Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 307,880 | T→C | 7.6% | L43P (CTG→CCG) | lytR_1 → | Sensory transduction protein LytR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 307,880 | 0 | T | C | 7.6% | 161.7 / 4.4 | 65 | L43P (CTG→CCG) | lytR_1 | Sensory transduction protein LytR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/24); new base C (3/2); total (39/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 |
GAGGAATAAATATGAAAGCATTAATCATAGATGATGAGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTATTTTTGCAACTGCACATGACCAATACGCAGTACA > USA300TCH1516_ALE/307742‑308018 | gaggaATAAATATGAAAGCATTAATCATAGATGATGAGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGa < 1:532621/141‑1 (MQ=255) aataaggaTGAAAGCATTAATCATTGTTGATGAGCCATTAGCACGTAATGAAGTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGATATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGatcaa < 1:173809/141‑1 (MQ=255) aataaataTGAAAGCATTAATCATAGATGATGAGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGatcaa < 1:256800/141‑1 (MQ=255) aataaataTGAAAGCATTAATCATAGATGATGAGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGatcaa < 1:353944/141‑1 (MQ=255) taaataTGAAAGCATTAATCATAGATGATGAGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAAATGGTGGATTTGAAGAACTTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGatcaatc > 2:469038/1‑141 (MQ=255) aaaataTGAAAGCATTAATCATAGATGATGAGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATAAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGatcaatc < 1:652116/140‑1 (MQ=255) aaataTGAAAGCATTAATCATAGATGGTGAGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGatcaatca < 2:282615/141‑1 (MQ=255) tGAAAGCATTAATCATAGATGATGAGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATg > 2:368027/1‑141 (MQ=255) gCATTAATCAGAGATGATGAGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTTGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACAtt < 2:572347/141‑1 (MQ=255) gatgatGAGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGAt > 2:11233/1‑141 (MQ=255) atgatgAGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATCATATTTTTAGATg > 2:400971/1‑141 (MQ=255) atgatgAGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACCGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATg > 2:107487/1‑141 (MQ=255) atgatgAGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACCGATAAATCAATATGACATTATATTTTTAGATg > 2:363448/1‑141 (MQ=255) atgatgAGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAAGGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGACCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATg > 1:230784/1‑141 (MQ=255) tgatgaGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGt > 2:213386/1‑141 (MQ=255) tgatgaGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATAGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGt > 1:487789/1‑141 (MQ=255) ggatgaGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGGTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGt < 1:416844/140‑1 (MQ=255) tgaGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCaa > 1:80317/1‑141 (MQ=255) gaGTCATTAGCAAGTAATGAATTAACAGAGTTATTAAATGAAATTGGTGAGTTATAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGATACTTTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAAt < 2:621096/141‑1 (MQ=255) gaGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAAt > 2:506587/1‑141 (MQ=255) gaGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGGGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGCCATTATCTTTTTAGATGTCAAt > 2:131081/1‑141 (MQ=255) aGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAAtt > 2:179792/1‑141 (MQ=255) gCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAAttt > 2:30665/1‑141 (MQ=255) ccATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAAtttc > 1:155161/1‑140 (MQ=255) ccATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTa > 2:84218/1‑141 (MQ=255) ccATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACAATGTAAGCACTACCGATCACCCAAGATGTCATTATATTTTTAGATGTCAATTTa > 1:609640/1‑141 (MQ=255) ccATTAGCACGTAATGAATTAACATATTGATTAAACGAACTTGGTGGTTTTGACGAGATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAGGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATAATTTTAGATGTCAAGTTa > 2:275619/1‑141 (MQ=255) aGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGa < 1:69693/141‑1 (MQ=255) gAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATggg > 1:83467/1‑141 (MQ=255) gAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATggg < 1:368027/141‑1 (MQ=255) aTTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAAAGGGAt > 2:126960/1‑141 (MQ=255) cATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAAt > 2:385672/1‑141 (MQ=255) ttattaAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGCTGAAAATGGGATCGAATTAGGa > 2:212442/1‑141 (MQ=255) ttattaAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGGAAATGGGATCGAATTAGGa > 1:28760/1‑141 (MQ=255) ttaAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCt > 2:678283/1‑141 (MQ=255) ttaAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCt > 2:333123/1‑141 (MQ=255) ttaAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATAGAATTAGGAGCt > 1:218345/1‑141 (MQ=255) aaTGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAggtgatagg > 2:68072/1‑134 (MQ=255) aaTTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATGAGAAGCTCTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTATATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGACCTAGGCTTCa > 2:115758/1‑141 (MQ=255) ggtggtTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAg > 1:429313/1‑141 (MQ=255) tggtTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAACATGGGATCAAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAgga > 2:62169/1‑139 (MQ=255) ggtTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCAAAGATTCAAAAGAta > 2:390705/1‑140 (MQ=255) ttGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAag < 2:658687/141‑1 (MQ=255) gaagaaATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAGACGTTGGAAGCACTACTGATCAATAAATATGACAATATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGAACGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAagag > 2:257023/1‑141 (MQ=255) aagtAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGATCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCAcc < 1:336855/138‑1 (MQ=255) aaTTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCAcc < 2:11713/141‑1 (MQ=255) aTTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTGTATTATTAGATGTCAATATAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCAAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCAACCt > 2:419034/1‑141 (MQ=255) actctggCAGCAAATGCAAAAGAAACATGGGAAGCACTACTGATCAATCAACATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTCAATGGACTAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCg < 1:1493/136‑1 (MQ=255) aaTGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCg < 2:604354/141‑1 (MQ=255) aaTGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTAACTCTCCCAGAGGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCg > 1:332018/1‑141 (MQ=255) cAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTAttt < 2:245728/141‑1 (MQ=255) aaGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGACTTCGGAGTTGAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTAttt < 2:286511/140‑1 (MQ=255) aaaaTGTAAAATAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTATTTTTg < 1:309035/141‑1 (MQ=255) aaaaTGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTATTTTTg < 1:414944/141‑1 (MQ=255) aaaaTGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACCGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTATTTTTg < 1:107487/141‑1 (MQ=255) aaaaTGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACCGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTATTTTTg < 1:363448/141‑1 (MQ=255) tGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTATTTTTGCAAc < 1:11233/141‑1 (MQ=255) aaaGACACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTATTTTTGCAACTGca < 2:367946/141‑1 (MQ=255) aaaGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTATTTTTGCAACTGca > 2:308495/1‑141 (MQ=255) aaCATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTATTTTTGCAACTGCACATGa < 2:83467/141‑1 (MQ=255) aCATTTGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTATTTTTGCAACTGCACATGAc < 2:593463/141‑1 (MQ=255) aCATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAACTGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAAATGAAAGAGCCCCCTGCGATTCTTTTTGCAACTGCACATGAc > 2:641575/1‑141 (MQ=255) aCATTGGAAGCACTACGGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTATTTTTGCAACTGCACATGAc > 1:348235/1‑141 (MQ=255) gAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTATTTTTGCAACTGCACATGACCAATAc > 2:688674/1‑141 (MQ=255) gCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCAACCTGCGATTATTTTTGCAAATGCACAAAACCAATACGCa > 2:449127/1‑141 (MQ=255) actGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTATTTTTGCAACTGCACATGACCAATACGCAGTACa > 2:33082/1‑141 (MQ=255) | GAGGAATAAATATGAAAGCATTAATCATAGATGATGAGCCATTAGCACGTAATGAATTAACATATTTATTAAATGAAATTGGTGGTTTTGAAGAAATTAATGAGGCAGAAAATGTAAAAGAAACATTGGAAGCACTACTGATCAATCAATATGACATTATATTTTTAGATGTCAATTTAATGGATGAAAATGGGATCGAATTAGGAGCTAAGATTCAAAAGATGAAAGAGCCACCTGCGATTATTTTTGCAACTGCACATGACCAATACGCAGTACA > USA300TCH1516_ALE/307742‑308018 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |