| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 181,636 | T→C | 11.4% | F110F (TTT→TTC) | vatD → | Streptogramin A acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 181,636 | 0 | T | C | 11.4% | 84.3 / 4.7 | 35 | F110F (TTT→TTC) | vatD | Streptogramin A acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/15); new base C (2/2); total (18/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
ATAATGTAGAAGTAGGAAGATATTGTTCGATATCTTCGGATGTAAAAATTGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGTTTAACAATAAATACTGGTGCAGTCATAGCAGCCGGCTCAGTTGTTACTAAAAATGTA > USA300TCH1516_ALE/181500‑181774 | ataatGTAGAAGTAGGAAGATATTGTTCGATATCTTCGGATGTAAAAATTGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAg > 1:262315/1‑141 (MQ=255) aGTAGGAAGATATTGTTCGATATCTTCGGATGTAAAAATTGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGa > 2:237523/1‑141 (MQ=255) aGGAAGATATTGTTCGATATCTTCGGATGTAAAAATTGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGacca < 2:234032/141‑1 (MQ=255) ggAAGATATTGTTCGATATCTTCGGATGTAAAAATTGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATCacaaa > 2:398825/1‑141 (MQ=255) tGTTCGATATCTTCGGATGTAAACATGGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCACCCAAGccat > 1:164056/1‑139 (MQ=255) tCTTCGGATGTAAAAATTGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTAcaacaaat > 2:105332/1‑139 (MQ=255) cGGATGTAAAAATTGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTaaaa < 1:103073/141‑1 (MQ=255) aaaTTGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGAtgtgt < 1:131204/141‑1 (MQ=255) aaaTTGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAAGTAAAAATGAtgtgt < 1:260605/141‑1 (MQ=255) aaTTGGGTTAGGAATACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATATTAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGAtgtgtg < 2:260693/141‑1 (MQ=255) aaTTGGATTAGGAAACCATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGAtgtgtg < 2:58492/141‑1 (MQ=255) gggTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGAtt < 2:52381/141‑1 (MQ=255) agaaaaaCATCCTACACACTTTTTCACAACAGCACCGAACTTTTATTCTAATAAAAATCCAGTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGc < 2:82340/138‑1 (MQ=255) cATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTCATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTa > 2:298408/1‑141 (MQ=255) cATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTCATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTa > 2:166299/1‑141 (MQ=255) tcgtACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAat < 1:246389/138‑1 (MQ=255) tACACACTTTTTTAGCTCATCAACGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAattat < 1:86268/141‑1 (MQ=255) cacacTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAAttatta > 2:230463/1‑141 (MQ=255) acTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTatgg < 1:338079/141‑1 (MQ=255) tttttAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTatggatg < 2:24853/141‑1 (MQ=255) tttAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGt > 1:22365/1‑141 (MQ=255) ttAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGAGGTGTAGATTGGTGCCAGTGTAATTATTatgagtgggt > 1:84453/1‑134 (MQ=255) cTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGTTTAAc < 1:201649/141‑1 (MQ=255) ccGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAGAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTCATTGTCGTGGAAGGTTTAACcataaaa > 2:238323/1‑140 (MQ=255) aTTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATATGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGTTTAACAATAAATACt < 2:294027/141‑1 (MQ=255) aTTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTCATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGTTTAACAATAAATACt < 1:298408/141‑1 (MQ=255) aTTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTCATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGTTTAACAATAAATACt < 1:166299/141‑1 (MQ=255) taataataaTCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGTTTAACAATAAATACTGGTGCAGTCAt > 1:398428/1‑141 (MQ=255) aataataatCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAACTGCAATTATTATGGATGGTTTACCAATAAATACTGGTGCAgctcat > 2:97842/1‑136 (MQ=255) aatCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGTTTAACAATAAATACTGGTGCAGTCATAGCAGcc > 1:35481/1‑141 (MQ=255) tttAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGTTTAACAATAAATACTGGTGCAGTCATAGCAGCCGGCTCa > 2:214059/1‑141 (MQ=255) aCATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTCAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGTTTAACAATAAATACTGGTGCAGTCATAGCAGCCGGCTCAgttg > 1:196953/1‑141 (MQ=255) aCATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGTTTAACAATAAATACTGGTGCAGTCATAGCAGCCGGCTAAgttg > 2:201925/1‑141 (MQ=255) cATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGTTTAACAATAAATACTGGTGCAGTCATAGCAGCCGGCGCAggtgt > 1:59359/1‑141 (MQ=255) aaGGTTAAAGACTTTAAGTCCCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGTTTAACAATAAATACTGGTGCAGTCATAGCAGCCGGCTCAGTTGTTACTAAAAAt < 2:160703/141‑1 (MQ=255) tttATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATAATGGATGGTTTAACAATAAATACTGGTGCAGTCATAGCAGCCGGCTCAGTTGTTACTAAAAATGTa > 2:297069/1‑141 (MQ=255) | ATAATGTAGAAGTAGGAAGATATTGTTCGATATCTTCGGATGTAAAAATTGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGTTTAACAATAAATACTGGTGCAGTCATAGCAGCCGGCTCAGTTGTTACTAAAAATGTA > USA300TCH1516_ALE/181500‑181774 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |