| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,232,052 | G→T | D233Y (GAT→TAT) | stp → | Serine/threonine phosphatase stp |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,232,052 | 0 | G | T | 94.6% | 358.3 / 11.9 | 112 | D233Y (GAT→TAT) | stp | Serine/threonine phosphatase stp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/5); new base T (45/61); total (46/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TATTTATTATTAAATTCAGATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAAGATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGTTTATCTTGCTGAAGATACGAT > USA300TCH1516_ALE/1231917‑1232187 | tatttattATTAAATTCAGATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAAc < 3:58614/141‑1 (MQ=255) atttattATTAAATTCAGATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACg < 2:42999/141‑1 (MQ=255) tttattATTAAATTCAGATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATaaagc < 2:574128/141‑4 (MQ=255) attaAATTCAGATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACttt > 1:532380/1‑141 (MQ=255) ttaAATTCAGATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTc < 2:893309/141‑1 (MQ=255) ttaAAGTCAGATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTGTGTTAGTAACAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTGATGCAATTGGCATTAGATACCCATTCGAAGTATAACGTTACCTTc < 2:170749/141‑1 (MQ=255) aaaTTCAGATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCAt > 2:603162/1‑141 (MQ=255) aaaTTCAGATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCAt < 4:171678/141‑1 (MQ=255) aaaTTCAGATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCAt < 4:323815/141‑1 (MQ=255) aaTTCAGATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATa > 2:681448/1‑141 (MQ=255) aTTCAGATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATAc > 1:714469/1‑141 (MQ=255) aGATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTcgc < 1:198353/141‑1 (MQ=255) gATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTcgcg > 2:99647/1‑141 (MQ=255) gATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTcgcg < 1:753039/141‑1 (MQ=255) gATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTcgcg > 1:565739/1‑141 (MQ=255) gATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAAGATAACGTTACTTTCATACTcgcg < 4:121662/141‑1 (MQ=255) aTGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCgg < 1:533460/141‑1 (MQ=255) tGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGc < 1:176717/141‑1 (MQ=255) tGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAAGATAACGTTACTTTCATACTCGCGGc < 1:334442/141‑1 (MQ=255) ggATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCt > 1:272563/1‑141 (MQ=255) ggATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCt < 1:739440/141‑1 (MQ=255) ggATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCt > 2:504857/1‑141 (MQ=255) gATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTa < 2:895364/141‑1 (MQ=255) gATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTa < 2:243489/141‑1 (MQ=255) tGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAgg < 1:628302/141‑1 (MQ=255) gATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGt > 2:1009456/1‑141 (MQ=255) gATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGt < 2:463863/141‑1 (MQ=255) aaTTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGAACATGGTGATCAATTAATGCCATTGGCATTAGATAACCATGCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAAGt < 4:172677/140‑1 (MQ=255) aTTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTg < 4:417698/141‑1 (MQ=255) ttATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGa < 3:132025/141‑1 (MQ=255) tATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGAt < 3:152546/141‑1 (MQ=255) aTGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATa < 2:272563/141‑1 (MQ=255) aTGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATa < 2:677881/141‑1 (MQ=255) aTGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATa < 1:504857/141‑1 (MQ=255) gTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATaaa > 3:201347/1‑141 (MQ=255) gTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATaaa > 3:315551/1‑141 (MQ=255) gTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATaaa > 2:932600/1‑141 (MQ=255) ttAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAg > 1:777889/1‑141 (MQ=255) tAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGAGCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGt < 1:65863/141‑1 (MQ=255) aaaGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTa > 1:435674/1‑141 (MQ=255) aGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATg > 1:633642/1‑141 (MQ=255) aCAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGAt < 4:410453/141‑1 (MQ=255) aTGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAgg > 4:418150/1‑141 (MQ=255) aTTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTAAAATAAAAGAACATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTaaaa < 2:464532/141‑1 (MQ=255) tAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAaata < 4:228010/141‑1 (MQ=255) aaGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAaataa < 1:872767/141‑1 (MQ=255) aGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCgg > 1:552190/1‑105 (MQ=255) aGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCgg < 2:552190/105‑1 (MQ=255) aGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAaataat < 1:981789/141‑1 (MQ=255) tAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACg < 1:304023/141‑1 (MQ=255) aGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGa < 1:804656/141‑1 (MQ=255) aGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGa < 2:797339/141‑1 (MQ=255) aaaaGAAGGAACCACAGATGTTCATGGTACACCATCAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAAGATAACGTTAATTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGCTATAGTCTGATAGGTAAACTAATACATGAACGatat < 2:616638/141‑1 (MQ=255) aaaGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGAtata < 2:364910/141‑1 (MQ=255) agaagGTACAATAGAAGATCATGGTGCTCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATaaa > 2:730058/1‑141 (MQ=255) agaagGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATaaa > 4:182601/1‑141 (MQ=255) agaagGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATaaa < 1:681448/141‑1 (MQ=255) agGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAAtt > 1:1025618/1‑141 (MQ=255) aTAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAATGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATa > 2:858740/1‑141 (MQ=255) tAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATaa > 1:291351/1‑141 (MQ=255) agaagaTCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAg > 1:899188/1‑141 (MQ=255) aagaTCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCt < 2:661937/141‑1 (MQ=255) aagaTCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCt < 1:450946/141‑1 (MQ=255) agaTCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCtt < 1:396195/141‑1 (MQ=255) gaTCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTg < 2:596407/141‑1 (MQ=255) gaTCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAAGATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTg < 1:441396/141‑1 (MQ=255) aTCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTgg < 3:418150/141‑1 (MQ=255) tCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTTGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATTCTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGGTATAAAATTGTAGATAAGCTTggc > 4:378379/1‑141 (MQ=255) tCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGAAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTggc > 2:134863/1‑141 (MQ=255) aTGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTggcgg > 2:561167/1‑141 (MQ=255) aTGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAAGATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTggcgg < 1:215439/141‑1 (MQ=255) ggTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGgcggcg < 3:419092/141‑1 (MQ=255) aTTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATg > 1:878799/1‑141 (MQ=255) aTTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATg > 1:878952/1‑141 (MQ=255) ttAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGa > 1:1008313/1‑141 (MQ=255) tAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAg < 1:274660/141‑1 (MQ=255) tAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAg > 1:518757/1‑141 (MQ=255) aaTGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGt < 2:260200/141‑1 (MQ=255) tGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTAc < 2:727396/141‑1 (MQ=255) tGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTAc > 3:351119/1‑141 (MQ=255) cAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCg < 2:236730/141‑1 (MQ=255) aaTTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGt < 2:344725/141‑1 (MQ=255) aaTTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGt > 1:108099/1‑141 (MQ=255) aTTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGtt > 2:964619/1‑141 (MQ=255) aTTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGtt < 1:989732/141‑1 (MQ=255) aTTGGCATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGtt < 2:144260/141‑1 (MQ=255) cATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATTTGTTGTAAAATAATAAATAAACGATATAAAAGTTTAGATAAGCTGTGCGGCGGTGGCATGAGTACCGTTTATCt > 1:517202/1‑141 (MQ=255) cATTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGTTTATCt > 1:412768/1‑141 (MQ=255) aTTAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGTTTATCtt < 2:1014584/141‑1 (MQ=255) tAGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGTTGATAAAGTATGATAAGTAAAATAATACATGAACGATATAAAATCGTAGATAAGCTTGGAGAAGGTAAAATGAGTAACGTCTATCTTGc > 4:194057/1‑141 (MQ=255) aGATAACCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGATATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAATGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGTTTATCTTGCt < 4:438051/141‑1 (MQ=255) aaCCATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGTTTATCTTGCTGAAg > 1:578341/1‑141 (MQ=255) aaCCATACGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCAATTGAAGGAGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGTTTATCTTGCTGAAg > 2:853003/1‑141 (MQ=255) ccATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGTTTATCTTGCTGAAgat < 4:339593/141‑1 (MQ=255) ccATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGTTTATCTTGCTGAAgat > 1:365918/1‑141 (MQ=255) ccATTCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGCTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTAGCATGAGTACCGTTTATCTTGCTGAAgat > 4:412431/1‑141 (MQ=255) ttCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATaa > 4:144911/1‑95 (MQ=255) ttCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATaa < 3:144911/95‑1 (MQ=255) ttCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGTTTATCTTGCTGAAgatacg < 3:26883/141‑1 (MQ=255) tCGAAATATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGTTTATCTTGCTGAAgatacga < 2:145696/141‑1 (MQ=255) | TATTTATTATTAAATTCAGATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTTGTTAGTAAAAGAAGGTACAATAGAAGATCATGGTGATCAATTAATGCAATTGGCATTAGATAACCATTCGAAAGATAACGTTACTTTCATACTCGCGGCTATTGAAGGTGATAAAGTATGATAGGTAAAATAATAAATGAACGATATAAAATTGTAGATAAGCTTGGCGGCGGTGGCATGAGTACCGTTTATCTTGCTGAAGATACGAT > USA300TCH1516_ALE/1231917‑1232187 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |