New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1205323 | 94 (0.750) | 59 (0.660) +AGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAG |
16/194 | 6.9 | 46.6% | intergenic (‑204/‑365) | USA300HOU_RS15290/lspA | hypothetical protein/Lipoprotein signal peptidase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1443739 | NA (NA) | intergenic (‑312/+41) | USA300TCH1516_01342/brnQ_3 | hypothetical protein/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
TCGAAGACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTGGGAACCACTCTAAA > USA300TCH1516_ALE/1443623‑1443876 | tCGAAGACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACTAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAAcc < 1:922543/141‑1 (MQ=17) tCGAAGACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAAcc < 1:116663/141‑1 (MQ=32) tCGAAGACCGACGCCTTTACTGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAAcc < 1:574792/141‑1 (MQ=11) cGAAGACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACct < 1:581345/141‑1 (MQ=32) aaGACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACctct > 4:188529/1‑141 (MQ=33) aaGACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACctct < 2:436598/141‑1 (MQ=34) aGACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCtt > 1:337354/1‑141 (MQ=35) gACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTtttt > 4:113283/1‑141 (MQ=17) gACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTtttt > 2:622038/1‑141 (MQ=17) gACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCttt > 4:19221/1‑141 (MQ=34) gACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCttt > 2:173529/1‑141 (MQ=35) gACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCttt < 4:135013/141‑1 (MQ=35) aGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTatat < 1:637424/141‑1 (MQ=35) gagaCGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTc > 1:593415/1‑141 (MQ=40) gagaCGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTc > 1:593469/1‑141 (MQ=39) agaCGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCg < 2:642337/141‑1 (MQ=40) cGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTa > 2:218852/1‑141 (MQ=255) ggCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTAt < 4:369448/141‑1 (MQ=255) gCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTAtt < 2:1071/141‑1 (MQ=255) cccTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCt > 2:187672/1‑141 (MQ=255) ccTAGGAAAGCGAGGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTg < 1:555753/141‑1 (MQ=255) ggAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGa > 3:268418/1‑141 (MQ=255) aaGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGatat > 1:400537/1‑141 (MQ=255) aGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATAtt < 1:67392/141‑1 (MQ=255) gCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTg > 4:92401/1‑141 (MQ=255) gCCATTCAATACGAAGTATCGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTg > 2:869498/1‑141 (MQ=255) ccATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTgg < 3:77638/141‑1 (MQ=255) cAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCtt > 1:872951/1‑141 (MQ=255) cAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCtt > 1:290757/1‑141 (MQ=255) aTACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGt < 2:1015258/141‑1 (MQ=255) aCGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGttt > 2:699200/1‑141 (MQ=255) aCGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGttt > 2:340162/1‑141 (MQ=255) cGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGtttt < 1:699200/141‑1 (MQ=255) ttcgTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTa > 2:194512/4‑141 (MQ=255) aaGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTAc < 1:828799/141‑1 (MQ=255) aaGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTGTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTTAGTGTTTCTTGTTTTAc > 4:86207/1‑141 (MQ=18) aTTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAat < 2:948080/141‑1 (MQ=255) ttGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAata < 2:305845/141‑1 (MQ=255) tGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAatat > 1:494765/1‑141 (MQ=255) gTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTATTGTTTTATGTTCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTTTTGTTATTTATTTGTATCTTGTTTTACTAatatt > 2:218063/1‑140 (MQ=18) aaaTAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGATTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGa > 2:768877/1‑141 (MQ=255) agaACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTATTGTTTTCTGTCCCAACCTCTTTTATATTATTAGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAAAt > 4:428023/1‑141 (MQ=25) agaACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGAt > 2:949872/1‑141 (MQ=255) agaACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGAt > 1:52623/1‑141 (MQ=255) gaACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATa > 1:368807/1‑141 (MQ=255) aCAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGc < 1:512310/141‑1 (MQ=255) agcagTAAGACA‑ATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCt > 2:906623/1‑141 (MQ=37) agcagTAAGA‑TAATTTTC‑AATT‑AGAAAATATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCt > 1:893617/1‑141 (MQ=37) agcagTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCt > 2:633295/1‑141 (MQ=255) agcagTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCt < 2:442963/141‑1 (MQ=255) agTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGTTTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCTACTAGATAGCATAat > 2:547051/1‑141 (MQ=255) gTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAata > 4:186060/1‑141 (MQ=255) ttttCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCa > 1:784162/1‑141 (MQ=255) ttCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCAAATATCGTTGCaat > 3:254442/1‑141 (MQ=255) tAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCaataat > 1:104872/1‑141 (MQ=255) tttcagtaaTTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAAtt < 2:1009594/134‑1 (MQ=255) tt‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGc < 2:917029/141‑1 (MQ=255) gAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTa > 3:55001/1‑141 (MQ=255) aaTTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTg > 2:946497/1‑141 (MQ=255) aTTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTgg > 1:471346/1‑141 (MQ=255) ttATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTggg < 4:407498/141‑1 (MQ=255) tATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTGGGa < 4:420036/141‑1 (MQ=255) aTCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCTGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTTGGaa > 2:530205/1‑141 (MQ=255) aTCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTGGGaa < 2:337354/141‑1 (MQ=255) aTCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTGGGaa > 1:85988/1‑141 (MQ=255) tCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTGTGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTGGGAAc < 3:291592/141‑1 (MQ=255) tCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTGGGAAc < 1:499331/141‑1 (MQ=255) tCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTGGGAAc < 1:254418/141‑1 (MQ=255) tCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTGGGAAc > 2:433942/1‑141 (MQ=255) cTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTGGGAAcc > 1:712490/1‑141 (MQ=255) tACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATTTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTGAATTGGATCTTGTTTTACAAATATTCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTGGGAACCAc < 1:922589/141‑1 (MQ=255) aCTGCTGTTTTTTTAGGGTTTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTGGGAACCAct > 2:633239/1‑141 (MQ=255) gctgTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTGGGAACCACTCTa < 2:494765/141‑1 (MQ=255) tgTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTGGGAACCACTCTaaa < 2:1005303/141‑1 (MQ=255) | TCGAAGACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGA‑T‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTTTTTTAGGGATTTATGTCCCAACCTCTTTTATATTATTCGTTATTCCTGTTGATATTTAATTGGATCTTGTTTTACAAATATGCCGACTAGATAGCCTAATATCGTTGCAATAATTGCTACTGGGAACCACTCTAAA > USA300TCH1516_ALE/1443623‑1443876 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |