Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000731 | 25,663 | Δ1 bp | 100% | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 95.5% | 488.7 / 6.6 | 111 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/4); new base . (61/45); total (61/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.67e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAA > CP000731/25523‑25798 | tttgtatGTTATTTACACTCGTGCTTAAAGTTACAGGATTATCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTATATCAATATTCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATa < 2:142527/140‑1 (MQ=255) ttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaa > 1:149987/1‑141 (MQ=255) ttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATAAGACAAATaa > 2:235446/1‑141 (MQ=255) tGTTATTTACAGTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaat < 2:111572/141‑2 (MQ=255) gTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaata > 1:375447/1‑139 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTTTAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATAATACAAAT‑AAAAAATATAc > 1:31712/1‑141 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAc > 1:322719/1‑141 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAc > 2:57580/1‑141 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAATGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGCAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt > 2:219510/1‑141 (MQ=255) acacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTCTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCt > 2:247609/1‑141 (MQ=255) cacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGTATCTTGGTTTTCTCAATATACAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTCCAAAT‑AAAAAATACACATCTa > 1:152908/1‑141 (MQ=255) cacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTa > 2:113431/1‑141 (MQ=255) acTCGTGCTTACCTTTAAAGGTTTGTCACCAAGTACTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCGTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaa > 2:377617/1‑141 (MQ=255) tAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAg < 1:119263/141‑1 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTGACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAATGGt > 2:301255/1‑141 (MQ=255) gTGCTCAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGATGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt > 2:328393/1‑141 (MQ=255) cctAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTAATAAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AAATTACTTTATAGTTGTAGCACTATTTCTTATGATGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATACACATCTAAAGGTTaa > 2:11598/3‑141 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTGTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAACTCAAACTTaaa > 1:275710/1‑141 (MQ=255) tAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTTTTTATTTACTATACTATAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAt > 1:151244/1‑141 (MQ=255) tAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAt > 1:154334/1‑141 (MQ=255) tAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAt > 1:211023/1‑141 (MQ=255) taaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAtt < 2:67253/140‑1 (MQ=255) aaaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAtt < 2:268307/141‑1 (MQ=255) aaaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAtt < 1:232277/141‑1 (MQ=255) aaaTTTACAGGTATGTCATCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAtt < 2:209461/141‑1 (MQ=255) aTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCGCT‑TTAAGAGAACTCTCTATATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTaa < 1:110869/141‑1 (MQ=255) aTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTaa < 1:356697/141‑1 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 2:397374/1‑141 (MQ=255) gTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTATCATGGAAGGAATCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATAAATGAAAAAt < 1:289632/141‑1 (MQ=255) tGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGa > 1:256031/1‑141 (MQ=255) tGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAAAGa > 2:380864/1‑141 (MQ=255) tGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAAAGa > 2:199812/1‑141 (MQ=255) cACCAAGTATTGAAGGATCTTTGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAtt < 2:227834/141‑1 (MQ=255) tATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTCCAAGT‑ACAAAATAGACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAat > 1:254426/1‑141 (MQ=255) aTTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAata > 2:177304/1‑141 (MQ=255) tGAAGGATCTTGTTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata < 2:31706/141‑1 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata > 1:224616/1‑141 (MQ=255) aaGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa < 1:229841/141‑1 (MQ=255) aaGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAAA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa < 1:346357/141‑1 (MQ=255) aaGAATATTAGTTTTCTAAATATTCAAA‑AAAATTCTTAATAATGGTAGCAATATTTATCAAGATAGTGAATAACTATAGTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTAAAAATAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa < 2:240195/141‑1 (MQ=255) aGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATAAGAGAATATAGaa > 1:325893/1‑141 (MQ=255) ttGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGCAAAAAAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaa > 2:252038/1‑141 (MQ=255) tagTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGAAGAACTATATAATATGCTGTTTAATTACTATACAACAAAT‑AAAAAATATACATATAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTTGAGaaaaaaaaaaaaaaaa < 2:370594/139‑1 (MQ=255) tGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATGGAAAACaaaa > 2:39891/1‑141 (MQ=255) tGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaa < 1:48344/141‑1 (MQ=255) tGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAAAAAACaaaa < 2:17366/141‑1 (MQ=255) tGGATTTATAAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATGTTAGAACTATTACTTAAAAAGAGAAAGGTGTATACTACAACT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaa > 2:281437/1‑141 (MQ=255) gTTTTCTAAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg < 2:363355/141‑1 (MQ=255) tttCTCAATATACAGA‑AATTTTATTAATAATAGAAGCACAAATTCTTATGCTGTTGAATTACTATAAAACAAAT‑AAAAAATATACATCAAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGa < 2:22209/141‑1 (MQ=255) ttCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGaa < 1:203787/141‑1 (MQ=255) gtatCGAGA‑GAGTTTGTTTATAAGTGGAGCAGTGTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATAGACATCTAAAGGTTAAAGTAATGAAAAATAGAATGAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtcgc < 2:213733/140‑3 (MQ=255) atatCCAGA‑AAGTATAATAATAATAAAAGCAGTATTTCTTATGCTGTTTAATTACGAAACTACAAA‑GAAAAAATATACAACAAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTtctc < 2:338563/141‑1 (MQ=255) tatCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGACAACAAAAAGGAATTTCTCa > 1:224193/1‑141 (MQ=255) tatCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATAAAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa < 2:149987/141‑1 (MQ=255) tCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTAATATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAg < 1:388086/141‑1 (MQ=255) ccAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGa < 2:306573/141‑1 (MQ=255) cAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaa > 2:378457/1‑141 (MQ=255) aGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGTATTACTCAAGaaa > 2:287604/1‑141 (MQ=255) a‑aaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAAAGAATTAGAAAATATAGAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt > 2:348072/1‑141 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGt > 1:96921/1‑141 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGt > 1:294646/1‑141 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGt > 2:18160/1‑141 (MQ=255) ataATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGa < 1:202337/141‑1 (MQ=255) ataATTGTAGCACTATTTCTTACGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAACCACCATTATCACAAGAAACTTTAAGTAAAGa < 1:395506/141‑1 (MQ=255) aaTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAGGAAACTTTAAGTAAAGAAt < 1:219510/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGCCCTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 1:33929/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 1:261943/141‑1 (MQ=255) tGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaa > 2:265121/1‑141 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa > 2:341998/1‑141 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa > 2:211928/1‑141 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa < 1:247609/141‑1 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACATTAAGTAAAGAATTaaa > 1:29472/1‑141 (MQ=255) aGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATGAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAg > 1:251176/1‑141 (MQ=255) gCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTGTAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTGAAGTAAAGAATTAATAgt > 1:324677/1‑141 (MQ=255) gCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTAATATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgt < 1:241977/141‑1 (MQ=255) ctcTATTGCTTTTGCTGTTATATCATTAGACAACAAAT‑AAAAAATATACAGCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAGAgtg < 2:77321/139‑1 (MQ=255) cACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAA‑AAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAATAAAAAAAAATAGAATTAGAGAAGATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtg < 2:22225/141‑1 (MQ=255) aCTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtgt < 1:57580/141‑1 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAA‑AAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAATCTTTAAGTACAGAATTAAAAGTGTc < 1:199812/141‑1 (MQ=255) atATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACAACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAAAAAAAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 2:310421/140‑1 (MQ=255) aTTTCGTATGTGGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTa < 2:188116/141‑1 (MQ=255) ttATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaa < 1:18160/141‑1 (MQ=255) ttATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaa > 1:4616/1‑141 (MQ=255) tATGCTGTTTAATTACTATACTTCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa > 2:36451/1‑141 (MQ=255) tcTGTTTAATTACTATACTA‑AAAAAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATAAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTa < 1:183754/140‑1 (MQ=255) gTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTa > 1:119283/1‑141 (MQ=255) gTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTa > 1:247130/1‑141 (MQ=255) tttAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTaa > 2:224792/1‑141 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGAGCCTAGGCAAACCATTAAtac > 2:13327/1‑139 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTAAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTATAGGCAAACTAGTAATGc > 1:149280/1‑141 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATAAAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc < 1:352173/141‑1 (MQ=255) aTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTACAAGTGTCTAGGCAAACTATTACTGCa > 2:236611/1‑141 (MQ=255) ttACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa > 1:102726/1‑141 (MQ=255) ttACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa < 1:341705/141‑1 (MQ=255) tactatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAAt > 1:146941/1‑141 (MQ=255) tactatacta‑AAAAAAAAAAAAATAAAGCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAAAAGAAAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAAt < 1:277774/141‑1 (MQ=255) ctatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAg > 1:383126/1‑141 (MQ=255) atactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTCAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaa > 1:135061/1‑141 (MQ=255) actacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaaa > 1:131493/1‑141 (MQ=255) acAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaa > 1:80692/1‑141 (MQ=255) | ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGA‑AATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAA > CP000731/25523‑25798 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |