| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 235,092 | C→T | 6.5% | D490N (GAT→AAT) | gsiA ← | Glutathione import ATP‑binding protein GsiA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 235,092 | 0 | C | T | 6.5% | 196.1 / 4.1 | 71 | D490N (GAT→AAT) | gsiA | Glutathione import ATP‑binding protein GsiA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/34); new base T (2/3); total (34/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
ACAACGCATGACTTTTATTTAGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAACGTCTAAAGCGGACACTGCCTCGTCGCAAACAA > USA300TCH1516_ALE/234953‑235232 | acaACGCATGACTTTTATTTAGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCA‑TTTTCATAATTGCAACGCGATcac < 1:497055/141‑1 (MQ=255) caACGCTTGACTTTTATTTAGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATcac < 2:287484/141‑1 (MQ=255) caACGCATGACTTTTATTTAGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATcac < 2:287508/141‑1 (MQ=255) caACGCATGACTTTTATTTAGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATcac < 2:822871/141‑1 (MQ=255) caCGCATGACTTTTATTTAGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTCTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATcaca < 2:71815/140‑1 (MQ=255) aaCGCATGACTTTTATTTAGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATcaca < 2:901908/141‑1 (MQ=255) aaCGCATGACTTTTATTTAGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATcaca < 2:674199/141‑1 (MQ=255) aaCGCATGACTTTTATTTAGCAATAACTGCTACTTCGGGAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATcaca < 1:851373/141‑1 (MQ=255) gCATGACTTTTATTTAGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGAGTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCACCGCGATCACatat > 2:206214/1‑141 (MQ=255) gCATGACTTTTATTTAGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATTACatat > 1:774384/1‑141 (MQ=255) gCAAGACTTTTATTTAGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATTCCatat > 1:654618/1‑141 (MQ=255) gACTTTTATTTAGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCa < 1:147084/141‑1 (MQ=255) tttgATTTAGCAATTACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTg < 1:385220/141‑1 (MQ=255) ttaGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGGTTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACCCGATCACATATTTCATTGATAacc > 1:184466/1‑140 (MQ=255) ttaGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGGGATCACATTTTTCATTGATacac > 1:184500/1‑138 (MQ=255) ttaGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAaca > 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(MQ=255) tAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGaataaat > 1:753155/1‑141 (MQ=255) aaGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGaataaata > 1:805553/1‑141 (MQ=255) aaGTAGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTGTGATAATATCTTCGGTGTTATTGAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGAGCACACATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGAGGaagaaata > 2:766481/1‑141 (MQ=255) ttGCTTTGCATAGCCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGt < 2:482403/141‑1 (MQ=255) tGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTg > 1:400877/1‑141 (MQ=255) gCTTGGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTTATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGa < 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gATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTtaa > 2:606348/1‑141 (MQ=255) taataTCTTCTTTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCAATTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTtaata < 2:402253/141‑1 (MQ=255) taataTCTTCTGCGTTATTCAGTTCAACGATTTCTCCTTGTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAAGTGTTTtaata < 2:341591/141‑1 (MQ=255) ttctGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCgat > 2:851809/1‑141 (MQ=255) tttttttATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTCATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAGCTCgatga < 2:660779/136‑1 (MQ=255) ttgtgTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCgatga < 1:769383/140‑1 (MQ=255) ctGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCgatga > 2:826673/1‑141 (MQ=255) ctGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTACATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCgatga < 1:619254/141‑1 (MQ=255) tgtgTTATTCAGTTCACCGATTTCTCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCgatgat < 2:476891/141‑1 (MQ=255) tgtgTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATTACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCgatgat < 2:654618/141‑1 (MQ=255) tgtgTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATTACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCgatgat < 2:774384/141‑1 (MQ=255) tgtgTTATTCAGTTCAACGAGTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGACCACATATGTCATTGATAACACCCATGTCCTGTGTGATGAATAAATAAGTGCTGCCGAAGCCTAACTGTAATTGTTTTATTAACCCgatata > 2:815329/1‑138 (MQ=255) gtgtTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGata < 2:685157/141‑1 (MQ=255) tctgcttCACTTCAACGATGTCGCCAGTTTTCATAACTCCAACTCGATCACATATTTCTTTGATATCACGCCTGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTTATTGTTTTAATTACTCGATGatat < 2:523551/136‑1 (MQ=255) gtTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATc > 2:246813/1‑141 (MQ=255) ttATTCAGTTCAACGCTTTCGCCATTTTTTATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACCCCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCt < 1:469456/141‑1 (MQ=255) ttCAACGCCTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGTGATCACATATTTCCTTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATTCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTttgaat < 1:526782/141‑1 (MQ=255) tCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTttgaatt < 1:511459/141‑1 (MQ=255) cGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTGTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGaaa < 2:713066/141‑1 (MQ=255) gATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAAc > 2:361390/1‑141 (MQ=255) aTTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAACg > 1:271992/1‑141 (MQ=255) ttCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATACCACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAACGTc > 2:100601/1‑141 (MQ=255) ttCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAACGTc > 1:915577/1‑141 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2:549013/1‑141 (MQ=255) tttCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGGGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTATAATAACTCTACGATATCTTTTTGAATTGAACCGTCTAAACCggc > 1:390815/1‑140 (MQ=255) cATAACTGCAACGGGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTACTTGTTTTGCTACCAGAAGGGGAACGTTTTGAATTGAAACGTCTAAAGCAGacac > 2:639218/1‑141 (MQ=255) aTAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAACGTCTAAAGCGGACACt > 1:183481/1‑141 (MQ=255) aTAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAACGTCTAAAGCGGACACt < 2:442436/141‑1 (MQ=255) aTAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAACGTCTAAAGCGGACACt < 1:107680/141‑1 (MQ=255) cTGCAACGCGATTACACAGTTCATTGATAACGCCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAACGTCTAAAGCGGACACTGCCt < 1:741765/141‑1 (MQ=255) cTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAACGTCTAAAGCGGACACTGCCt < 1:642327/141‑1 (MQ=255) tGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAACGTCTAAAGCGGACACTGCCtc < 1:143070/141‑1 (MQ=255) cAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATTACGGTATCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAACGTCTAAAGCGGACACTGCCtcgt < 1:431417/141‑1 (MQ=255) cAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAACGTCTAAAACGGACACTGCCtcgt < 1:676001/141‑1 (MQ=255) aaCGCGCTCACATATGTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAATCGTCTAAAGGGGACACTGCCtcgtc < 1:454514/141‑1 (MQ=255) cgATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAACGTCTAAAGCGGACACTGCCTCGTCGCaa > 2:614285/1‑141 (MQ=255) cacaTATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAACGTCTAAAGCGGACACTGCCTCGTCGCAAACaa < 1:578005/141‑1 (MQ=255) | ACAACGCATGACTTTTATTTAGCAATAACTGCTACTTCTGAAATAAGTTGCTTTGCATAGTCTGACTGCGGATGTTTGATAATATCTTCTGTGTTATTCAGTTCAACGATTTCGCCATTTTTCATAACTGCAACGCGATCACATATTTCATTGATAACACCCATGTCATGTGTGATGAATAAATAAGTGATGCCGAAGTCTAACTGTAATTGTTTTAATAACTCGATGATATCTTTTTGAATTGAAACGTCTAAAGCGGACACTGCCTCGTCGCAAACAA > USA300TCH1516_ALE/234953‑235232 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |