BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	USA300TCH1516_ALE	2,337,959	C→T	intergenic (‑125/‑283)	adhR ← / → USA300HOU_RS11940	HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	2,337,959	0	C	T	100.0%	412.9 / NA	122	intergenic (‑125/‑283)	adhR/USA300HOU_RS11940	HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (86/36); total (86/36)

Only 100 of 122 total aligned reads displayed.

TAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGA  >  USA300TCH1516_ALE/2337825‑2338096

tAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTAAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAAGATTTTATATTTCa                                                                                                                                     >  2:716336/1‑141 (MQ=255)

    tttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGt                                                                                                                                 >  1:420976/1‑141 (MQ=255)

      tCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATCTTTAATCAttt                                                                                                                               >  2:32625/1‑141 (MQ=255)

       cATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGtttt                                                                                                                              <  1:910406/141‑1 (MQ=255)

       cATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGtttt                                                                                                                              >  2:692128/1‑141 (MQ=255)

           gCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATTTTTCATAGTTTTTAAt                                                                                                                          >  1:359542/1‑141 (MQ=255)

                     tttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaaaa                                                                                                                >  1:23193/1‑141 (MQ=255)

                     tttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaaaa                                                                                                                >  2:590266/1‑141 (MQ=255)

                          gTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGt                                                                                                           >  1:753035/1‑141 (MQ=255)

                          gTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGt                                                                                                           >  1:207170/1‑141 (MQ=255)

                              tGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTATCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTTATTACTTTAAAAATTGTATaa                                                                                                       >  2:92690/1‑141 (MQ=255)

                                   ggTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTaa                                                                                                  >  2:684529/1‑141 (MQ=255)

                                      cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAata                                                                                               >  2:389513/1‑141 (MQ=255)

                                      cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAata                                                                                               >  1:478691/1‑141 (MQ=255)

                                        tttAAATTTATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTATGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt                                                                                             <  2:504803/139‑1 (MQ=255)

                                        tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt                                                                                             >  1:344642/1‑141 (MQ=255)

                                        tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt                                                                                             >  1:821104/1‑141 (MQ=255)

                                        tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt                                                                                             >  1:433125/1‑141 (MQ=255)

                                        tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt                                                                                             <  2:502438/141‑1 (MQ=255)

                                        tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt                                                                                             <  1:634326/141‑1 (MQ=255)

                                            aaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa                                                                                         >  2:922994/1‑141 (MQ=255)

                                                aaTGTTGACTTACATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATCTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGa                                                                                     <  2:735226/141‑1 (MQ=255)

                                                          tatataTTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACt                                                                           <  1:512546/141‑1 (MQ=255)

                                                            tatatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTTATCGTTTTTAATTACTTTAACAATGCTATGACCTCACTATCTAAAATCATATAATCCCtca                                                                         >  2:635504/1‑139 (MQ=255)

                                                               atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAt                                                                      >  1:975461/1‑141 (MQ=255)

                                                               atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAt                                                                      >  1:255976/1‑141 (MQ=255)

                                                               acggTCATCTTCGTTTGAATACTGCTTATTGTATTACTCAAATTTAAATTGGTCCCTTTGTTAAAATTTTATATTTCATCGTTTATATTAACGTTACAAATTTTATAACTGACATATTTAAAATGTATTAAGCACTGAGAt                                                                      >  2:787743/4‑141 (MQ=255)

                                                                ttGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTATTTACTTTAAGCTTTGTGTAATTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAtt                                                                     >  1:673136/1‑141 (MQ=255)

                                                                 tGTCATCTTCGTTTGAGTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTg                                                                    >  1:492864/1‑141 (MQ=255)

                                                                 tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTg                                                                    >  1:418332/1‑141 (MQ=255)

                                                                    cATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGata                                                                 >  1:279724/1‑141 (MQ=255)

                                                                      tCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTATTTCATCGATTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGGTTTTATCACATAGATTGttaat                                                               >  2:820090/1‑141 (MQ=255)

                                                                      tCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTATTTCCTTAAGATATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataat                                                               >  1:977289/1‑141 (MQ=255)

                                                                      tCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataat                                                               >  1:852860/1‑141 (MQ=255)

                                                                      tCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataat                                                               >  1:400043/1‑141 (MQ=255)

                                                                       cTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATAACTAAGATTGataata                                                              >  2:194204/1‑141 (MQ=255)

                                                                         tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                            >  1:898664/1‑141 (MQ=255)

                                                                         tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                            >  1:13261/1‑141 (MQ=255)

                                                                         tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                            >  1:13108/1‑141 (MQ=255)

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                                                                          cGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAttt                                                           >  1:692337/1‑141 (MQ=255)

                                                                          cGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAttt                                                           >  1:296152/1‑141 (MQ=255)

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                                                                           gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCCCTAAGATTGATAATATTTa                                                          >  1:203497/1‑141 (MQ=255)

                                                                           gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATATTTTTTa                                                          >  2:811159/1‑141 (MQ=255)

                                                                           gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                          >  1:245226/1‑141 (MQ=255)

                                                                           gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                          >  2:344304/1‑141 (MQ=255)

                                                                           gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                          >  1:782227/1‑141 (MQ=255)

                                                                            tttGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATGTAATCACTAAGATTGATAATATTTaa                                                         >  1:608849/1‑141 (MQ=255)

                                                                               gAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttt                                                      >  1:835651/1‑141 (MQ=255)

                                                                               gAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttt                                                      >  1:7654/1‑141 (MQ=255)

                                                                               gAATACTGCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTATTTTTTTTTTTATATCATCATATTTATTTATTTTAAAAAGGCCAGAACAAAAAGATTGAAAATGATTTATTCTCTTATATTGATTATATTTAGttt                                                      >  2:700909/1‑141 (MQ=255)

                                                                                aaTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAtttt                                                     >  2:382621/1‑141 (MQ=255)

                                                                                  tACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAtttttt                                                   >  1:279485/1‑141 (MQ=255)

                                                                                     ttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTCTTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTTAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATATTCCTTATGTTTGATAATATTTAAttttatatt                                                >  2:149226/1‑136 (MQ=255)

                                                                                     ttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTCATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTTATAATATTTAAttttttact                                                >  2:244781/1‑138 (MQ=255)

                                                                                     ttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGGTTGATAATATTTAATTTTTTGaa                                                >  2:111025/1‑141 (MQ=255)

                                                                                     ttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATAACTAAGATTGATATTATTTAATTTTTTTaa                                                >  2:591143/1‑141 (MQ=255)

                                                                                      tcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaa                                               <  2:515935/141‑1 (MQ=255)

                                                                                       ctaattttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaaa                                              >  2:913857/4‑141 (MQ=255)

                                                                                         tattttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAatt                                            >  1:839661/1‑141 (MQ=255)

                                                                                            tttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGTTAATATTTAATTTTTTGAAAattatt                                         >  1:367298/1‑141 (MQ=255)

                                                                                            tttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAattatt                                         >  1:7539/1‑141 (MQ=255)

                                                                                            tttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAattatt                                         >  1:574508/1‑141 (MQ=255)

                                                                                            tttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAattatt                                         >  1:396709/1‑141 (MQ=255)

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                                                                                                                     tctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCg                <  2:751368/141‑1 (MQ=255)

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                                                                                                                           ttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAt          >  2:811763/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                               taTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATCGTATAGCTTTAATATTTAAAATGGTATAATCGCTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTgg      <  2:350225/140‑1 (MQ=255)

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                                                                                                                                  tttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTTTTTATTTTTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAATTGGGTg   >  2:871450/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                   ttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa  <  1:549728/141‑1 (MQ=255)

TAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGA  >  USA300TCH1516_ALE/2337825‑2338096

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`