| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,398,333 | G→A | Y101Y (TAC→TAT) | msrA1 ← | Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,398,333 | 0 | G | A | 97.3% | 373.3 / ‑0.4 | 113 | Y101Y (TAC→TAT) | msrA1 | Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (49/60); total (51/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
ATCTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTGTAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATATTGAATTTCAACAG > USA300TCH1516_ALE/1398198‑1398469 | aTCTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaa < 2:742681/141‑1 (MQ=255)aTCTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaa < 1:667010/141‑1 (MQ=255) tCTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaaa > 1:1022460/1‑141 (MQ=255) tCTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaaa > 1:624105/1‑141 (MQ=255) tCTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaaa < 4:297445/141‑1 (MQ=255) tCTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaaa < 4:332922/141‑1 (MQ=255) tCTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaaa < 4:349803/141‑1 (MQ=255) tCTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATACAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaaa < 1:1007226/141‑1 (MQ=255) tttGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaaaa < 4:411509/140‑1 (MQ=255) cTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaaaa < 3:9354/141‑1 (MQ=255) tGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATa > 1:890440/1‑141 (MQ=255) ggTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAg < 2:913677/141‑1 (MQ=255) ggTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAg > 1:816208/1‑141 (MQ=255) aTAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGt < 2:147660/141‑1 (MQ=255) aGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGttt < 1:469361/141‑1 (MQ=255) aGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGttt < 3:326863/141‑1 (MQ=255) aGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAAAAGCTGttt > 2:607843/1‑141 (MQ=255) ggCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTg > 1:51685/1‑141 (MQ=255) gCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGa > 2:505140/1‑141 (MQ=255) ttGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGa < 2:91453/141‑1 (MQ=255) ttGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGa > 2:34748/1‑141 (MQ=255) ttGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGa < 2:331715/141‑1 (MQ=255) ttGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGa < 2:935024/141‑1 (MQ=255) ttGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGa > 4:54758/1‑141 (MQ=255) gTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGAcc > 1:378757/1‑141 (MQ=255) gTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGAcc < 1:17361/141‑1 (MQ=255) gTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTCTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGAcc < 3:367876/141‑1 (MQ=255) gTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATAGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGAcc > 3:231278/1‑141 (MQ=255) aaaaTTGTGACGCTGGTAATATTTTTTTTTTTTTTTTCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTTCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTTAGGACCAc > 4:259284/1‑141 (MQ=255) aaaaTTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCAc < 1:708631/141‑1 (MQ=255) aaaTTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACg < 1:909091/141‑1 (MQ=255) aTTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGt < 3:51180/141‑1 (MQ=255) tgttACGCTGATATTGTTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATATATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGGCCACTGTCt < 2:161191/141‑1 (MQ=255) tgtgACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATATGTCTCAGCGAGTTCTTTTTTATGATCAGTAGTATAGAAAATTGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGCCt > 4:51180/1‑141 (MQ=255) tgtgACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCt > 2:236192/1‑141 (MQ=255) gtgACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCtt < 4:210637/141‑1 (MQ=255) gtgACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCtt < 2:356182/141‑1 (MQ=255) tgACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTg < 4:148414/141‑1 (MQ=255) aCGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGat < 2:209472/141‑1 (MQ=255) aCGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGat < 1:5896/141‑1 (MQ=255) cGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGata > 1:915145/1‑141 (MQ=255) aaTATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGacca < 3:158499/141‑1 (MQ=255) atTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTGTAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCt > 1:67769/1‑141 (MQ=255) ttttGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCt < 2:465360/139‑1 (MQ=255) ttttGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCt > 1:465360/1‑139 (MQ=255) ttttGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGt < 3:430930/141‑1 (MQ=255) ttgttgCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATTATTAGTATAGAAAATCGTTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTAt > 1:462162/1‑141 (MQ=255) ttgttgCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTAt < 4:280792/141‑1 (MQ=255) tgttgCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTTTTTTTCTTGTTATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATc > 2:227284/1‑141 (MQ=255) gttgCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCt > 1:824016/1‑141 (MQ=255) ttgCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTa < 2:569221/141‑1 (MQ=255) tgCACTTGCCTTATCAGCATTAATCGTGTTTTTATGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTaa < 2:851179/141‑1 (MQ=255) tgCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTaa < 2:797050/141‑1 (MQ=255) aaTTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATgg < 1:1015874/141‑1 (MQ=255) tGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTc < 2:816208/141‑1 (MQ=255) ccTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCaa > 2:444538/1‑141 (MQ=255) aTCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGAc < 1:822044/141‑1 (MQ=255) cATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTgaga > 2:608968/1‑141 (MQ=255) cATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTgaga < 2:890819/141‑1 (MQ=255) cATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTgaga < 4:145469/141‑1 (MQ=255) ttAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCGATGACTGAGaaa > 4:359682/1‑141 (MQ=255) tCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAata > 2:477441/1‑141 (MQ=255) gTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTGTAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATAtt > 1:669959/1‑141 (MQ=255) gTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATAtt > 2:1003435/1‑141 (MQ=255) tttttAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCt > 3:295273/1‑141 (MQ=255) tttAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCtaa > 1:653781/1‑141 (MQ=255) tAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCtaata > 1:860557/1‑141 (MQ=255) tctgctCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTTACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACt > 4:426787/2‑141 (MQ=255) ctgctCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACtt > 2:361055/1‑141 (MQ=255) ccacccGAAATAAGTCTTAGTTAGTTTTTTTTGATGATCGTTAGTTTAGCAAATCGCTACTTTCTATCCCTACACGAGGTTTTTATGTTGACCTCCCGTATCTGATGGTTAAATAACAGAAAAAAATATTTCTAATAACtt < 4:221447/136‑1 (MQ=255) ctCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTAtt > 1:419996/1‑141 (MQ=255) gATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCtaat > 4:266435/1‑130 (MQ=255) taAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATgag > 4:259934/1‑141 (MQ=255) taAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATgag > 2:330994/1‑141 (MQ=255) aaGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATgaga < 1:350525/141‑1 (MQ=255) aaGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATgaga < 2:653781/141‑1 (MQ=255) aGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGaa > 3:13538/1‑141 (MQ=255) tctcAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGaatt > 2:704784/1‑140 (MQ=255) tcAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGTACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGaataat > 4:441798/1‑141 (MQ=255) aGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTATTGATATTGACCAACTGGATCTAATGGGTCATTGACTGAGAAAAATATTTCTGATAACTTATTGTATGAGaatgctgc < 2:235941/141‑6 (MQ=255) gCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCa > 2:648307/1‑141 (MQ=255) cGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCAc < 4:73529/57‑1 (MQ=255) gTTCTTTTTGATGATCATTAGTATATAAAATAGCTGGTTGATATTAAGGACCCGGGTCTTGATATTGACTACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAAcat < 2:11921/141‑1 (MQ=255) gTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAAcat > 4:372447/1‑141 (MQ=255) gTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGAACACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAAcat < 2:237293/141‑1 (MQ=255) tCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAAcatca > 3:417199/1‑141 (MQ=255) cTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAAcatcat < 4:63332/141‑1 (MQ=255) cTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAAcatcat > 1:211212/1‑141 (MQ=255) tttGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATAtt < 2:681342/141‑1 (MQ=255) tttGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATAtt < 1:807423/141‑1 (MQ=255) tttGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATAtt < 2:262354/141‑1 (MQ=255) tttGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATAtt < 3:185520/141‑1 (MQ=255) atgatCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATATTGAAt > 1:566069/1‑141 (MQ=255) atgatCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGAACACTTGTATAAAGTGTGTCGATGACGGAGAAATTTATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATATTGAAt > 3:310993/1‑141 (MQ=255) gatCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATATTGAAttt < 1:174113/141‑1 (MQ=255) ttttttAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATTACTGATAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATATTGAATTTc > 2:406679/5‑141 (MQ=255) atcatcAGTATAGCAAATAGCTGATCGATACTGAGGACCCCGGTCTTGATATTGACCACCTGTAACTAATAGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATACTGCACCACCATCATGAATATc > 4:151190/1‑141 (MQ=255) atCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATATTGAATTTc > 1:737479/1‑141 (MQ=255) tAGTGTAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAAAGAAAGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATATTGAATTTCAACAg < 4:346571/141‑1 (MQ=255) tAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATATTGAATTTCAACAg < 1:262497/141‑1 (MQ=255) | ATCTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTGTAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATATTGAATTTCAACAG > USA300TCH1516_ALE/1398198‑1398469 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |