| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,289,324 | G→T | Q56K (CAG→AAG) | cdaA ← | Cyclic di‑AMP synthase CdaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,289,324 | 0 | G | T | 96.0% | 331.3 / 3.6 | 102 | Q56K (CAG→AAG) | cdaA | Cyclic di‑AMP synthase CdaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/1); new base T (50/46); total (53/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
AAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAATTTTTAACGTACTG > USA300TCH1516_ALE/2289188‑2289460 | aaGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGa > 1:699460/1‑141 (MQ=255) gCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAGCGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGAcc > 1:619266/1‑141 (MQ=255) gCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGAcc < 1:914131/141‑1 (MQ=255) gCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGAcc > 2:611838/1‑141 (MQ=255) cTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCa > 4:57456/1‑141 (MQ=255) tctACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAAc > 4:377020/1‑141 (MQ=255) tctACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAAc < 2:674767/141‑1 (MQ=255) tctACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAAc > 4:399175/1‑141 (MQ=255) ccAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAAtt < 2:381907/141‑1 (MQ=255) ccAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAAtt < 1:945186/141‑1 (MQ=255) ttgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTaa < 2:692700/141‑1 (MQ=255) tgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAat > 4:202753/1‑141 (MQ=255) gttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAata > 2:650006/1‑141 (MQ=255) cTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTACTATcc > 4:354482/1‑141 (MQ=255) cTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATcc > 4:404528/1‑141 (MQ=255) cACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTaa < 1:5799/141‑1 (MQ=255) aCGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTCATACTCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAg < 1:271556/141‑1 (MQ=255) tCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTaa > 3:206708/1‑141 (MQ=255) tCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTaa > 3:107318/1‑141 (MQ=255) cTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAAt > 2:262389/1‑141 (MQ=255) cTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAAt > 1:786304/1‑141 (MQ=255) cTAATTTCTAGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAAAGATATAGAATAATTAAAATATTGCAGTCAAATTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAAATACTAATATCACTATAaataat > 2:596840/1‑141 (MQ=255) tAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAAtt < 1:650006/141‑1 (MQ=255) tAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAAtt > 3:262524/1‑141 (MQ=255) tAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAAtt > 3:262311/1‑141 (MQ=255) aaTTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTg > 2:885423/1‑141 (MQ=255) aTTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGt < 3:207961/141‑1 (MQ=255) aTTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGt > 2:573457/1‑141 (MQ=255) cTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCg < 3:216639/141‑1 (MQ=255) cTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTAAATATAATAATTATATTTTGCCTAATCTCTATCATTGATATCCCGTTAAGTAATTGTATCg > 1:970782/1‑141 (MQ=255) tGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGc > 1:215665/1‑141 (MQ=255) tGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGc > 1:215670/1‑141 (MQ=255) tGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGc < 1:87069/141‑1 (MQ=255) ttGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCttt > 2:507784/1‑141 (MQ=255) ggAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAg < 1:531537/141‑1 (MQ=255) gAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGt < 1:660612/141‑1 (MQ=255) atTACTATTAAAGCTAATGCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTccc < 1:680090/141‑1 (MQ=255) atTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTccc < 2:712182/141‑1 (MQ=255) tACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCACGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCtt > 2:411310/1‑141 (MQ=255) aCTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTa > 2:531774/1‑141 (MQ=255) tATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTaaa < 1:206424/141‑1 (MQ=255) aTTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAg < 1:596624/141‑1 (MQ=255) aaaGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGAcc < 2:477640/141‑1 (MQ=255) aaGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCg < 4:375507/141‑1 (MQ=255) aaGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCg < 1:6816/141‑1 (MQ=255) aGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGt < 1:233219/141‑1 (MQ=255) agcaCCCCCCATGGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGtgatg < 4:358854/138‑1 (MQ=255) aaTACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGtgatg > 1:337833/1‑141 (MQ=255) aaTACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGtgatg > 1:376101/1‑141 (MQ=255) aTACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGtgatga > 2:19364/1‑141 (MQ=255) aTACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGtgatga < 2:684627/141‑1 (MQ=255) aTACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGtgatga < 2:965964/141‑1 (MQ=255) tACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATgag < 1:657700/141‑1 (MQ=255) aCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATgaga > 1:173404/1‑141 (MQ=255) ccccATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGATCGTGATGagaaga > 4:373315/1‑141 (MQ=255) ccccATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGagaaga > 4:44871/1‑141 (MQ=255) tGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGt > 2:344369/1‑141 (MQ=255) gAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTa > 2:503408/1‑141 (MQ=255) gAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTa < 1:35535/141‑1 (MQ=255) gAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTa < 4:23784/141‑1 (MQ=255) gAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTa > 1:13572/1‑141 (MQ=255) aaTAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTAc < 2:895472/141‑1 (MQ=255) aTAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATGAAGTACa > 1:653077/1‑141 (MQ=255) aaCTATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTTAATATCTTACTTATCTTCTTACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATa < 1:847852/141‑1 (MQ=255) aaCGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTTAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATa < 1:334864/141‑1 (MQ=255) aaCGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGCCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAAACCGCGATGAGAAGATAAAGTACATa > 4:176373/1‑141 (MQ=255) aCGATATCGTATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATAc < 2:302556/141‑1 (MQ=255) cGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATAcc < 1:810070/141‑1 (MQ=255) cGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATAcc < 2:699460/141‑1 (MQ=255) atCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAAc < 2:968260/141‑1 (MQ=255) atCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAAc > 1:682852/1‑141 (MQ=255) atCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACAAAAc > 4:57055/1‑141 (MQ=255) tCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACt < 4:138576/141‑1 (MQ=255) atgAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACt < 4:212751/139‑1 (MQ=255) ataatTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTAtta < 4:262311/141‑3 (MQ=255) ataatTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCa < 4:262524/141‑1 (MQ=255) ataatTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCa < 1:208825/141‑1 (MQ=255) ataatTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCa > 1:126235/1‑141 (MQ=255) ataatGTAGACGTCGCAGACAAGCTCAATAGCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGCGAAGATAACGTACATACCAAACTATCa > 2:183566/1‑141 (MQ=255) atTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTa < 2:489485/141‑1 (MQ=255) aGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATc > 1:542238/1‑141 (MQ=255) aGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATc > 2:825292/1‑141 (MQ=255) gATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCa > 1:361577/1‑141 (MQ=255) gCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATa > 1:747569/1‑141 (MQ=255) aGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACt < 2:786304/141‑1 (MQ=255) gTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTc > 4:338998/1‑141 (MQ=255) aaGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATCCTCGtt > 2:27401/1‑141 (MQ=255) aGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTa > 1:486214/1‑141 (MQ=255) ttCAATATCATACTTACCCCATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACa < 3:114560/141‑1 (MQ=255) tCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATaa > 1:701740/1‑98 (MQ=255) tCAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATaa < 2:701740/98‑1 (MQ=255) cAATATCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAAt > 3:436845/1‑141 (MQ=255) atatCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAAttt > 4:237705/1‑141 (MQ=255) atatCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAAttt > 1:985633/1‑141 (MQ=255) atatCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAAttt < 2:395660/141‑1 (MQ=255) tatCATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAAtttt < 3:256361/141‑1 (MQ=255) cATACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGTTGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAATTTTTaa < 1:411310/141‑1 (MQ=255) aTACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCTCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAATTTTTAAc < 2:819928/141‑1 (MQ=255) tACTTATCTTCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAATTTTTAACg > 1:532247/1‑141 (MQ=255) aTCTCCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAATTTTTAACGTACTg < 2:317612/141‑1 (MQ=255) | AAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAATTTTTAACGTACTG > USA300TCH1516_ALE/2289188‑2289460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |