| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | A→G | 52.9% | intergenic (+711/‑6052) | recR → / → speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | 0 | A | G | 52.9% | ‑1.7 / 83.2 | 68 | intergenic (+711/‑6052) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/12); new base G (22/14); total (42/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
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1:6710‑M1/43‑141 (MQ=255) tttaatcaaattttgggtaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAACTCTTGTCG‑GTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt > 2:208051‑M1/42‑141 (MQ=255) actTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCG‑GTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc > 2:336159/1‑141 (MQ=255) ctTAAGCAATAACTTGAATTACTAACGAAGATCAATTTTGAAAAGTTATTGACGTAAATGTTAATAAAATGTATAATAAATTCTTGTCGAGGAACAAGAA‑GAACATCGAAAACTGAATGGCAATATGAACAAGTTAATTcc > 2:187427/1‑141 (MQ=255) tAAGAAATAACTAGAATCACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCG‑GTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa < 1:42772/141‑1 (MQ=255) aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCG‑GTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa > 2:39061/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |