Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 2,337,959 C→T 100% intergenic (‑125/‑283) adhR ← / → USA300HOU_RS11940 HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE2,337,9590CT100.0% 117.1 / NA 38intergenic (‑125/‑283)adhR/USA300HOU_RS11940HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (23/15);  total (23/15)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

ACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTG  >  USA300TCH1516_ALE/2337839‑2338095
                                                                                                                        |                                                                                                                                        
aCTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTTTATTTCATCGTTTTTAATTat                                                                                                                      >  2:314508/1‑140 (MQ=255)
aCTATCCTTTCAGTTATGATTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTAATATATTGTCATCTACGTTTGAATACTTCTTATCTTATTACTCAAATTTAAATTCGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATGGTTGTTCATTaa                                                                                                                      >  2:354689/1‑140 (MQ=255)
 ttATCCTTTCAGTTATGGTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTTCTCAAATTTATATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACt                                                                                                                     <  2:156379/140‑1 (MQ=255)
 cTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACt                                                                                                                     <  1:69389/141‑1 (MQ=255)
    tCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTTTTTTATTACTCAAATTTACATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTCTATTTCATCGTTTTTACTTACtttt                                                                                                                  >  2:113267/1‑140 (MQ=255)
                   ttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATATTAGTTTGAATACTTCTTATGTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGCTTTTAACTACTTTTACCACTGTATAACtt                                                                                                   >  1:335501/1‑141 (MQ=255)
                    tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa                                                                                                  <  1:228067/141‑1 (MQ=255)
                    tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa                                                                                                  <  1:327329/141‑1 (MQ=255)
                      gtcgtcTAAAGTAATGTTGTTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTaaa                                                                                                <  2:159854/141‑1 (MQ=255)
                              aaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa                                                                                        >  1:394694/1‑141 (MQ=255)
                                 tAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATg                                                                                     >  1:196589/1‑141 (MQ=255)
                                   aTGTTTCTTTATATATTGTCATCTTTGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAATTTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGat                                                                                   <  2:127721/141‑1 (MQ=255)
                                     gTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGatat                                                                                 <  2:394694/141‑1 (MQ=255)
                                     gTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGatat                                                                                 >  1:78227/1‑141 (MQ=255)
                                               atatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAg                                                                       >  1:261824/1‑141 (MQ=255)
                                                 atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATCTTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAt                                                                     >  2:178743/1‑141 (MQ=255)
                                                       aTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataa                                                               >  2:335555/1‑141 (MQ=255)
                                                       aTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataa                                                               >  1:167160/1‑141 (MQ=255)
                                                          ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat                                                            >  1:338040/1‑141 (MQ=255)
                                                           tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                           <  1:75810/141‑1 (MQ=255)
                                                           tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                           >  2:21980/1‑141 (MQ=255)
                                                             gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAAATTAAATATTTAAACTGATATAATCACTCAGAATGATAATATTTa                                                         >  2:68717/1‑141 (MQ=255)
                                                                tGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAtt                                                      >  1:144980/1‑141 (MQ=255)
                                                                tGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAAAATGATAATATTTAAtt                                                      >  1:88841/1‑141 (MQ=255)
                                                                      cttcttATTTTATTACTCAAATTTAATTTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGa                                                <  2:368342/141‑1 (MQ=255)
                                                                        tcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaa                                              >  2:76775/1‑141 (MQ=255)
                                                                               ttattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATATCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttt                                       >  2:212675/1‑141 (MQ=255)
                                                                                 attaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTGGGATGCCATAATTGCGAAGATTAATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttttg                                     >  1:288014/1‑140 (MQ=255)
                                                                                      tCAATTCTAAATTTGTCTCTTTGTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTCATTACTTCAAAAATTGTATAACTTAAATACTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc                                <  1:89206/141‑1 (MQ=255)
                                                                                            ttaattttGTTTTTTTTTTAACATTTTATTTTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTGAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtttt                          <  2:75356/141‑1 (MQ=255)
                                                                                               aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATTTTTAATTTTTTAAAAATTATTGTAGTTGCATTTTTTgg                       >  2:92695/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                atttGTCTCTTTTTTAACATTTTATAGTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATGATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTggg                      <  1:243766/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                  ttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTg                    >  1:140680/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                     tctcTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATg                 <  1:236801/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                        ctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg              <  1:67376/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                   ttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGt   >  1:339742/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                   ttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGt   >  1:339728/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    tttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTg  <  2:307654/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        |                                                                                                                                        
ACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTG  >  USA300TCH1516_ALE/2337839‑2338095

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑