| Predicted mutation | ||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,343,438 | C→T | intergenic (+114/+250) | USA300HOU_RS11955 → / ← aldC_1 | 65 kDa membrane protein/Alpha‑acetolactate decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,343,438 | 0 | C | T | 99.2% | 413.2 / NA | 125 | intergenic (+114/+250) | USA300HOU_RS11955/aldC_1 | 65 kDa membrane protein/Alpha‑acetolactate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (54/70); minor base A (0/1); total (54/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CAAACAGATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTAATTATAA > USA300TCH1516_ALE/2343297‑2343578 | cAAACAGATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATGGTa > 1:1247911/1‑149 (MQ=255) aTACAAATTGTATCTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCTTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTta < 2:1056422/149‑1 (MQ=255) aTACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTCTTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTta < 1:1269097/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |