| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 317,291 | A→G | 5.3% | M192T (ATG→ACG) | degA ← | HTH‑type transcriptional regulator DegA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 317,291 | 0 | A | G | 5.3% | 326.7 / 4.9 | 123 | M192T (ATG→ACG) | degA | HTH‑type transcriptional regulator DegA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/59); new base G (4/3); total (60/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
AGATTGCAGTGGCAGATTGAACCATGATGTCATCAACAATGGTTAGCCCACCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTTGTGACCGAGTTCTATTAAATGTTGTGCTGCAAGTTGTCCACCTTGATATTCATTTGTCCGAACAAAATCTGTATAGCCTTGATGGTCATTTTGATCC > USA300TCH1516_ALE/317151‑317431 | aGATTTCAGTGGCAGATTGAACCATGATGTCATCAACAATGGTTAGCCCACCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACa < 1:466156/141‑1 (MQ=255)aGATTGCGGTGGCAGATGTAACTATGACGTCATCAACAATGGTTAGCCCATCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACa < 1:840966/141‑1 (MQ=255) aTTGCAGTGGCAGATTGAACCATGATGTCATCAACAATGGTTAGCCCACCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACata > 2:183741/1‑141 (MQ=255) ttGCAGTGGCAGATTGAACCATGATGTCATCAACAATGGTTAGCCCACCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACatat > 1:797826/1‑141 (MQ=255) gCAGTGGCAGATTGAACCATGATGTCATCAACAATGGTTAGCCCACCGCGCTTAGATAATTGAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTc > 2:673937/1‑141 (MQ=255) gCAGTGGCAGATTCAACCATGATGTCATGAACAATGGTTAGGCCTCCGCGCTTAGAGAAGTCAGTGTGGCCGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTc > 2:439312/1‑141 (MQ=255) cAGTGGCCGATTGAACCATGATGTCATCAACAATGGTTACCCCACCGCGCTCAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGTCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTCg < 1:266175/141‑1 (MQ=255) cAGTGGCAGATTGAACCATGATGTCATCAACAATGGTTAGCCCACCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTCg < 2:127994/141‑1 (MQ=255) ggTGGCAGATGGAACCATGATGTCATCAACAATGGTTAGCCCCCCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTCGc < 2:808617/140‑1 (MQ=255) aGTGGCAGATTGAACCATGATGTCATCAACAATGGTTAGCCCACCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTCGc < 2:702644/141‑1 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1:804502/1‑141 (MQ=255) aCCATGATGTCATCAACAATGGTTAGCCCACCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCatat > 2:580775/1‑141 (MQ=255) aCCATGATGTCATCAACAATGGTTAGCCCACCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATAGTCGCCATCATGTCatat > 1:892136/1‑141 (MQ=255) ccATGATGTCATCAACAATGGTTAGCCCACCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATg < 2:338816/141‑1 (MQ=255) cATGATGTCATCAACAATGGTTAGCCCACCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATgg > 1:688562/1‑141 (MQ=255) cATGATGTCATCAACAATGGTTAGCCCACCACGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTTTCGTGATATCCAGCGACACGAGTCGACATCTTCGCCGTCATGTCATATgg > 1:764075/1‑141 (MQ=255) 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tAGCCCACCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGtt > 1:354628/1‑141 (MQ=255) aGCCCACCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTtg > 2:797185/1‑141 (MQ=255) cccACCGCGCTTAGATCATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTTATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTtgtg < 1:407680/141‑1 (MQ=255) cccACCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTtgtg < 1:728429/141‑1 (MQ=255) cccACCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTtgtg < 1:91230/141‑1 (MQ=255) aCCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTTGTGAcc < 2:820769/141‑1 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ccAGCGACACGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTTGTGACCGAGTTCTATTAAATGTTGTGCTGCAAGTTGTCCACCTTGATATTCATTTGTCCGAACAAAATCTGTATAGCCt < 1:279595/141‑1 (MQ=255) gCGACACGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTTGTGACCGAGTTCTATTAAATGTTGTGCTGCAAGTTGTCCACCTTGATATTCATTTGTCCGAACAAAATCTGTATAGCCTTGa < 1:364926/141‑1 (MQ=255) gCGACACGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTTGTGACCGAGTTCTATTAAATGTTGTGCTGCAAGTTGTCCACCTTGATATTCATTTGTCCGAACAAAATCTGTATAGCCTTGa < 2:775052/141‑1 (MQ=255) gcacGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTTGTGACCGCGTTCTATTAAATGTTGTGCTGCAAGTTGTCCACCTTGATATTCATTTGTCCGAACAAAATCTGTATAGCCTTGATgg < 2:201001/140‑1 (MQ=255) ccatgAGTCGACATACTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTTGTGACCGAGTTCTATTAAATGTTGTGCTGCAAGTTGTCCACCTTGATATTCATTTGTCCGAACAAAATCTGTATAGCCTTGATgg < 1:369144/137‑1 (MQ=255) acacGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTTGTGACCGAGTTCTATTAAATGTTGTGCTGCAAGTTGTCCACCTTGATATTCATTTGTCCGAACAAAATCTGTATAGCCTTGATgg < 1:150592/141‑1 (MQ=255) acacGAGTCGACACATTCGGCATCATGGCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTTGTGACCGAGTTCTATTAAATGTTGTGCTGCAAGTTGTCCACCTTGATATTCATTTGCCCGAACAAATTCGGTATAGCCTTGATgg < 1:909190/141‑1 (MQ=255) cacGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTTGTGACCGAGTTCTATTAAATGTTGTGCTGCAAGTTGTCCACCTTGATATTCATTTGTCCGAACAAAATCTGTATAGCCTTGATGGt < 1:520363/141‑1 (MQ=255) gTCGACATATTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTTGTGACCGAGTTCTGTTAACTGTTGTGCTGCAAGTTGTCCACCTTGATATTCATTTGTCCGAACAAAATCTGTATGGCCTTGATGTTCAttt > 2:249514/1‑141 (MQ=255) atatTCGCCATCATGTCATATGGTGCACCAATTATCATATGCTTGTGCCCGCATTCTATTAAATGTTGTGCTGCAAGTTGTCCACTTTGATATTCATTTGTCCGAACAAAATCTGTATAGCCTTGATGGTCATTTTGATcc < 2:876834/141‑1 (MQ=255) atatTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTTGTGACCGAGTTCTATTAAATGTTGTGCTGCAAGTTGTCCACCTGGATATTCATTTGTCCGAACAAAATCTGTATAGCCTTGATGGTCATTTTGATcc < 2:782136/141‑1 (MQ=255) | AGATTGCAGTGGCAGATTGAACCATGATGTCATCAACAATGGTTAGCCCACCGCGCTTAGATAATTCAGTATGGACGATTTGTGGTTCTGGCAATTGATTCGCGCGCAAAGTATCGACAAATCCAGCGACACGAGTCGACATATTCGCCATCATGTCATATGGTGCAACAATTATCATATGGTTGTGACCGAGTTCTATTAAATGTTGTGCTGCAAGTTGTCCACCTTGATATTCATTTGTCCGAACAAAATCTGTATAGCCTTGATGGTCATTTTGATCC > USA300TCH1516_ALE/317151‑317431 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |