| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,471,910 | C→T | E10038E (GAG→GAA) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,471,910 | 0 | C | T | 97.7% | 292.8 / ‑2.0 | 85 | E10038E (GAG→GAA) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (43/40); total (44/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
CTGTTGGATTAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTCTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATGCGCTT > USA300TCH1516_ALE/1471774‑1472046 | cTGTTGGATTAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTATTGCTTTTCtt > 3:218456/1‑141 (MQ=255) tGGATTAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATc < 2:810259/141‑1 (MQ=255) ggATTAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCt < 1:482148/141‑1 (MQ=255) aTTAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGt < 2:671931/141‑1 (MQ=255) ttAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGtt > 2:140125/1‑141 (MQ=255) aGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAg > 1:32457/1‑141 (MQ=255) gctgctTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTTATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATTTGTTAGa > 2:288500/1‑141 (MQ=255) tttCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGt < 2:41778/141‑1 (MQ=255) tCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTAc > 2:265749/1‑141 (MQ=255) ttGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTATATCAGTACGAGc > 2:854971/1‑141 (MQ=255) ttGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGc < 2:332675/141‑1 (MQ=255) tGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCt < 4:102840/141‑1 (MQ=255) cTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTAATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTGGACTTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTCTCTTTTAGATCAGTACGAGCTTTGa > 1:907681/1‑141 (MQ=255) ttAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGCATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGAtt < 2:701252/141‑1 (MQ=255) tAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGc > 1:1029800/1‑133 (MQ=255) tAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGc < 2:1029800/133‑1 (MQ=255) gTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCatcaa > 2:542359/1‑141 (MQ=255) gTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCatcaa > 1:674865/1‑141 (MQ=255) gTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTGTAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCatcaa > 1:752860/1‑141 (MQ=255) ttCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTTAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCatcaat > 2:553184/1‑141 (MQ=255) ttCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCatcaat > 2:229632/1‑141 (MQ=255) ttGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTTAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATg < 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cTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTg < 2:83738/141‑1 (MQ=255) tCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATCTGTTGa > 4:302640/1‑141 (MQ=255) tCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATAATATGTTGa > 2:377881/1‑141 (MQ=255) cACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGaa > 1:202729/1‑141 (MQ=255) cACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGaa > 2:11875/1‑141 (MQ=255) cACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGaa < 2:223252/141‑1 (MQ=255) aCTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAAt > 2:594830/1‑141 (MQ=255) aCTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAAt > 2:342590/1‑141 (MQ=255) cTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAAtt > 1:272005/1‑141 (MQ=255) aTCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTc > 1:803692/1‑141 (MQ=255) aTCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTc > 4:111179/1‑141 (MQ=255) aTGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATc > 1:1022477/1‑141 (MQ=255) tGCTTTGCGCCAGTTGAATCACTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTACCTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTGTCTGTTAGATCAGTACGGGCTTTGCATTCATCACTCATATGTTGGATTGCATCTTCAATCg < 4:108929/141‑1 (MQ=255) tGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCg < 4:145885/141‑1 (MQ=255) tGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTCTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCg > 2:612317/1‑141 (MQ=255) tttGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGAtt > 1:185241/1‑141 (MQ=255) ttGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGAttt > 3:356629/1‑141 (MQ=255) ttGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGAttt > 3:431819/1‑141 (MQ=255) tGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTa > 1:797357/1‑141 (MQ=255) aCGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGc < 1:168779/141‑1 (MQ=255) gAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTg > 2:192053/1‑141 (MQ=255) gAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTg < 2:90093/141‑1 (MQ=255) aTCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGAt > 2:81054/1‑141 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ttGATTTAACTTACTAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTc < 2:130440/141‑1 (MQ=255) gATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTg < 2:451556/141‑1 (MQ=255) gATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTg < 2:1000684/141‑1 (MQ=255) aTTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTgg > 1:671804/1‑141 (MQ=255) tttAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGa > 1:773312/1‑141 (MQ=255) ttAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGAt < 1:892469/141‑1 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cttGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATgcg < 2:351719/141‑1 (MQ=255) ttGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATgcgc > 1:962535/1‑141 (MQ=255) ttGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATgcgc < 4:360226/141‑1 (MQ=255) tGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATGCGct > 2:992023/1‑141 (MQ=255) tGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATGCGct < 2:387050/141‑1 (MQ=255) gCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATGCGctt < 1:294421/141‑1 (MQ=255) gCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATGCGctt < 1:288500/141‑1 (MQ=255) | CTGTTGGATTAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTCTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATGCGCTT > USA300TCH1516_ALE/1471774‑1472046 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |