Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,279,705 | G→A | A943V (GCA→GTA) | ebh_3 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,279,705 | 0 | G | A | 98.0% | 456.6 / NA | 149 | A943V (GCA→GTA) | ebh_3 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (61/85); total (63/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TCAGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGCATCAT > USA300TCH1516_ALE/2279564‑2279849 | tCAGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCCTCAGTTGCTGATGTTGCtgttgt > 2:1159320/1‑149 (MQ=255) cAGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTgttgtt > 1:858760/1‑149 (MQ=255) cAGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACGgttgtt > 1:406309/1‑149 (MQ=255) cAGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATGGTGTTCAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTgttgtt > 1:1260075/1‑149 (MQ=255) ttGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTCTTGGTTTCACT‑GTAAAGTCCTCGACCATTGCTGGACTGCTTCTTGCTTCATCGACAATACTAACGGTGGTATCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCa < 1:1327171/149‑1 (MQ=255) tgtgCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCAc < 2:773618/149‑1 (MQ=255) tgtgCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCAc > 1:836250/1‑149 (MQ=255) tgCCGTTATTAGTTGATTCTACTACTGGTTT‑ACGAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCt > 1:671054/1‑149 (MQ=255) 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ttGATTCTTCGTCGTGTTT‑ACTGGTTACAGCGTTATCCGTTGTCGGACTGTTTGTTGATTCATCTACACTAGAATTGTGATTAGCTTGCGGTTGATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa < 2:884808/149‑1 (MQ=255) ttGATTCTGCTTCTGTTTT‑ACTAGTTTCATCGTTATCCCTTGTCGGAGTGTTTGTTGATGCATCTACTCTAGAATTGTTATTAGCTTGCTGTTTTTCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa < 2:379215/149‑1 (MQ=255) ttGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa < 2:808379/149‑1 (MQ=255) ttGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa < 1:1045567/149‑1 (MQ=255) ttGATTCTACCTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa < 1:633325/149‑1 (MQ=255) tggATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa < 2:1325725/147‑1 (MQ=255) gtGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCTTTGTCGGACTGTTTGTTGATGTATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa < 2:641842/148‑1 (MQ=255) tGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCTCCTGTTGCCGCATCAc > 1:144099/1‑149 (MQ=255) tGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCAc > 2:180335/1‑149 (MQ=255) gATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACt < 1:721468/149‑1 (MQ=255) 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ttaTGTTACTGTTGGTTCACCTGTGGCCGCATCACTTTTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCTTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcat < 2:595083/147‑1 (MQ=255) tGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcat < 2:829857/149‑1 (MQ=255) tGATGTTACTGTTGTTTCGTCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcat < 2:540935/149‑1 (MQ=255) tGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCATTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcat < 1:848039/149‑1 (MQ=255) tGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCCAAAGAATCTGGGTTTGCTGTTGcat < 2:959143/149‑1 (MQ=255) 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tGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcatcat > 2:1051424/1‑149 (MQ=255) tGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcatcat < 2:1059423/149‑1 (MQ=255) | TCAGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGCATCAT > USA300TCH1516_ALE/2279564‑2279849 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |