| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 111,516 | 0 | C | A | 28.6% | 171.7 / 70.3 | 119 | Q196K (CAA→AAA) | USA300HOU_RS00520 | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/49); new base A (15/19); total (51/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/111377‑111652 | tGAGGAAGTTAAAGACGACATCTATCTGAAATAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCa > 1:988480/1‑141 (MQ=21)tGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCa < 2:179315/141‑1 (MQ=255) aGGAAGTTAAAGAAGAAAAGATAAAAAATGAGGACGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAAAATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATGAAGATGGAGATATATAATATAATCCAGAGGTGCCGAGGTATTAAGTCCAat > 2:657837/1‑141 (MQ=21) aGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAat < 2:481823/141‑1 (MQ=255) ggAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCACTTTTACAGATTTAATGAATCATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAata < 1:476260/141‑1 (MQ=255) ggAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAata < 1:939895/141‑1 (MQ=255) ggAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAata < 1:511603/141‑1 (MQ=255) ttAAAGAAGAAAACAAAAAAAAAGAAAGCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAAt < 2:573402/141‑1 (MQ=255) tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAAtt > 1:635085/1‑141 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTa > 2:958043/1‑141 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTa > 1:554996/1‑141 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTa > 2:69432/1‑141 (MQ=255) aagaagAAAACAAAAAAAAAGTAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTaa > 1:515142/1‑141 (MQ=255) ggaggagaCATAAAGAAAGAAATCGAAACCTTTAAGTCTTTTGCGCAATAGAGGAATTGTAAAGATTTAAGGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACt < 1:994056/134‑1 (MQ=17) gaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACt > 1:865229/1‑141 (MQ=255) agaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTaa < 2:721890/141‑1 (MQ=255) gaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAat > 1:163894/1‑141 (MQ=255) gaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAat > 1:418497/1‑141 (MQ=255) gaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAat > 2:9664/1‑141 (MQ=255) aaaaCATAAAAAAAGAAATGGAAAGCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGGGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatg < 2:144131/141‑1 (MQ=255) aaaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCCACAGAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGTAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatg < 2:479882/141‑1 (MQ=255) aaaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAGGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCGATATCAATTAACTAatg < 2:359294/141‑1 (MQ=255) aaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCCCTATTGACTCATTTTAGATTGAATGAATTATAAAGATGGAGACATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatga < 2:955281/141‑1 (MQ=17) aaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatga < 1:333575/141‑1 (MQ=255) aaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTGAATGGATTAGAAAGATGGAGATAGATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatga < 1:189157/141‑1 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgat < 2:841199/141‑1 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATACCAATTAACTAatgat < 1:390071/141‑1 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACGTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAGTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATAAATTAACTAatgat > 2:9592/1‑141 (MQ=17) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgatg > 1:147109/1‑141 (MQ=255) tAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATACCAATTAACTAATGATGAtt > 1:536277/1‑141 (MQ=255) tAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAAATATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGATATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAtt > 2:302653/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATta > 2:223033/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATtat > 2:620319/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGAAATCGAAAAATTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 2:464262/141‑1 (MQ=255) aaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATtata < 1:844002/141‑1 (MQ=255) aaaaGAAATCGAATACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATaa < 1:417618/141‑1 (MQ=255) aaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATaa < 1:865898/141‑1 (MQ=255) aaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCACAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATCGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATaa < 1:112214/141‑1 (MQ=255) aaaaGAAACCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCATTATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATaa < 1:112213/141‑1 (MQ=255) gAAATCGACATCTTTAAGTATTATGCACAATATAGTAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCAAAAAATCAGTTACCTAATGATGATTATAATGTa < 2:9155/141‑1 (MQ=18) gAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTCTTAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTTAACTCAAAATCAATAAACTATTGATGATATTATTGTa > 2:525618/1‑141 (MQ=18) gAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTa > 2:797171/1‑141 (MQ=255) gAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTa < 1:78418/141‑1 (MQ=255) aaaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa > 1:768803/1‑141 (MQ=255) aaaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 2:409093/141‑1 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa < 2:721382/141‑1 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGAGGGAGATATATCATATCATCCATAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATTATTATAATGTaaa < 2:177374/141‑1 (MQ=17) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTGAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa < 2:615331/141‑1 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATTTATAATATAATCCAGAGGTTCCGAGTTATTCAACTCAATATCAATTAACTATTTATGATTATAATTTaata > 2:347287/1‑139 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaa > 1:825257/1‑141 (MQ=255) tCGAAAACTTTAAGTTGTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTGATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATGATGTAAAAc > 2:324037/1‑141 (MQ=17) aaaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAAAAAt > 1:331483/1‑141 (MQ=255) acaCTTTAAGTTTTGTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATCTCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAtt < 2:422146/139‑1 (MQ=255) cTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACg < 1:662602/141‑1 (MQ=255) tttAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATACCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACgc < 1:232745/141‑2 (MQ=255) ttAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAGTATCAATTAACTAATGATGATTTTAATATAAAACAATTACATa > 2:41841/1‑141 (MQ=255) tAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaa < 1:360438/141‑1 (MQ=255) tAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaa < 2:323807/141‑1 (MQ=255) aaGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaaa > 1:671774/1‑141 (MQ=255) tGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGa < 1:218805/141‑1 (MQ=255) tGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGa < 1:847745/141‑1 (MQ=255) taGCAATTTTGAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATAAACTGCTGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACcgac < 2:907786/141‑1 (MQ=11) taGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAccgac < 2:760177/141‑4 (MQ=11) aaaGATTTAATGAATTATACCGGTGACAATAGATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcg > 1:988148/1‑141 (MQ=17) aaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTAAGAAAAAGATATTATATACGGACGAATAAAgctc > 2:479695/1‑139 (MQ=11) aaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcgc < 1:583538/141‑1 (MQ=255) gATTTAATGAATTATACAGGTAGTAAGAAATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCg > 2:214201/1‑141 (MQ=17) tttAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGaa < 1:14694/141‑1 (MQ=255) aaTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAACCAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAACCGCCGAAGCt > 1:103367/1‑141 (MQ=255) gAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgtt < 2:32262/141‑1 (MQ=255) aaaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgtt < 1:653306/140‑1 (MQ=255) aTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgttgt < 2:570899/141‑1 (MQ=255) ttATAAAGATGGAGATATATAATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTtttgt‑t > 1:601713/1‑141 (MQ=255) taAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGaa < 1:325141/141‑1 (MQ=255) acaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACGAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGaaa < 2:877745/139‑1 (MQ=255) aaaGATGGAGATATCTCATATAATCCAGCGGTGCCGTGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACCTACCAACAAAGAGCGCGCAGCAGCagttgggcaag > 1:687457/1‑135 (MQ=14) agaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAgg > 1:615663/1‑141 (MQ=255) aaTACAGAAGTCACGAATTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAAAAAATAAAGCTCAGCAG‑TTTTGTATGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGt > 2:449245/1‑141 (MQ=14) tCCATAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAACGCCGTAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGTGAATTTAAAAGGTtc > 1:700573/1‑141 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca < 2:539814/141‑1 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca < 1:899002/141‑1 (MQ=255) agatGTGCCGAGTTATGCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGCAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcatc < 2:527362/141‑1 (MQ=255) agagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcatc < 1:273101/141‑1 (MQ=255) agagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcatc < 1:194754/141‑1 (MQ=255) agagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAACGATGCTTCGTATGAAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcatc < 1:468817/141‑1 (MQ=17) agGTTCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAGTTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGATGCTGTTGT‑TGAAAGATACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAg > 1:601289/1‑141 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcatacgtt > 2:591911/1‑136 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtg > 2:930952/1‑140 (MQ=255) gCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTACAAGCTATGACATACCAACAAATAAAGCGTCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTAAAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTgg > 2:602254/1‑141 (MQ=255) gCCAAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGGCGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCAACAGTTgg > 2:432222/1‑141 (MQ=255) ccGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAACTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGATTCATCAGTTGGa < 1:824171/141‑1 (MQ=255) tATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaa < 2:876261/141‑1 (MQ=255) tATTAAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaa < 1:206233/141‑1 (MQ=255) aTTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaa > 1:878004/1‑141 (MQ=255) ttCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaa < 1:525618/141‑1 (MQ=255) ttCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaa < 1:797171/141‑1 (MQ=255) ttCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTCAAAAGGGTCATCAGTTGGATATaaaaa > 1:668384/1‑141 (MQ=255) ttCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAAAAATTACGTAAAAGATATGAAATACCAACAAATAAAGAGCCGAAGCTGTTGA‑TGAAAGGTACAGGGAATGTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaa > 2:983789/1‑141 (MQ=17) cAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaaaa > 1:218119/1‑141 (MQ=255) aGCTCAATATACATGAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAATATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAt < 2:399226/141‑1 (MQ=255) | TGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGT‑TGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/111377‑111652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |