| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 4294 = | 4 (0.950) | 75 (0.050) | 29/254 | 0.0 | 6.1% | intergenic (+259/‑206) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0006/cadR | hypothetical protein/cadmium binding protein |
| ? | NC_012417 | 2073 = | 2319 (0.840) | intergenic (+306/+20) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
TTTGAAGATTTTTCGTAGATATAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAG > CP000731/4154‑4434 | aacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataacaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgct > 1:810757‑M1/141‑141 (MQ=255)aacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttccagactatttattccaattgct < 3:3804‑M1/1‑1 (MQ=255)aacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgct < 1:223904‑M1/1‑1 (MQ=255)aacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaaatgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgct > 1:349153‑M1/141‑141 (MQ=255) 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1:617394‑M1/140‑141 (MQ=255) cttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcttt > 3:136510‑M1/139‑141 (MQ=255) ttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttatatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTa > 2:885226‑M1/138‑141 (MQ=255) ttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTa < 1:992982‑M1/4‑1 (MQ=255) ttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTa < 1:1008937‑M1/4‑1 (MQ=255) ttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTa > 2:701874‑M1/138‑141 (MQ=255) 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1:286988‑M1/4‑1 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTAt < 2:536212‑M1/5‑1 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTAt > 3:185044‑M1/137‑141 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTAt > 2:16049‑M1/137‑141 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTAt < 4:403351‑M1/5‑1 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTAt < 4:339180‑M1/5‑1 (MQ=255) 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2:9682‑M1/137‑141 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTAt < 3:163107‑M1/5‑1 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTAt > 1:929413‑M1/137‑141 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttagcaggatgtggaatgtcatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTAt < 1:1024484‑M1/5‑1 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaatggggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattctaattgcTTTAt < 4:311275‑M1/5‑1 (MQ=255) aaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaagnatgtncaatgtantcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTAt > 4:378578‑M1/137‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |