTATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGTACAATg > 1:605874/1‑141 (MQ=255) ttatatTGAATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGTACAATGcatca < 2:142601/140‑1 (MQ=255) tatTGCATACAAAGCGCTTGAACACCGTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATAGCCTGTACAATGCATCATTa < 1:421224/141‑1 (MQ=255) gCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGTACAATGCATCATTAACaa < 1:691673/141‑1 (MQ=255) cATACAAAGCTCTTGAACACCTTTATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGTACAATGCATCATTAACAAg < 1:251712/141‑1 (MQ=255) aTACAAAGTTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGTACAATGCATCATTAACAAGt < 1:230763/141‑1 (MQ=255) aTACAAAGTTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGTACAATGCATCATTAACAAGt < 1:666775/141‑1 (MQ=255) aTACAAAGTTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGTACAATGCATCATTAACAAGt < 1:465067/141‑1 (MQ=255) aTACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCCCATGATGGTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGTACAATGCATCATTAACAAGt > 2:522017/1‑141 (MQ=37) aaaGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGTACAATGCATCATTAACAAGTCACt < 2:188666/141‑1 (MQ=255) aGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGTACAATGCATCATTAACAAGTCACTGa > 1:431089/1‑141 (MQ=255) aGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGTACAATGCATCATTAACAAGTCACTGa < 1:657184/141‑1 (MQ=255) | CAATAAATGCAATTCTATATTGTTCGGTTTTTAAAAGCAATGAAAAAAAGCGAGTTAATAAAAAGTTAAGATTGTTGTTAACTTTATGTATAATGAGTTTTTTATTATTTGAAACTCAC‑‑ATATATATTGCATACAAAGCTCTTGAACACCTTGATATAACAGGCTTGTATTTTTTATACTTACTTTTTAAATTAAATTCAAATTCATCTAATTTAAAACAATATACTAAACCATACATAATAATCGCCTGTACAATGCATCATTAACAAGTCACTGA > USA300TCH1516_ALE/2632255‑2632531 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |