| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,105,994 | T→C | T12T (ACT→ACC) | pdhD → | Dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,105,994 | 0 | T | C | 98.8% | 287.2 / NA | 87 | T12T (ACT→ACC) | pdhD | Dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (42/43); total (44/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATT > USA300TCH1516_ALE/1105859‑1106131 | tGACCACAGACAAATTGATTGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGt < 1:7989/141‑1 (MQ=255) cccACATACAAAGTGATTGTGCACGTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTaa < 2:722254/140‑1 (MQ=255) cccACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAACCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTaa < 2:908929/140‑1 (MQ=255) aCCACAGAGAAAGTGATGGGGCAACTGGCCAAAATGCAAGGAATCAGATTAAGCGTGTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTGGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTaa < 2:779216/141‑1 (MQ=255) 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2:300674/141‑1 (MQ=255) aTCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAg < 1:815322/141‑1 (MQ=255) ttaaCGTTTATTAAATTATCCATTATTATTATTAATGGAGGGGTAAAATATGGTAGCTGGAGCTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATTGGATCAGGTCCTGGTGGATACGTTTCAGCAATTCGTGCTGCTCAAtt < 2:246814/139‑1 (MQ=255) tAAACGTTAATGAACTAATCCAGAATTCGTACTAATTGGTGGGTAAAACAGTGGAGTTGGATATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGTAGGTCCTGGTGGATACGTTCCAGCAATTCGTGCAGCTCAAtt < 2:22143/141‑1 (MQ=255) aCGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAgg < 1:754796/141‑1 (MQ=255) aCGTTTATTAAATAATCCAGAAATATAATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCACCGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGTAGCTCAATTAgg < 1:188717/141‑1 (MQ=255) 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ggTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATAAGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAACCCTTGCGAAAGGTACTCTCGGCGGTGTTTGcgt > 2:136609/1‑139 (MQ=255) ggTAGGGGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCACTTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCtt > 2:482107/1‑141 (MQ=255) tAGTTGGAGATGTCCTAATTTAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTaa < 1:74533/141‑1 (MQ=255) aGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGGAGGGCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTaaa > 2:702679/1‑141 (MQ=255) aGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTaaa > 2:849596/1‑141 (MQ=255) agaTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAgg > 1:403675/1‑141 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1:779045/1‑141 (MQ=255) aCAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAAGCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCaaaa < 2:527660/141‑1 (MQ=255) aCAGATACCAAAGTAATCAGAGCAGGGCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCaaaa < 2:364509/141‑1 (MQ=255) tACCATAGTAAACTTAGCAAGTCAGGGTTGATACGTTGCAGTAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCAtt < 2:11751/141‑1 (MQ=255) | TGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATT > USA300TCH1516_ALE/1105859‑1106131 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |