| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,672,590 | G→T | L135I (CTT→ATT) | sigA ← | RNA polymerase sigma factor SigA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,672,590 | 0 | G | T | 95.3% | 274.2 / 6.4 | 86 | L135I (CTT→ATT) | sigA | RNA polymerase sigma factor SigA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/0); new base T (40/42); total (44/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
ATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAAGTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAACACCTGGAGGG > USA300TCH1516_ALE/1672452‑1672726 | aTCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTc > 1:682314/1‑141 (MQ=255) ttGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGAt > 3:315087/1‑141 (MQ=255) ttGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAAGTCTTGAt > 1:730579/1‑141 (MQ=255) gTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGAttt > 4:166874/1‑141 (MQ=255) aGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTa > 4:114529/1‑141 (MQ=255) aaTTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTtca > 2:916505/1‑141 (MQ=255) aaTTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACCtca > 2:975936/1‑141 (MQ=255) aTTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTtcat < 3:205526/141‑1 (MQ=255) aTTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTtcat < 2:413299/141‑1 (MQ=255) ttttgCAACAGCTTTTATAAGGCCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTGGAACTTTGCGTTAGTTCGCTTCTGCGATTCTTGATTTGGCTACTtcatc < 2:208318/141‑1 (MQ=255) tCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCt > 1:862129/1‑141 (MQ=255) tCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAAGTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCt > 1:626163/1‑141 (MQ=255) tttttttttAATAAGACAAATATTACATTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTg > 2:347604/7‑141 (MQ=255) aaCAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCt > 2:290714/1‑117 (MQ=255) aaCAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCt < 1:290714/117‑1 (MQ=255) aCAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGt > 3:408416/1‑141 (MQ=255) cAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGtt > 1:57223/1‑141 (MQ=255) aGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTc < 1:662399/141‑1 (MQ=255) cccATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACCTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGcc < 1:975936/141‑2 (MQ=255) ccATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCATTACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTa < 2:220622/141‑1 (MQ=255) cATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTaa < 4:307534/141‑1 (MQ=255) atTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTc < 1:792677/141‑1 (MQ=255) tACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCTCGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACGACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGa < 1:482942/141‑1 (MQ=255) tACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGa < 2:440658/141‑1 (MQ=255) tACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGa < 2:1005036/141‑1 (MQ=255) ccTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAGCATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGAtt < 1:687806/141‑1 (MQ=255) ccTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAGCATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGAtt < 4:317108/141‑1 (MQ=255) cttcttGGATTAAATCAAGGCATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGAttt > 2:513371/1‑141 (MQ=255) cttcttGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAAGTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGAttt > 1:76817/1‑141 (MQ=255) ttcttGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATttc < 3:429822/141‑1 (MQ=255) tcttGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATttct < 1:347604/141‑1 (MQ=255) tcttGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGAAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTTGCTAATTCGATttct > 1:867080/1‑141 (MQ=255) ttAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTtgtg < 2:357937/141‑1 (MQ=255) aGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTtaat > 2:754926/1‑141 (MQ=255) ggAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTtaata > 2:953897/1‑141 (MQ=255) aaCATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAAGTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTa > 1:142615/1‑141 (MQ=255) aCATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCTCTTAATAAGTTaa > 4:149175/1‑141 (MQ=255) cATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAac > 3:231958/1‑141 (MQ=255) aTACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAaca > 4:299534/1‑141 (MQ=255) cACGACCTACGTATCTTTTATCAATACTTACAACTAAACTTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGcc < 1:978356/141‑1 (MQ=255) aaCGACATAAGTATCTTTTAGAAATACTTATAACTACTTATAATTTTGCTTCTTCAATTCTTGATTTTTCTACTTCATCGTCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGcc < 2:89861/140‑1 (MQ=255) aCGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGccc < 1:102790/141‑1 (MQ=255) aCGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGccc > 4:431797/1‑141 (MQ=255) gACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCaa > 1:185231/1‑141 (MQ=255) aCCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACt < 1:17909/70‑1 (MQ=255) aCCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACt > 2:17909/1‑70 (MQ=255) aCCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAAt < 1:78681/141‑1 (MQ=255) aTCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTaa < 1:730831/141‑1 (MQ=255) aGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCATGTTCCATACGTTTGGCCAATAAGATTTCTACTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCACTTTCTTTAAGGTACAt < 1:923254/141‑1 (MQ=255) gCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCAc < 2:597754/103‑1 (MQ=255) gCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCAc > 1:597754/1‑103 (MQ=255) cAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGc > 3:355325/1‑49 (MQ=255) cAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGc < 4:355325/49‑1 (MQ=255) cAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATAc > 1:209669/1‑141 (MQ=255) aaTACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACg < 2:154917/141‑1 (MQ=255) aCTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAAc < 3:399452/141‑1 (MQ=255) tACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTgg > 2:123294/1‑141 (MQ=255) aCAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTggg < 4:434446/141‑1 (MQ=255) cAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGt > 3:40817/1‑141 (MQ=255) cAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGt > 2:417558/1‑141 (MQ=255) aaCTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTc < 2:380399/141‑1 (MQ=255) aaCTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTc < 4:236621/141‑1 (MQ=255) aCTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCa > 4:317762/1‑141 (MQ=255) cTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACACCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCat < 4:409995/141‑1 (MQ=255) tAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCatt < 1:92252/141‑1 (MQ=255) aaCGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCattta < 2:74365/141‑1 (MQ=255) aaCGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCattta > 1:856933/1‑141 (MQ=255) aaCGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCattta > 2:704215/1‑141 (MQ=255) aaCGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCattta > 4:279683/1‑141 (MQ=255) aCGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCatttat > 3:238102/1‑141 (MQ=255) aCGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCatttat > 4:43390/1‑141 (MQ=255) cGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCCTCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAGTTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGTCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCatttatt < 4:428931/141‑1 (MQ=255) cGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCatttatt < 2:57223/141‑1 (MQ=255) tAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTAtttt > 3:402017/1‑141 (MQ=255) tAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTAtttt > 3:329005/1‑141 (MQ=255) aGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTaa > 2:254726/1‑141 (MQ=255) gTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAac < 1:534337/141‑1 (MQ=255) ttCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAaca < 1:587091/141‑1 (MQ=255) tCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGTTTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAATGTACATACTAACTGGGTCATTTATTTTAacac > 4:292876/1‑141 (MQ=255) tCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAacac < 2:137228/141‑1 (MQ=255) gCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAACACCt > 2:843528/1‑141 (MQ=255) cTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTaa > 3:395349/1‑55 (MQ=255) cTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTaa < 4:395349/55‑1 (MQ=255) cTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAACACCTg < 1:22610/141‑1 (MQ=255) ttCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAACACCTgg < 1:466033/141‑1 (MQ=255) gCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAACACCTGGAggg > 2:749568/1‑141 (MQ=255) | ATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAAGTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAACACCTGGAGGG > USA300TCH1516_ALE/1672452‑1672726 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |