| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 39,672 | C→A | V488F (GTT→TTT) | pbp ← | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 39,672 | 0 | C | A | 98.4% | 192.3 / NA | 64 | V488F (GTT→TTT) | pbp | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (33/30); total (34/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACG > USA300TCH1516_ALE/39541‑39808 | gATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGttt > 1:115030/1‑141 (MQ=255)gATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGttt > 1:397780/1‑141 (MQ=255) aTCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGtttt > 2:947358/1‑141 (MQ=255) tCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAATATGGATAATCCCGAGGTATATTTTCACCAAAACCTAGttttt > 1:376560/1‑141 (MQ=255) tGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGCATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAGTTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTc > 1:774868/1‑141 (MQ=255) tGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTc > 1:458264/1‑141 (MQ=255) gTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCa < 1:34275/141‑1 (MQ=255) gTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATAAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTCTATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCa > 2:162800/1‑141 (MQ=255) tACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAATATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCAt > 1:280731/1‑141 (MQ=255) tAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCttttt < 2:71161/141‑1 (MQ=255) cAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCaaa > 1:874998/1‑141 (MQ=255) cAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTGATGCCTTTTTCaaa < 2:675752/141‑1 (MQ=255) cAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTAATGCCTTTTTCaaa > 2:932931/1‑141 (MQ=255) cgTATTGCAACTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGCAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCCCCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAt < 2:769308/140‑1 (MQ=255) aGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAt < 1:773132/141‑1 (MQ=255) ttataTCATCTTCCCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCCTTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCCCCAAAACCTAGTTTCTTCATGCCTTCTTCAAAtt < 2:524274/140‑1 (MQ=255) gTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAtt > 1:216779/1‑141 (MQ=255) aTTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTc < 2:967218/141‑1 (MQ=255) cACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCGTTATAAAATGTATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTAc < 2:429077/141‑1 (MQ=255) cACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCGTTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTAc < 2:502195/141‑1 (MQ=255) aCCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACt > 2:141947/1‑141 (MQ=255) aCCCTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACt < 2:858654/141‑1 (MQ=255) cTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTTCTGc > 1:69730/1‑141 (MQ=255) ccGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAAt > 2:171793/1‑141 (MQ=255) cGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTGTTTCAAATTTCTTACTGCCTAAtt > 1:654102/1‑141 (MQ=255) tAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCg < 2:454446/141‑1 (MQ=255) gaaCCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTTAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCg < 2:53686/140‑1 (MQ=255) aaCCTTAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAACTTGATCATTAAAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGa < 2:18929/141‑1 (MQ=255) aaCCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTATATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCTAATTTCTTACTGCCTAATTCGa < 2:585629/141‑1 (MQ=255) cTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTg < 1:214248/141‑1 (MQ=255) aagaatcTAATAATATTTTTCTAATAAAAGTTTTTTGTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTa < 2:949380/135‑1 (MQ=255) aaTCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTa < 2:143300/141‑1 (MQ=255) gCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTa < 1:242982/141‑1 (MQ=255) cTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAg < 2:944928/141‑1 (MQ=255) ttCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAt > 2:862634/1‑141 (MQ=255) aTTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTGTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATCCGAGTGCTCCTCAAGCAAAGAAAAAGtt > 1:318386/1‑141 (MQ=255) tCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCt > 1:965272/1‑141 (MQ=255) tAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTTAATTTTTTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATTtga > 2:577529/1‑141 (MQ=255) aaTTTTTGTTTGAACTTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAATATGTTATCttatg > 1:547541/1‑141 (MQ=255) aaTTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATctgctg > 1:213357/1‑141 (MQ=255) aaTTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCtgatg > 2:843696/1‑141 (MQ=255) aaTTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCtgatg > 1:523207/1‑141 (MQ=255) tttttGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTgatgat > 2:655359/1‑141 (MQ=255) gtttgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTAt > 1:829100/1‑141 (MQ=255) tgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTTTATCTTCACCAAAACCTCGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGc < 1:977546/141‑1 (MQ=255) tgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGc > 2:326980/1‑141 (MQ=255) tgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGc > 1:352103/1‑141 (MQ=255) tgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGc > 2:933651/1‑141 (MQ=255) tgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGc > 2:61276/1‑141 (MQ=255) aaaTTCGAGCATTATAACATGGATAATCACTTGGTATATCATCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCGTTTTTCAAATTTCTTACGGCCTAATCCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCtt > 1:733327/1‑141 (MQ=255) aGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTaa > 1:217801/1‑141 (MQ=255) gCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAg < 1:947358/141‑1 (MQ=255) ttAAAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCg < 1:231367/141‑1 (MQ=255) taAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGata < 2:717274/141‑1 (MQ=255) taAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGata < 2:138887/141‑1 (MQ=255) aaaTGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCATATTTTTTTCTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAATATGTTTTCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTATGTCGATAtt > 2:174224/1‑141 (MQ=255) tCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTTATTTTTCTTTCTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTAcc > 2:307973/1‑141 (MQ=255) tCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTAcc > 1:349895/1‑141 (MQ=255) cACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCa < 1:629455/141‑1 (MQ=255) cACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTATTGGCATGCCGTTTTCAAATTTCTTACTGCCTGATTCGAGTGCTTCTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCa < 1:376822/141‑1 (MQ=255) cTTGGTATATCTTTACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACt < 2:166690/141‑1 (MQ=255) gTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCat < 1:413982/141‑1 (MQ=255) cTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTg < 1:758485/141‑1 (MQ=255) ccAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACg < 1:418452/141‑1 (MQ=255) | GATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACG > USA300TCH1516_ALE/39541‑39808 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |