| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 584,121 | G→T | 100% | intergenic (+205/‑67) | rplA → / → rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 584,121 | 0 | G | T | 100.0% | 225.7 / NA | 67 | intergenic (+205/‑67) | rplA/rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (42/25); total (42/25) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTC > USA300TCH1516_ALE/583985‑584252 | tAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGTTCTATGTTCTTTCAAGCCCTTTTTGCCTTggg > 1:339500/1‑141 (MQ=255) tttCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAg < 2:911877/141‑1 (MQ=255) ttATATTATTTATTGTTATTATTTTACCGAAGACAGTAGGAGTCATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCt < 2:837185/141‑1 (MQ=255) taaatTACTTATTATGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGATATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCtt < 2:513191/138‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) attattTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTaa > 1:840757/1‑141 (MQ=255) attattTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTaa > 1:355891/1‑141 (MQ=255) ttACCTAAGACGGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCAGCCGAGGCTAAACTTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACATTTTGCCTAGGGTAGAGAATGCTTTTTTTATTAATTTGagaaaaac > 1:204849/1‑140 (MQ=255) cTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCAcc < 2:395174/141‑1 (MQ=255) tAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCa > 2:858475/1‑141 (MQ=255) aGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAGAACCAAAAAtt > 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(MQ=255) taACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCt > 2:729685/1‑141 (MQ=255) aaCTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGCACTATGATCTTTCAAGCACGTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTg < 1:120512/141‑1 (MQ=255) aCTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGa < 1:315757/141‑1 (MQ=255) aCTTAAAATTTAACCTGCCCAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGa < 1:315751/141‑1 (MQ=255) ttAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAAt < 2:355891/141‑1 (MQ=255) tAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATg > 1:93013/1‑141 (MQ=255) aaaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTc > 2:741871/1‑141 (MQ=255) aaTTTACCCTGCGGAGTCTAAAATTGACTTGAACGTGTTGATCTATGATCTGTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCt < 1:450062/141‑1 (MQ=255) aTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTg > 1:354601/1‑141 (MQ=255) aTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTg > 1:814022/1‑141 (MQ=255) tttATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGc < 1:405707/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAACAGAAGCATAAAATTAGATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGc > 1:851966/1‑141 (MQ=255) gCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAGAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAgatc > 2:857085/1‑138 (MQ=255) gCTAAAATTGACTTGAACGAAATGATCAATCAACATCCAAGCACTTAATGCCTTGGGCAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAAATCAAATGGAGATGTCTGAATGTCTGCTATCAATGAAGCTa > 2:910981/1‑141 (MQ=255) cTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTa > 2:513565/1‑141 (MQ=255) cTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTa > 1:514969/1‑141 (MQ=255) ttGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAg > 1:541714/1‑141 (MQ=255) cGTGATGCTCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTACTTTTCAAACAAGCACCAAAAATTTACATGGAGGTGTATGACTGTCTGCTCTAATTGCCGCTAAAAAACAACTAGTtgat > 1:408487/1‑141 (MQ=255) tgatgaTCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgatga < 1:231167/141‑1 (MQ=255) atgatctatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAGAACCAAAAATGTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGTAGCTAAAAAACAACTAGGTGATGaaa > 2:782772/1‑141 (MQ=255) atgatctatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGaaa < 1:137100/141‑1 (MQ=255) atctatgctcgTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTg < 1:405920/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATc > 1:355300/1‑141 (MQ=255) aaGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAACGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCa < 1:557284/141‑1 (MQ=255) aGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCaa > 1:310833/1‑141 (MQ=255) aGCACCTTTTGTCTTTGGTAGAAAGTGCGTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATTTCTTCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCaa < 1:175202/141‑1 (MQ=255) gCACTTTTTGCATTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCCCGAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGGACGGCGGCGATCATGGAAGATAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCaaa < 2:228023/141‑1 (MQ=255) cTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAATTGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTAGCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTc > 2:368292/1‑141 (MQ=255) | TAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTC > USA300TCH1516_ALE/583985‑584252 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |