| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,486,381 | G→T | Q5215K (CAA→AAA) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,486,381 | 0 | G | T | 97.0% | 339.6 / 0.1 | 99 | Q5215K (CAA→AAA) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base T (44/52); total (45/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAGTTATTCAAGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTGATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAGCCTTTCATCGCTGT > USA300TCH1516_ALE/1486244‑1486516 | tAAGTTATTCAAGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTAtt < 1:562467/141‑1 (MQ=255)tAAGTTATTCAAGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTAtt < 4:220137/141‑1 (MQ=255) aGTTATTCAAGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTaa > 1:245627/1‑141 (MQ=255) aGTTATTAAAGATGTATTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTACGTTTCACGCACCACTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACCTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTACGAGGTTTTATTaa > 2:594099/1‑141 (MQ=255) gTTATTCAAGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAAt < 2:1017928/141‑1 (MQ=255) aTTCGAGTTGGGTTTCTCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTGGTGATGTTACTGTCTTAATAGTATTTGGGTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGAt < 2:94195/141‑1 (MQ=255) aTTCAAGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGAt > 2:781207/1‑141 (MQ=255) aTTCAAGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGAt < 2:193212/141‑1 (MQ=255) ttCAAGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCAATGTTTTATTAATGAtt < 4:53648/141‑1 (MQ=255) tCAAGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTg > 1:365641/1‑141 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tGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTAc < 3:387005/141‑1 (MQ=255) caaGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTAc > 2:534414/3‑141 (MQ=255) gAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACt > 1:342643/1‑141 (MQ=255) gCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTGAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGGATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCg > 4:66978/1‑141 (MQ=255) aGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTAc > 3:351445/1‑141 (MQ=255) aGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTAc < 1:811860/141‑1 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1:684457/1‑141 (MQ=255) cgcACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGattatt > 1:966509/1‑141 (MQ=255) ccATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTTGCTTGTGATGTTACTTGCGTATTAGTATTTGGTTCTATCGTTGGGTGCGATGCTTTATTAATGATTGCTTTTGCTTCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGTTTTTTTGGa > 2:1028753/1‑141 (MQ=255) ccATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGa > 1:79866/1‑141 (MQ=255) ccattAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGAc > 1:786155/4‑141 (MQ=255) cATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGAc < 1:615343/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCtt < 1:441159/141‑1 (MQ=255) ttGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTc > 1:48804/1‑141 (MQ=255) tGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTACCTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCa < 3:241632/141‑1 (MQ=255) tGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCa < 3:424397/141‑1 (MQ=255) gCGTAATAGAATTTGGTTCCATCGGTGGGTTCGATGGTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCAt > 4:84859/1‑141 (MQ=255) aaTAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGc < 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tCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCtt > 4:16578/1‑141 (MQ=255) aTCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAAc < 3:57593/47‑1 (MQ=255) aTCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAAc > 4:57593/1‑47 (MQ=255) aTCGTTGGGTTCGATGTTTGATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAg > 1:944187/1‑141 (MQ=255) gTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAGCCTTTCAt > 2:554817/1‑141 (MQ=255) tGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTTGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAGCCTTTCATCGCTGt < 2:250328/141‑1 (MQ=255) tGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAGCCTTTCATCGCTGt < 4:124160/141‑1 (MQ=255) tGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAGCCTTTCATCGCTGt < 2:250306/141‑1 (MQ=255) tGTTTTAGTAATTATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAGCCTTTCATCGCTGt < 2:299942/141‑1 (MQ=255) | TAAGTTATTCAAGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTGATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAGCCTTTCATCGCTGT > USA300TCH1516_ALE/1486244‑1486516 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |