Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000731 | 25,663 | Δ1 bp | 100% | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 95.9% | 1196.9 / 27.3 | 269 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/9); new base . (142/116); total (143/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.93e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAAT > CP000731/25523‑25799 | attgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCGCCAAGTATTAAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACCAATa > 2:193368/1‑141 (MQ=255) ttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAATaa < 1:245786/141‑1 (MQ=255) gTTATTTACACTAGTTCTTAAATTTACAGGTTTTTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAATaaaaaata < 2:448192/141‑3 (MQ=255) tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAATaaaaaatata < 2:715230/141‑5 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATAc > 1:818562/1‑141 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATAc > 2:310884/1‑141 (MQ=255) tttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTCATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACa > 1:851312/1‑141 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt < 1:152449/141‑1 (MQ=255) acacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTAAACACCAAGTAGTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATAATAAAAAT‑AAAAAATATACATCt < 2:916821/141‑1 (MQ=255) acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaa < 1:596678/141‑1 (MQ=255) cTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaaa > 1:363658/1‑141 (MQ=255) cTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaaa > 1:304806/1‑141 (MQ=255) tAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAg < 1:316184/141‑1 (MQ=255) aGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg > 1:415008/1‑141 (MQ=255) cTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaa > 1:894795/1‑141 (MQ=255) cTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaa > 1:857820/1‑141 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa > 2:171011/1‑141 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa < 1:385896/141‑1 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTATTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa > 2:581826/1‑141 (MQ=255) ttAAATTGACAAGATACTCACTAAGTATTGTATGATTCTGGTTTTCTATATAACCAGAATTTTCCTTCAGAATTGTGGTTATAGCTCTTATG‑TTTTTATTTAGCTATA‑AAAAAAAAAAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa < 2:79357/141‑1 (MQ=255) aaaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAtt < 1:325591/141‑1 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa < 2:213090/141‑1 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa > 1:758065/1‑141 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTATTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaaaaa < 2:473882/141‑4 (MQ=255) aCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCACAATATCCAGAAATTTTCTTTATAAATGTAGAACTATTTATTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaa < 1:61700/141‑1 (MQ=255) cAGGTTTGTCATCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTCCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaa < 2:260071/141‑1 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaa < 1:560784/141‑1 (MQ=255) cAGGTTTGTCAACAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTTTCAATTGCCGTGTGGTTGTTTTGGAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaa < 2:320083/141‑1 (MQ=255) tttGTTACCAAGTATTGAAGGATTTTGGTTTTCTCAATATTCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATa < 1:208289/141‑1 (MQ=255) tttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACCATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATa < 1:271590/141‑1 (MQ=255) ttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATAAAGAATAg > 1:384243/1‑141 (MQ=255) tGTCACCAAGTATTGAATGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGa < 2:609703/141‑1 (MQ=255) tGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGa > 2:526055/1‑141 (MQ=255) cACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGACtt > 1:114480/1‑141 (MQ=255) aacaaaGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTAAAATACAAA‑AAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAtt < 2:812762/137‑1 (MQ=255) aaCCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAtt < 2:492975/140‑1 (MQ=255) aCCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTa < 1:734954/141‑1 (MQ=255) cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTCTTACTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAGTAGAATTagg > 1:123427/1‑140 (MQ=255) cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACACCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTaaa > 1:77151/1‑139 (MQ=255) cAAGTATTAAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGGTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAAGTTAAATTAATTAAAAATAGacatata > 2:678100/1‑135 (MQ=255) aaGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTagag < 2:807899/141‑1 (MQ=255) aaGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTagag < 1:491456/141‑1 (MQ=255) gTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGaa < 1:524198/141‑1 (MQ=255) gTATTGAAGGAACTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGaa < 1:141661/141‑1 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata > 2:440572/1‑141 (MQ=255) agtagcTTGGTTTTCCTAATATCCAAAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGaa < 2:221146/136‑1 (MQ=255) aGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGaa > 2:870993/1‑141 (MQ=255) aTCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAc > 1:78706/1‑141 (MQ=255) cTTGGTTTTCTCAATATCCAGCAGTGTGCATCTTAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaa > 1:218270/1‑141 (MQ=255) ttagTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGAAATATTTATTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaa < 2:181957/138‑1 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCCGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 2:762311/1‑141 (MQ=255) tttttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg < 1:585708/140‑1 (MQ=255) gTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg > 1:279702/1‑141 (MQ=255) tttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAAGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAAAGAATATAGAAAAAAAAAAGGa > 2:592649/1‑141 (MQ=255) ctcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAtt > 2:105786/1‑141 (MQ=255) cAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtc > 2:293469/1‑141 (MQ=255) aaTATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCAATATGTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTAAACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtct < 2:362743/141‑1 (MQ=255) aaTATCCAGAAATTTTCTTAAAAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAGATAGAAAACAAAAAGGAATTtct < 1:446558/141‑1 (MQ=255) ttcAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAg < 2:537062/139‑1 (MQ=255) tCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAg < 2:152156/141‑1 (MQ=255) accAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAATATAAAGGCGATAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAg < 1:902761/140‑1 (MQ=255) cAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaa > 1:482630/1‑141 (MQ=255) aTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACttt > 2:133850/1‑141 (MQ=255) tttCTTTATAATTGTCGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAGAAATAGAATAAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTCTaa > 2:425817/1‑141 (MQ=255) tttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTaa > 2:889174/1‑141 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGt > 1:193427/1‑141 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTGTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAATAGAGCATATAGGAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAAATTTAAGt > 1:182900/1‑141 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 1:801885/1‑141 (MQ=255) tttATAGTTGTAGAACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑TTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATTGAATTAGAGAATAAAGAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaa < 2:190116/141‑1 (MQ=255) tttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaa > 2:353654/1‑141 (MQ=255) ttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaaa < 2:903480/141‑1 (MQ=255) ttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAACTAAAAGTTAAAATAATAAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaaa < 1:612430/141‑1 (MQ=255) tataATTGTAGCACTAGTTCTCATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAACACACACAGGAATTTCACAAGAAACTTTAAGTAAAg > 1:467302/1‑141 (MQ=255) aaTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAt < 1:606451/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt > 1:646673/1‑141 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAATGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAGAGAATTaaa > 1:340057/1‑141 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa > 2:822322/1‑141 (MQ=255) aGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAg > 2:38601/1‑141 (MQ=255) gCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgt > 1:664906/1‑141 (MQ=255) aCTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTCATGAAAAATAGAATTAGAGAATGTAGAAAACCAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTCAGTAAAGAATTAAAAgtgt > 2:501272/1‑141 (MQ=255) aCTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACACCCAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtgt < 1:72339/141‑1 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACACCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGACTAAAAAgtgaa > 2:316224/1‑139 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAA‑GAAAAAATATACACATAAATGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTATCAAGAAATTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 1:298492/141‑1 (MQ=255) tATTTTGTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTGCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCt < 2:6713/141‑1 (MQ=255) aTTTTTTATGGTGTTTAATTA‑GTTGGGTAGAGAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAGATAGTATTAGAGAATAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTa < 2:637643/141‑1 (MQ=255) tttCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAg > 2:72935/1‑141 (MQ=255) tttCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAg < 1:690185/141‑1 (MQ=255) tttCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAg > 2:138630/1‑141 (MQ=255) ttCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAgg < 1:78490/141‑1 (MQ=255) cTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCa > 2:278087/1‑141 (MQ=255) ttttttAATTA‑CTATACTACAAA‑AAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAGAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAt < 1:202419/138‑1 (MQ=255) aTTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa > 2:50821/1‑141 (MQ=255) aTTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa < 1:133850/141‑1 (MQ=255) aTTA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGACTAGGCAAACTATTAATGCa > 2:693411/1‑141 (MQ=255) ttA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTTTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa > 2:246907/1‑141 (MQ=255) ttA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTAAAGAAAATTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa < 1:176941/141‑1 (MQ=255) ttA‑CTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAACGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCGAACTATTAATGCaa < 1:474716/141‑1 (MQ=255) ttA‑CTAAACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa < 2:347367/141‑1 (MQ=255) tactacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAGATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaa < 2:776825/141‑1 (MQ=255) cAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAACCaat < 2:244246/141‑1 (MQ=255) | ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTA‑CTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAAT > CP000731/25523‑25799 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |